1986年，加强了对企业的监督和管理，根据国务院《关于进一步清理和整顿
公司的通知》 精神和《公司登记管理暂行规定》的要求，成立了"菏泽市清理整
顿公司领导小组"，共清理整顿企业公司283户，变更公司名称的24户，重新整理
了企业档案。是年，新发展工商企业830户，个体工商户发展到12191户, 企业发
展到3225户
1988年，菏泽市工商企业总数已达4157户。按照国务院要求，清理整顿公司
3月底前结束，重点解决政企不分、官商不分和转手倒卖，牟取暴利等问题。
1992年， 菏泽市国有集体企业达2802户，个体私营企业16908户，年检企业
1587户，年检率70%。1992年地区工商局将地直企业的登记管理权上划。
1993年，简化登记注册手续，进一步放宽政策。非专营单位要求专营商品的，
除小轿车外， 允许申办一次性经营营业执照。年检企业2333户，年检率95%。个
体户总数达18977户， 私营企业171户。 同年10月24日，中办、国办转发经贸委
《关于党政机关与所办经济实体脱钩的规定》，开展了清理整顿党政机关办实体
工作。从档案中排查出机关办实体234户，针对不同情况分别进行整顿。12月7日，
发布了《企业法人年度检验办法》，取消对企业过多的限制，除国家明令禁止或
者专营专控物资外，允许企业一业为主，多种经营。
1994年，按照《条例》和《公司法》要求，强化了支持企业发展的措施，减
少了企业登记的前置审批环节，放宽了企业登记事项的核定条件，简化了企业登
记程序，拓宽了企业登记范畴。
1996～1998年间， 查处违章违法企业118户，吊销牡丹办事处造纸厂等22户
5000吨以下小造纸厂的营业执照。对50户"三无"企业、假集体企业进行了清理整
顿，收缴销毁公章88枚。并对全市粮食收储企业进行了清理整顿，为30户粮食收
储企业核准、变更了营业执照，严厉打击利用各种形式违法收购粮食的行为。
2002年5月1日，新登记、变更及补发营业执照的非公司企业法人及其分支机
构和个体工商户、私营企业(不含公司企业法人)均使用新版营业执照。进行了取
缔无照经营活动、清理整顿网吧、对食品、医药、化学危险品经营单位整顿、对"
两虚一逃"公司出资行为整顿专项治理行动，
2003年9月，个体工商户登记权限下放到工商所，在东城、何楼、李村3个所
试点。2004年4月又下发了牡丹工商[2004] 25号文件，将个体工商户的登记权限
正式下放到工商所。
2005年，按照市局《关于进一步降低市场准入创新执法方式服务经济发展的
若干意见的通知》进一步转变职能，简化程序，降低门槛，优化服务。是年共办
理企业登记269户，企业变更346户，委托工商所登记个体工商户3600户。年检企
业1308户，完成个体户验照13000余户。