生物资源种类较多，除农作物品种资源（见农业志）和药材资源（见本章第五节）外，还有适应性较强的野生动物和家养畜禽、水生动植物和木本植物，以木本植物为最多。
野生动物
主要有兽类、鸟类、昆虫类和爬行类。
兽类
- 明清时期郓境内曾有野鹿、獐子、狐狸、獾、山猫，现已绝迹。
- 建国后，只有野兔、狸子、鼬鼠（黄鼠狼）、刺猬等。
鸟类
- 麻雀、喜鹊、乌鸦、燕子、布谷、啄木鸟、猫头鹰、鹞、斑鸠、白鹭、黄鹂、黄莺、八哥、百灵、大雁、雕、鹰、杜鹃、画眉、野鸭、野鸡、蝙蝠等。
昆虫类
爬行类
家畜类
- 马、牛、骡、驴、猪、羊、猫、狗、兔、貂等。
- 除本地区原有品种外，马、羊、猪、兔、貂等陆续从省外和国外引进新品种。
- 鲁西黄牛、青山羊、大型驴是地方良种。
- 青山羊羔皮（俗称“猾子皮”），在国际市场上久负盛名。
家禽类
- 鸡、鹅、鸭、鹌鹑、鸽子等。以鸡为主。
- 除本地鸡外，近年来引进外地莱克杭、寿光鸡、九斤黄、澳州黑等品种。
- 芦花鸡、大麻鸡、百子鹅是地方良种。
水生动物
- 主要是鱼类：鲤、鲫、鳊、餐条、黄鱼桑、黄鳝、泥鳅、鲶鱼、鳑鮍、麦穗、乌鳢、赤眼鳟、连鱼、草鱼、鲢、鳙、鲂、镜鲤、红鲤、日本白鲫、甲鱼、虾、田螺、椎实螺、河蚌等。
水生植物
- 主要品种是:芦苇、莲藕、蒲、眼子菜、菹菜、马来眼子菜、光叶眼子菜、小叶眼子菜、大茨藻、苦草、金鱼藻、芡实等。
木本植物
种类繁多，主要有杨、旱柳、白榆、泡桐、刺槐、国槐、苦栋等。稀有树种有银杏、水杉、雪松、龙柏等。果树有苹果、梨、桃、李、核桃等。据1982年普查，根据树木学分类，全县树种共有46科，76属，151种。
- 银杏科 银杏属：银杏。
- 松柏科 松属：油松；雪松属：雪松；水杉属：水杉；侧柏属：侧柏（扁柏）；千头柏（扫帚柏）；圆柏属：圆柏、塔柏、龙柏。
- 麻黄科 麻黄属：木贼麻黄。
- 棕榈科 棕榈属：棕榈；棕竹属：棕竹。
- 禾木科 毛竹属：毛竹、淡竹。
- 杨柳科 杨属：银白杨、毛白杨、小叶杨、加杨、钻天杨、箭杆杨、小美12杨、小意杨、泰青杨、大官杨、72杨、69杨、63杨、214杨、158杨、沙兰杨；柳属：旱柳、龙爪柳、垂柳、杞柳。
- 胡桃科 胡桃属：胡桃（核桃）；枫杨属：枫杨（枰柳）。
- 壳斗科 栗属：板栗；麻栗属：麻栗（橡子树）。
- 榆科 榆属：白榆、榔榆。
- 桑科 桑属：桑树（家桑）、鲁桑、大叶桑；构属：构树；榕属：无花果。
- 毛莨科 牡丹属：牡丹。
- 小蘖科 南天竹属：南天竹。
- 木兰科 木兰属：洋玉兰。
- 樟科 樟属：樟树。
- 蜡梅科 蜡梅属：蜡梅。
- 杜仲科 杜仲属：杜仲。
- 法国梧桐科 法国梧桐属：法国梧桐（三球悬铃木）。美国梧桐（一球悬铃木）。英国梧桐（二球悬铃木）。
- 蔷薇科 梨属：沙梨、白梨、杜梨、棠梨、西洋梨、豆梨。苹果属：苹果、花红、海棠果、山定子、西府海棠。木瓜属：川木瓜、贴埂海棠。山楂属：山楂、山里红。蔷薇属：野蔷薇、月季花、玫瑰、红玫瑰、白玫瑰、紫玫瑰、黄刺玫。樱属：春梅、杏、李子、榆叶梅、桃、番桃、山毛桃、樱桃。
- 豆科 合欢属：合欢。皂荚属：皂荚、山皂荚。紫荆属：紫荆。槐树属：槐树（国槐）、龙爪槐。刺槐属：刺槐（洋槐）。紫藤属：紫藤。紫穗槐属：紫穗槐（棉槐）。
