清末，县工房兼管水利。
民国初年，县设立劝业所取代清末工房。1934年（民国23年）改为建设科，兼管水利。
1948年，县民主政府设建设科，兼管水利。
1949年建国后，县人民政府设水利科，主管水利。1950年9月，县人民政府将农业、交通、水利三科合并为建设科，兼管水利。1955年，重新设水利科。1956年水利科改称水利局。
1959年，撤销水利局，成立水利建设指挥部，下设办公室、政工科、施工科、灌溉科、桥涵科、工具改造科、器材科、卫生科。后又将施工科、桥涵科、工具改造科合并为工程科。1960年5月，水利建设指挥部改为水利局，内部机构由科改为股，设有办公室、工程股、灌溉股、财务股、虹吸工程管理处。1962年5月，撤销水利局，仍称水利建设指挥部。1967年，成立水利建设指挥部革命委员会，同时撤销虹吸工程管理处，成立苏阁引黄灌区工程管理处临时机构。1968年10月，水利建设指挥部革命委员会撤销，在农业局设水利小组负责水利建设工作。1969年，恢复水利建设指挥部。1971年，增设工程管理股和生产股。1972年正式设立苏阁引黄灌区工程管理处。1974年12月设立深机井施工队。1976年增设宋金河水库管理所（驻坝头）和河道管理所（驻唐店闸）。1978年增设排灌机械管理股和汽车运输队。
1980年，水利建设指挥部更名为水利局。1984年，机构改革，撤销排灌机械管理股和工程管理股；生产股改称生产服务（驻坝头），撤销汽车运输队和深机井施工队；在郓城镇、城郊区、张营区、郭屯区、武安区、玉皇庙区、侯咽集区、程屯区设立了8处水利站。1989年3月，撤销8处区（镇）水利站，同时38个乡镇均建立水利站。1990年底，水利局内部机构设置秘书股、政工股、工程股、农田股、财务股、审计股，下属单位有苏阁引黄灌区工程管理处、生产服务站、河道管理所、宋金河水库管理所及全县38个乡镇水利站。