1990年， 为迎接《行政诉讼法》 的实施，法制部门对市政府、政府办公室
1984年后下发的80件规范性文件进行了清理，废止14件，修改13件，53件继续有
效。
1991年11月，根据国务院、省政府和菏泽地区行署统一要求，对1980～1984
年间原市政府下发的规范性文件进行了清理，经审查，确定废止23件。对规范性
文件中涉及收费、 集资、罚款项目全部进行了清理，共清理文件467件，废止80
项收费、集资、罚款项目。
1993年6月， 根据国务院和省政府的统一部署，对市政府1984～1992年所涉
及农民负担的文件进行了全面清理，共清理涉及农民负担文件72件，农民负担项
目87项，经审查决定废止文件15件，废止项目24项。
1994年，在全市行政执法单位实行了"行政执法资格证制度"，行政执法人员
必须经过法学基础知识、《行政复议条例》、《行政诉讼法》以及专业法律、法
规、规章和执法程序的系统培训，考核合格取得执法资格证后，才能上岗执法。
1997年，根据《行政处罚法》和《山东省行政处罚听证程序实施办法》，组
织全市24名听证主持人参加地区举办的培训班，经考试合格，取得山东省处罚听
证主持人资格书。
1998年7月、9月、11月，根据省、地统一部署，分批对全市申领《山东省行
政执法证》的执法人员进行培训考试。1999年，召开全市《山东省行政执法证》
首发仪式，全市1200多名执法人员取得行政执法证件。
2000年，根据《行政处罚法》和省政府84号令的规定，市政府公布了全市市
级行政处罚主体，其中具有行政处罚主体资格的行政机关41个，行政机关的分支
机构或派出机构2个，法律、法规授权的组织8个，受行政机关委托以委托机关名
义实施行政处罚的事业单位10个，行政机关的直属机构以其主管行政机关名义实
施行政处罚的单位2个。
2001年5月，根据省、市统一要求，区法制部门对全区700多名行政执法人员
统一换发《山东省行政执法证》。同年10月，开展审验《山东省行政执法证》工
作，对所有持证人员经培训考试合格的予以审验。同年底，进行行政审批制度改
革，对全区49个部门和单位上报的753项行政审批事项清理，共保留291项，取消
转化462项，精简幅度61.3%，经区政府常务会议通过，形成《菏泽市牡丹区区级
行政审批事项改革方案》，2002年8月28日以区政府1号令在区政府《政务通报》
上公布。
2003年10月，根据省、市统一要求，对持有山东省行政执法证人员进行集中
培训，经考试合格的予以审验。
2004年，为迎接《行政许可法》的实施，组织专门力量对区政府1980年以来
的所有规范性文件进行集中清理，废止132件。
2005年10～12月间，全区行政执法人员进行培训考试，考试合格的人员办理
了山东省行政执法证审验手续；37名行政处罚听证主持人培训考试后申领了山东
省行政处罚听证主持人资格证；40名区政府、区政府有关部门领导干部申领了菏
泽市人民政府颁发的行政执法监督检查证。