- 香科 黄蘖属：黄蘖（黄菠罗）、光叶黄皮树。花椒属：花椒。构桔属：构桔。柑桔属：佛手桔。
- 樗树科 臭椿属：臭椿、千头椿。
- 楝科 楝属：楝树（苦楝）、川楝。季椿属：季椿。
- 大戟科 乌柏属：乌柏。
- 山茶科 山茶属：山茶。
- 黄杨科 黄杨屑：黄杨、锦熟黄杨、崔舌黄杨。
- 元患子科 文冠果属：文冠果。
- 槭树科 槭树属：三角枫、复叶槭。
- 鼠李科 枣属：酸枣、枣树（无刺枣）、龙爪枣。
- 葡萄科 葡萄属：葡萄。
- 锦葵科 木槿属：木槿。
- 漆树科 漆树属：漆树、盐肤木。
- 冬青科 冬青属：冬青。
- 卫矛科 卫矛属：卫矛、桃叶卫矛、大叶黄杨。
- 梧桐科 梧桐属：梧桐。
- 柽柳科 柽柳属：柽柳。
- 紫薇科 紫薇属：紫薇。
- 石榴科 石榴属：石榴、重辨红石榴、看石榴。
- 四照花科 四照花属：荣萸。
- 柿树科 柿属：柿树、君迁子（软枣）。
- 木樨科 女贞属：女贞。茉莉花属：茉莉花、迎春花。金钟花属：连翘。丁香属：紫丁香、白丁香。白腊树属：白腊树、小叶白腊。
- 夹竹桃科 络石属：络石（爬山虎）。
- 茄科 枸杞属：枸杞（枸棘子）。
- 玄参科 泡桐属：兰考桐、楸叶桐、白花桐、毛泡桐、（紫桐、绒毛泡桐）。
- 紫葴科 梓树属：梓树、揪树。
- 忍冬科 接骨木属：接骨木。金银花属：金银花、金银木。
- 萝摩科 杠柳属：杠柳。
药材
境内中药材资源比较丰富，块茎类、全草类、子果类、花木类、动物类均有所产。建国前，除了紫苏、荆芥、薄荷、婴粟、银花等几个家种品种外，其余多是野生药材。野生药材历史悠久。明朝成化年间（公元1465—1487年）当时在朝里官居户部尚书的佀钟（郓城县佀楼村人），曾将家乡半夏进贡皇帝，受到赏识，自此“郓半夏”闻名全国。1854年（清咸丰四年），汉石桥张楼村人张崇资从平邑县引种了银花苗，郓城始种银花，最盛时年产2000余斤。据清光绪十九年《郓城县志》载：郓城县出产香附、细辛、牛子、车前子、地丁、半夏、坤草、杏仁、枸杞、紫苏、金银花等20多种植物药材。建国后，加强了对中药材的开发和利用，除对原有品种扩种外，还试种了瓜萎、大寿根等品种。1960年，由县药材公司提议，县政府计划委员会下达计划，郓城县试搞万亩药材田，主要集中在陈坡公社的陈坡、何庄、马楼、仝楼、黄岗、唐庄等村，最大的一块地计400多亩，主要种植生地、芍药、牡丹、南星、半夏、紫苏、鸡冠花等40多个品种。 据1985年普查，郓城县地产中药材189种，按药用部位共分10类250种。
根类
射干、防风、白术、麦冬、川芎、白芍、生地、熟地、黄芪、白芷、党参、沙参、玄参、丹参、童参、紫苑、甘草、山药、南星、元胡、半夏、花粉、葛根、桔梗、藕节、芦根、薤白、怀牛夕、香附、板兰根、独脚莲、仙人头、萱草根、白茄根、白子根、云木香、稻须根。
果实类
