建国后，县司法机构日趋健全。1990年设有公安局、检察院、人民法院、司法局。
公安局 1951年县公安局内增设政保股、劳改股。1954年增设政协室。1956年增设户籍室。1951—1957年，区设公安助理员1名。1958年撤区并乡后，每乡配公安员1名。撤乡建人民公社后，每公社配公安特派员1名。1966年“文化大革命”开始后不久，县公、检、法机关实行军事管制。1971年增设内保股、消防股。1974年撤销军事管制，恢复郓城县公安局。1975年增设检察股。1980年建立刑警队、拘留所。1981年全县各公社都建立了公安派出所。1984年机构改革，全县由27处人民公社改为38个乡镇，各乡镇都建立了派出所。1985—1990年，县城内又先后增设县直、南关、沙河、企业等派出所。
检察院 1951年，建立县检察署，至1953年配检察干部6名。1956年1月，县人民检察署改为县人民检察院。1966年“文化大革命”开始后，公、检、法机关实行军事管制。1978年10月检察院恢复办公，至1990年县检察院设有申诉科、监所科、法纪科、刑事一科、刑事二科、经济检察科、政工科、办公室、政策研究室等科室。
法院 1952年县司法科改为县人民法院，设正、副院长各1名，审判员6名，书记员2名。1953年，设临时性巡回法庭、普选法庭各1处。1954年县法院民事组、刑事组改为民事、刑事两个审判庭。1956年设武安、于楼两个法庭。1959年设侯集人民法庭。1965年设大老人人民法庭。1966年“文化大革命”开始后，由“中国人民解放军郓城县公安机关军事管制小组”取代了法院工作，军管组下设民事和刑事两个审判组，分别审理民、刑案件。实行军管后各个法庭的工作中断。1974年撤销军事管制，县人民法院恢复工作。为适应改革开放搞活经济的新形势，1982年增设经济庭，全县设有武安、侯集、张营、郭屯、玉皇庙、丁里长、黄安、程屯、城关9个人民法庭。1984年增设执行庭。1985年全县法院有干警85名，1990年达到162名。
司法局 1940年抗日县政府建立司法科，主管司法行政和审判工作，直至1952年3月县司法科改为人民法院，司法科撤销。司法行政职能由县法院代理。1980年建立县司法局，下设基层调解组、法院组、法制宣传组、政工组，另外设立法律顾问处和公证处。1984年组改为股，设法制宣传股、基层调解管理股、人事秘书股。乡镇配司法助理员1名。1985年司法行政系统共有干部职工85名。1990年6月20日，全县建立乡镇司法所31处，各设所长1人、办事员1人。年底，全县司法行政系统共有干部、职工138人。