卫生局 建国前，郓城没有卫生行政机构。1949年9月，县人民政府始设卫生科，配科长1人、工作人员3人。1961年卫生科改称卫生局，设局长1人、副局长2人、办事员5人。1967年“文化大革命”期间，卫生局曾一度与民政局合并，称“郓城县临时生产指挥部内务办公室”。1968年10月成立郓城县“六·二六公社”。既是卫生行政机构，又是事业机构。1969年9月，撤销“六·二六公社”，恢复卫生局建制，设局长1人、办事员8人。1978年4月，卫生局从县政府院内迁出，在县城东北角建局机关，占地10余亩，建房40间，有工作人员12人。1980年，卫生局设秘书股、业务股、政工股、财务股。1985年，卫生局有工作人员24人，其中局长1人、副局长2人。1990年，卫生局设有秘书股、政工股、业务股、财务股、老干部股和公费办公室、爱国卫生委员会办公室，共有干部职工25人。
药材公司 1956年7月，国营郓城县药材公司、医药公司相继成立，属三级批发单位。1958年3月28日，县药材公司和医药公司合并为中国药材公司山东省郓城县公司，属菏泽中心药材公司管理，地方隶属县卫生科领导。1969年划归商业局领导。1979年10月26日，由县商业局管理转交省医药管理局归口管理，实行垂直领导。1985年，县药材公司在编干部职工99人。1990年底，公司有经理1人、副经理3人，共有干部职工135人，设有人秘、会统、业务、储运、生产、零售6个股，辖5个药材零售门市部、6个乡镇药材批发站。