牛蒡子、芦巴子、破故子、蔓荆子、白芥子、苦楝子、鹤冠子、南瓜子、车前子、冬瓜子、兔丝子、菜菔子、亭历子、苍耳子、青箱子、地肤子、桑椹子、韭菜子、芫荽子、急性子、冬葵子、水红子、马兰子、蛇床子、蓖麻子、甜瓜子、黄瓜子、巨胜子、褚实子、梧桐子、苏子、柏子仁、胡桃仁、桃仁、杏仁、白扁豆、大黑豆、赤小豆、桃奴、浮小麦、大麦芽、谷芽、稻芽、白果、无花果、杞果、黑丑、白丑、黑芝麻、小胡麻、草决明、火麻仁、丝瓜络、黄豆卷、风眼草、小茴香、扁豆筋、甜瓜蒂、干石榴、西瓜翠衣、白疾藜、连子芯、连翘、瓜蒌、木瓜、皂角、薏苡仁、红枣、莲房、豆豉、花椒、椒目、葱子、王不留行、槐角、柿蒂。
全草类
荆芥、芥穗、紫苏、苏梗、坤草、薄荷、泽兰、马齿苋、菌陈、紫花地丁、甜地丁、互松、蒲公英、透骨草、旱莲草、服萍草、败浆草、猫眼草、地锦草、车前草、凤仙草、荷梗、青蒿、扁蓄、大蓟、小蓟、黎芦、益母草。
叶类
大青叶、白果叶、侧柏叶、梧桐叶、霜桑叶、苏叶、荷叶、艾叶。
花类
金银花、玫瑰花、扁豆花、鸡冠花、月季花、洋金花、马兰花、凤仙花、木槿花、桑椹花、白杨花、石榴花、芍药花、茄子花、辛夷花、合欢花、凌霄花、红花、菊花、葛花、槐花、荷花、蒲黄、槐米、葵花盘、莲须、玉米须。
藤木类
皂针、桑枝、忍冬藤、山川柳。
皮类
地骨皮、白桑皮、椿根皮、冬瓜皮、扁豆皮、西瓜皮、苦瓜皮、合欢皮、石榴皮、黑豆皮、绿豆皮、丹皮、杜仲、黄柏。
菌类
银耳、马勃、槐莪、看谷老。
动物类
刺猬皮、凤凰衣、大将军、五谷虫、桑螵蛸、蝼蛄虫、水牛角、鸡内金、夜明砂、望月砂、血余碳、狗腿骨、螳螂虫、虻虫、蛤壳、田鸡、土元、地龙、鳌头、龙衣、马宝、驴宝、狗宝、獾油、蜂房、壁虎、蚕沙、牛黄、狗鞭、羊鞭、驴鞭、水蛭、蝉蜕、鸣蝉、蜂蜜、蜂蜡、蟋蟀、蛴螬、干蟾、全虫、猪肝、牛胆、羊胆、羊肝、蜗牛、猪苦胆。
加工类
伏龙肝、火硝、陈曲、百草霜、芒硝。
生物资源种类较多，除农作物品种资源（见农业志）和药材资源（见本章第五节）外，还有适应性较强的野生动物和家养畜禽、水生动植物和木本植物，以木本植物为最多。
野生动物 主要有兽类、鸟类、昆虫类和爬行类。
兽类 明清时期郓境内曾有野鹿、獐子、狐狸、獾、山猫，现已绝迹。建国后，只有野兔、狸子、鼬鼠（黄鼠狼）、刺猬等。
鸟类 麻雀、喜鹊、乌鸦、燕子、布谷、啄木鸟、猫头鹰、鹞、斑鸠、白鹭、黄鹂、黄莺、八哥、百灵、大雁、雕、鹰、杜鹃、画眉、野鸭、野鸡、蝙蝠等。
昆虫类 蜂、蝶、蜻蜓、蟋蟀、蜘蛛、螳螂、萤火虫、瓢虫等。
爬行类 蛇、蜥蜴、壁虎、蚯蚓等。
家畜类 马、牛、骡、驴、猪、羊、猫、狗、兔、貂等。除本地区原有品种外，马、羊、猪、兔、貂等陆续从省外和国外引进新品种。鲁西黄牛、青山羊、大型驴是地方良种。青山羊羔皮（俗称“猾子皮”），在国际市场上久负盛名。
家禽类 鸡、鹅、鸭、鹌鹑、鸽子等。以鸡为主。除本地鸡外，近年来引进外地莱克杭、寿光鸡、九斤黄、澳州黑等品种，芦花鸡、大麻鸡、百子鹅是地方良种。
水生动物 主要是鱼类：鲤、鲫、鳊、餐条、黄鱼桑、黄鳝、泥鳅、鲶鱼、鳑鮍、麦穗、乌鳢、赤眼鳟、连鱼、草鱼、鲢、鳙、鲂、镜鲤、红鲤、日本白鲫、甲鱼、虾、田螺、椎实螺、河蚌等。
水生植物 主要品种是:芦苇、莲藕、蒲、眼子菜、菹菜、马来眼子菜、光叶眼子菜、小叶眼子菜、大茨藻、苦草、金鱼藻、芡实等。
木本植物
