1988年，菏泽市实行卫生院长聘任制，完善了党建目标管理和科室综合目标
管理责任制，推行院科两级负责制、中层干部聘任制、全员聘用制。1989年，为
贯彻菏泽地委《深化卫生改革的决定》，菏泽市推行承包责任制，实行院长负责
制，对科室实行技术经济承包制和技术岗位责任制两种管理形式。1991年，承包
制结束，医院领导班子由聘任制改为任命制。1992年，实行医院分级管理，开展
达标升级活动。1994年，山东省卫生厅验收医院创甲工作，市医院被评为二甲医
院，历时两年半的首期医院分级管理工作告一段落。1998年，市医院进行了药品
购销体制的改革尝试，通过医院与菏泽医药公司联营，理顺了药品经营的主渠道，
实行了医疗服务收入与药品销售收入分开核算、分别管理，卫生部、国家体改委
与省卫生厅、省物价局等部门先后来人进行调研，李岚清副总理对此事做了重要
批示。此后，有各省市50余家医院来人学习、调研。1999年，为贯彻国务院医改
工作精神，实行医疗收入与药品收入单独核算，分别管理，药品采购员归属统采
办公室，药品采购实行了公开招标。2001年，根据中组部、人事部、卫生部《关
于深化卫生事业单位改革的实施意见》，对人事分配制度进行改革，实行了定岗
定编，择优上岗的全员聘用制，继续推行专业技术职务评聘分开制度，实行效绩
工资制。2004年，牡丹区政府出台公立医院产权制度改革文件。2005年，菏泽医
专正式托管牡丹人民医院。