牡丹区土地使用制度改革，是从1988年推行农村宅基地有偿使用试点工作开
始的。通过行政手段和经济手段相结合，加强了对农村宅基地的管理，有效控制
了村庄建设规模，增强了广大农民群众节约用地、保护耕地的意识。国务院废止
农村土地管理三项收费后，为切实减轻农民负担，牡丹区进一步改进和完善了农
村宅基地和村内空闲地管理制度，及时制止了农民群众乱圈、乱占、占用耕地建
住宅的不良现象。
1990年，为深入贯彻国务院《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》，
菏泽市出台了《城镇国有土地使用权出让和转让暂行办法》，使土地使用制度改
革逐步由农村转向了城镇。从1990年出让第一幅国有土地使用权开始，以后逐步
扩大了出让和转让的范围。中共十四届三中全会为建立和发展社会主义土地市场
指明了方向，县、乡两级党委、政府把土地使用制度改革，培育和发展土地市场，
摆到了重要议事日程，开展了大规模的清理整顿土地市场工作，控制了土地资源
的严重流失，把土地交易纳入了依法管理的轨道。1994年，全国土地使用制度改
革工作会议召开后，菏泽市土地使用制度改革进入了新的发展阶段。集体土地、
乡镇企业用地有偿使用、原划拨土地使用权的转让、出租和抵押管理、国有土地
使用权的出让、"四荒"土地的开发利用等项改革都有了新的起色。出让方式由协
议出让发展到招标、拍卖出让，增加了出让土地在新增建设用地中的比重。在土
地供应上，实现了由行政划拨向有偿出让的转变；在出让方式上，实现了由协议
出让向招标拍卖出让的转变，土地使用制度改革有了新的突破。2002年，牡丹区
首次成功以招标拍卖挂牌方式出让第一宗国有土地使用权，使土地使用制度改革
工作翻开了崭新的一页。
为全面推行土地储备制度改革， 2002年牡丹区成立了土地储备中心，按照"
统一规划、 统一收回、统一储备、统一配置、统一管理"的"五统一"管理模式，
对城市国有土地进行有效管理。同时，积极实施招标拍卖挂牌出让制度，不断推
进土地出让的市场化运作，逐步缩小协议出让土地的范围。2003年《菏泽市国有
土地使用权招标拍卖挂牌出让办法》颁布实施，全区经营性用地全部以招标拍卖
挂牌方式出让，土地出让逐步实现了由政府主导向市场主导、政府管理的有效经
营方式转变。
为进一步完善土地有偿使用制度，2003 年，牡丹区开始开展地租征收工作，
实现了政府土地收益向多元化发展。至2005年，共出让土地33宗，面积341.26公
顷，累计实现政府土地纯收益5.6628亿元，为城市建设提供了有力的资金支持，
开辟了土地使用制度改革的新局面。