1986～1996年，民族宗教部门认真贯彻落实《山东省民族工作条例》，支持
和鼓励各民族村(居)大力发展集体、个体、联合体经济，全区以经营皮、毛、肉
为特色的少数民族经济有了较快发展，各民族村(居)特别是东马垓、西马垓两个
民族村队发展成全区发展集体、 个体、 联合体经济的样板。1991年成立菏泽市
(原县级)伊斯兰教协会。菏泽地区率先实行对少数民族考生小学升初中、初中升
高中的加分政策。努力贯彻落实党的宗教信仰自由政策，认真落实天主教、基督
教的房地产政策。贯彻《山东省宗教活动场所管理办法》，依法对宗教事务进行
管理， 1994年依法登记宗教活动场所17处，其中伊斯兰教清真寺7处，基督教活
动场所10处。1995年后，每年依法对各宗教活动场所进行年度检查。
1997年制订"菏泽市培养选拔少数民族干部五年规划"。1998年，由于受东欧
及俄罗斯动荡的冲击，菏泽市民族企业出现严重滑坡，经过三、四年的调整，少
数民族个体企业才得以复苏。继续加强对宗教事务的管理，1999年，对沙土镇寺
前李村的明教寺(佛教)进行了依法登记。2000年、2001年、2004年分别依法登记
了14处基督教活动的场所。依法打击、取缔多起非法宗教活动或非法宗教活动点，
有效维护了全区正常的宗教活动秩序。 2005年5月，能容纳1000人过教生活的菏
泽基督教堂落成， 并举行了隆重的献堂仪式。2005年6月，召开了牡丹区第三届
基督教三自委员会代表大会，选举产生了新一届牡丹区基督教三自委员会。2006
年6月召开全区民族工作会议暨民族团结进步表彰大会。
2000年东马垓清真寺被评为"全国模范清真寺"。 2005年， 牡丹区人民政府
被授予"山东省民族团结进步先进集体"； 牡丹区宗教局被评为"全省宗教行政执
行工作先进单位"。