种类繁多，主要有杨、旱柳、白榆、泡桐、刺槐、国槐、苦栋等。稀有树种有银杏、水杉、雪松、龙柏等。果树有苹果、梨、桃、李、核桃等。据1982年普查，根据树木学分类，全县树种共有46科，76属，151种。
银杏科 银杏属：银杏。
松柏科 松属：油松。
雪松属：雪松。
水杉属：水杉。
侧柏属：侧柏（扁柏）；千头柏（扫帚柏）。
圆柏属：圆柏、塔柏、龙柏。
麻黄科 麻黄属：木贼麻黄。
棕榈科 棕榈属：棕榈。
棕竹属：棕竹。
禾木科 毛竹属：毛竹、淡竹。
杨柳科 杨属：银白杨、毛白杨、小叶杨、加杨、钻天杨、箭杆杨、小美12杨、小意杨、泰青杨、大官杨、72杨、69杨、63杨、214杨、158杨、沙兰杨。
柳属：旱柳、龙爪柳、垂柳、杞柳。
胡桃科 胡桃属：胡桃（核桃）。
枫杨属：枫杨（枰柳）。
壳斗科 栗属：板栗。
麻栗属：麻栗（橡子树）。
榆科 榆属：白榆、榔榆。
桑科 桑属：桑树（家桑）、鲁桑、大叶桑。
构属：构树。
榕属：无花果。
毛莨科 牡丹属：牡丹。
小蘖科 南天竹属：南天竹。
木兰科 木兰属：洋玉兰。
樟科 樟属：樟树。
蜡梅科 蜡梅属：蜡梅。
杜仲科 杜仲属：杜仲。
法国梧桐科 法国梧桐属：法国梧桐（三球悬铃木）。美国梧桐（一球悬铃木）。英国梧桐（二球悬铃木）。
蔷薇科 梨属：沙梨、白梨、杜梨、棠梨、西洋梨、豆梨。
苹果属：苹果、花红、海棠果、山定子、西府海棠。
木瓜属：川木瓜、贴埂海棠。
山楂属：山楂、山里红。
蔷薇属：野蔷薇、月季花、玫瑰、红玫瑰、白玫瑰、紫玫瑰、黄刺玫。
樱属：春梅、杏、李子、榆叶梅、桃、番桃、山毛桃、樱桃。
豆科 合欢属：合欢。
皂荚属：皂荚、山皂荚。
紫荆属：紫荆。
槐树属:槐树（国槐）、龙爪槐。
刺槐属：刺槐（洋槐）。
紫藤属：紫藤。
紫穗槐属：紫穗槐（棉槐）。
香科 黄蘖属：黄蘖（黄菠罗）、光叶黄皮树。
花椒属：花椒。
构桔属：构桔。
柑桔属：佛手桔。
樗树科 臭椿属：臭椿、千头椿。
楝科 楝属：楝树（苦楝）、川楝。
季椿属：季椿。
大戟科 乌柏属：乌柏。
山茶科 山茶属：山茶。
黄杨科 黄杨屑：黄杨、锦熟黄杨、崔舌黄杨。
元患子科 文冠果属：文冠果。
槭树科 槭树属：三角枫、复叶槭。
鼠李科 枣属：酸枣、枣树（无刺枣）、龙爪枣。
葡萄科 葡萄属：葡萄。
锦葵科 木槿属：木槿。
漆树科 漆树属：漆树、盐肤木。
冬青科 冬青属：冬青。
卫矛科 卫矛属：卫矛、桃叶卫矛、大叶黄杨。
梧桐科 梧桐属：梧桐。
柽柳科 柽柳属：柽柳。
紫薇科 紫薇属：紫薇。
石榴科 石榴属：石榴、重辨红石榴、看石榴。
四照花科 四照花属：荣萸。
柿树科 柿属：柿树、君迁子（软枣）。
木樨科 女贞属：女贞。
茉莉花属：茉莉花、迎春花。
金钟花属：连翘。
丁香属：紫丁香、白丁香。
白腊树属：白腊树、小叶白腊。
夹竹桃科 络石属：络石（爬山虎）。
茄科 枸杞属：枸杞（枸棘子）。
玄参科 泡桐属：兰考桐、楸叶桐、白花桐、毛泡桐、（紫桐、绒毛泡桐）。
紫葴科 梓树属：梓树、揪树。
忍冬科 接骨木属：接骨木。
金银花属：金银花、金银木。
萝摩科 杠柳属：杠柳。
药材
