河防武装清咸丰初，曹县设有河防武装。自曹县西北的安陵集至单县长140余里
，分上中下三汛，上汛分防辖兵堡10座，兵50名；中汛分防辖兵堡12座，兵60名；下
汛千总1员辖兵堡10座，兵80名，余丁25名。此外，曹单汛分防辖兵堡10座，兵40名
，余丁25名。咸丰五年(1855年)，黄河北徙，河防武装改由巡防管理。同治以后，有
都司1员，领兵300名，其中100人驻城，其他分驻青集、古营集、桃源、梁堤头等
处，各处设外委1员。光绪后期，都司改为队官。
捻军清咸丰年间，董执信、孔广润先后加入捻军，在曹聚众反清。董执信占据魏
湾，孔广润占据普连集。咸丰十一年(1861)，郓城、巨野及菏泽、定陶的捻军郭秉钧
、刘潜等部相继进入曹县境，与董、孔部汇合，有众10万，围攻曹县城。后，清僧格
林沁率军来曹，捻军避其锋南去。
大刀会清光绪二年(1894)，天主教德国神父纵容教民欺压平民，县东南黄岗集烧
饼刘庄(今属单县)刘士端为曹县、单县大刀会会首，反对天主教暴行。清光绪二十二
年(1896)二月，大刀会烧毁曹、单、成武等处教堂16处。五月，刘士端被诱杀于曹县
，大刀会活动遂告停止。
民团清咸丰年间，地主、豪绅为协助清政府军围剿捻军办起团练，县团总有陈玉
苍、沈汝霖、刘五端、刘溥等。咸丰八年(1858)八月十五日县城为捻军攻破，团总皆
被杀死。同年，马东山等又设立民团总局，举孙乾一、朱世楚为总团长，四关也各整
旧团。城外，西方有石次班团，南方有武宗岳、孙补阙各一团，嗣后又举袁为四方
团总。咸丰九年(1859)十月捻军自皖北来，袁等于安陵集接战被杀，余部败回城内。
为防御捻军袭城，又增建民团10余个。次年，捻军围城，又增设四门团长。直至捻军
离境南去，民团才解体。