郓城县洼地较多，建国初期，仅面积千亩以上的洼地就有83处。其中，有名的有十二连洼、侯集大洼、袁庙集洼、玉皇庙洼、曹垓洼、东张楼洼、于庙洼等。十二连洼南北贯穿郓城县的东部，因由12个洼地串连而得名，根据所处方位，分为北十二连洼、中十二连洼、南十二连洼，面积共5.9万亩。侯集大洼位于郓城县西北部金堤以西、临黄堤以东的棱形地带，面积44万亩。全县易涝面积121万亩，占当时耕地面积的69%。每逢雨季，积水成灾的土地多达65万亩，其中不少洼地汛期积水0.5—1米深，常年不干。
建国后，党和人民政府领导全县人民进行了长期的洼地治理，大体经历了修沟洫畦田、挖台田条田、调整水系和完善排水系统3个阶段，基本上排除了涝灾。
沟洫畦田 北十二连洼位于县境东北部，为东北西南方向狭长地带，面积1.6万亩。在历史上当地群众曾流传着“有钱城里去看戏，不在十二连洼买土地”的歌谣。建国初期常年积水面积1.1万亩，农业生产受到严重威胁。
1952年春，开始试办沟洫畦田工程，采用分割积水，变大洼为小洼的办法进行施工。即沿路挖沟，一路两壕，抬高路基，以沟蓄水，以路阻水，控制洼水的集中，洼底部分筑成畦田。全洼共筑路24条，长45公里。是年汛期共降雨190毫米，最大日降雨量47毫米，免除了积涝成灾。全洼比1951年增产粮食160万斤。由于秋季无积水，秋种适时，第二年又获小麦亩产90斤的收成。
1953年汛期雨量较大，超过沟洫畦田的防涝能力，加之客水流入，北十二连洼的沟洫畦田工程被冲毁，农作物被淹没。经过认真总结经验教训，1954年又采取了等高截流、筑围蓄水的办法，提高工程标准，在北十二连洼重修沟洫畦田。设计防涝能力三日连续降雨115毫米不成灾。当年春，开挖截水沟4条，沟渠24条，共长45公里，并在洼中心修筑一座面积为465亩的小型水库，国家投资6.5万元。当年夏季，山东省水利厅设观测站实地考察：六、七、八3个月降雨514毫米，最大日降雨量100.5毫米，全洼：85亩死洼坑受灾，其余农作物均获较好收成，平均亩产粮食130斤。10月，中央水利部部长傅作义来郓视察，赞誉该工程为“全国群运典型”。省内及菏泽地区兄弟县来郓参观学习的络绎不绝，更进一步促进了本县的洼地改造工作。
1954年冬，侯集大洼、中十二连洼、南十二连洼、袁庙集洼、曹垓洼、玉皇庙洼等涝洼地区的群众普遍行动起来，形成了沟洫畦田和大地畦田建设的高潮。自1954年冬至1957年春，每年春冬两季每天投入劳动力最高达10万余人。到1957年5月，全县共修筑沟洫畦田66.8万余亩，修大地畦田96万亩，在当时没有出现很大雨量的情况下，起到了防涝保收的作用。北十二连洼1955年粮食单产达到230斤，1956年达到250斤。十年九涝的侯集大洼修筑沟洫畦田前，一般年份汛期积水35万亩，占该洼总耕地面积的78.3%，常年积水13万亩。修筑畦田后受灾面积比过去大大减少。
1957年，本县全年降雨807.5毫米，汛期降雨，644.3毫米，7月份降雨448.1毫米，最大日降雨113.2毫米，而且毗邻县同期都出现了大雨、暴雨。上游客水滚滚而来，下游堵塞了排水出路，沟洫畦田工程大部再次被冲毁，全县积水面积达93.8万亩，成灾面积78.4万亩，占全县耕地总面积的48.5%。实践证明，沟洫畦田只能在一定的雨量条件下发挥局部抗涝作用，不是治理涝洼的根本措施。随着社会的发展和科学的进步，1964年兴起的台田、条田工作，代替了沟洫畦田工程。
修筑台田、条田 经过1963年和1964年的大涝，人们根据在大涝年渠道、沟沿和高岗地照样丰收的实际情况，摸索出修筑台、条田的措施。1964年秋后，菏泽地区行署组织地、县、社三级干部赴临沂地区参观、学习。同年冬季，全县掀起修筑台田、条田的高潮，当年修筑台田5.8万亩，条田47万亩。1965年春、冬两季，全县最高每日出动劳动力12万人，共修筑台田20万亩、条田30万亩。1966年，台田、条田面积增加到107.2万亩。
台田，是在易于积水成灾的涝洼地，根据地形把洼地分成若干小块，周围挖排水沟，用挖出的土抬高地面；条田是在地形较高，而农作物容易受渍的地块，根据地形挖一些较小的排水沟，以降低地下水位，防止庄稼渍涝成灾。
台田、条田工程虽然在防涝防渍方面能起一定的作用，但由于1966—1968年连续大旱，不仅不能显示它的优越性，反而还暴露出不便于灌溉、耕作和占地过多等缺点，甚至还加重旱情，1968年后逐渐废弃平毁。
调整水系和完善排水系统 清代后期（1855年铜瓦厢决口后），本县分为两大水系：一是宋金河以西（包括金堤以西临黄堤以东地带）地区，主要依靠宋金河排水入东平湖，从梁山清河门入黄河，可称东平湖水系；二是宋金河以东以南地区，依靠南赵王河、太平溜排水入南阳湖，经老运河再入淮河，谓南阳湖水系。这种趋势一直保持到建国初期。建国后，全县人民根据对涝洼地治理的十几年实践经验，在省、地统一部署、领导下，按照排灌结合、综合治理的原则，调整水系和完善排水系统，终于结束了常常积涝成灾的局面。
1964年后，开挖和治理了郓城新河、北沙河、二支沟、金堤西河、琉璃河、袁庄沟等河道，对水系进行了有计划的部分调整。大规模地水系调整和骨干河道的治理从70年代开始。1970—1974年，重点对骨干河道进行了开挖治理，奠定了新的排水系统的基础。1975—1990年，重点是搞支流配套，基本上建成了较完整的排水系统网络。至1990年底，先后开挖和疏浚了长度在4公里以上的排水沟、河106条，计1072.8公里；开挖疏浚长度在4公里以下的小型排水沟、河1008条，计1041公里。其中开挖疏浚流域面积100平方公里以上的骨干河道11条（详见本编第三章），开挖和疏浚流域面积20平方公里的中型排水沟、河45条。这些沟、河分别属于梁济运河和洙赵新河两大水系，由梁济运河和洙赵新河排水入南四湖。沥水方向由原来的自西南向东北再向东南，调整为自西 北向东南方向，避免了曲折迂回，大大提高了除涝能力。1979年汛期雨量786.5毫米，与1962年同期相近，但受涝面积只有7.5万亩，比1962年减少88%。80年代末，三年一遇除涝面积达到91.5万亩，占易涝面积的76%。