境内中药材资源比较丰富，块茎类、全草类、子果类、花木类、动物类均有所产。建国前，除了紫苏、荆芥、薄荷、婴粟、银花等几个家种品种外，其余多是野生药材。野生药材历史悠久。明朝成化年间（公元1465—1487年）当时在朝里官居户部尚书的佀钟（郓城县佀楼村人），曾将家乡半夏进贡皇帝，受到赏识，自此“郓半夏”闻名全国。1854年（清咸丰四年），汉石桥张楼村人张崇资从平邑县引种了银花苗，郓城始种银花，最盛时年产2000余斤。据清光绪十九年《郓城县志》载：郓城县出产香附、细辛、牛子、车前子、地丁、半夏、坤草、杏仁、枸杞、紫苏、金银花等20多种植物药材。建国后，加强了对中药材的开发和利用，除对原有品种扩种外，还试种了瓜萎、大寿根等品种。1960年，由县药材公司提议，县政府计划委员会下达计划，郓城县试搞万亩药材田，主要集中在陈坡公社的陈坡、何庄、马楼、仝楼、黄岗、唐庄等村，最大的一块地计400多亩，主要种植生地、芍药、牡丹、南星、半夏、紫苏、鸡冠花等40多个品种。
据1985年普查，郓城县地产中药材189种，按药用部位共分10类250种。
根类 射干、防风、白术、麦冬、川芎、白芍、生地、熟地、黄芪、白芷、党参、沙参、玄参、丹参、童参、紫苑、甘草、山药、南星、元胡、半夏、花粉、葛根、桔梗、藕节、芦根、薤白、怀牛夕、香附、板兰根、独脚莲、仙人头、萱草根、白茄根、白子根、云木香、稻须根。
果实类：牛蒡子、芦巴子、破故子、蔓荆子、白芥子、苦楝子、鹤冠子、南瓜子、车前子、冬瓜子、兔丝子、菜菔子、亭历子、苍耳子、青箱子、地肤子、桑椹子、韭菜子、芫荽子、急性子、冬葵子、水红子、马兰子、蛇床子、蓖麻子、甜瓜子、黄瓜子、巨胜子、褚实子、梧桐子、苏子、柏子仁、胡桃仁、桃仁、杏仁、白扁豆、大黑豆、赤小豆、桃奴、浮小麦、大麦芽、谷芽、稻芽、白果、无花果、杞果、黑丑、白丑、黑芝麻、小胡麻、草决明、火麻仁、丝瓜络、黄豆卷、风眼草、小茴香、扁豆筋、甜瓜蒂、干石榴、西瓜翠衣、白疾藜、连子芯、连翘、瓜蒌、木瓜、皂角、薏苡仁、红枣、莲房、豆豉、花椒、椒目、葱子、王不留行、槐角、柿蒂。
全草类 荆芥、芥穗、紫苏、苏梗、坤草、薄荷、泽兰、马齿苋、菌陈、紫花地丁、甜地丁、互松、蒲公英、透骨草、旱莲草、服萍草、败浆草、猫眼草、地锦草、车前草、凤仙草、荷梗、青蒿、扁蓄、大蓟、小蓟、黎芦、益母草。
叶类 大青叶、白果叶、侧柏叶、梧桐叶、霜桑叶、苏叶、荷叶、艾叶。
花类 金银花、玫瑰花、扁豆花、鸡冠花、月季花、洋金花、马兰花、凤仙花、木槿花、桑椹花、白杨花、石榴花、芍药花、茄子花、辛夷花、合欢花、凌霄花、红花、菊花、葛花、槐花、荷花、蒲黄、槐米、葵花盘、莲须、玉米须。
藤木类 皂针、桑枝、忍冬藤、山川柳。
皮类 地骨皮、白桑皮、椿根皮、冬瓜皮、扁豆皮、西瓜皮、苦瓜皮、合欢皮、石榴皮、黑豆皮、绿豆皮、丹皮、杜仲、黄柏。
菌类：银耳、马勃、槐莪、看谷老。
动物类 刺猬皮、凤凰衣、大将军、五谷虫、桑螵蛸、蝼蛄虫、水牛角、鸡内金、夜明砂、望月砂、血余碳、狗腿骨、螳螂虫、虻虫、蛤壳、田鸡、土元、地龙、鳌头、龙衣、马宝、驴宝、狗宝、獾油、蜂房、壁虎、蚕沙、牛黄、狗鞭、羊鞭、驴鞭、水蛭、蝉蜕、鸣蝉、蜂蜜、蜂蜡、蟋蟀、蛴螬、干蟾、全虫、猪肝、牛胆、羊胆、羊肝、蜗牛、猪苦胆。
加工类 伏龙肝、火硝、陈曲、百草霜、芒硝。