1986年，高度集权的外贸总公司垄断外贸的局面已被打破，各省及下属外贸
企业开始成为外贸活动的主力军。菏泽市外贸总公司 (对内称外贸局，属政企合
一)的主要任务是向地区或省直外贸公司供货。
1993年，外贸体制改革重点是微观管理层的变革，取消了国家财政对出口的
补贴，按国际通行的做法由各级各类外贸企业综合运筹，自负盈亏，改变了按地
方实行不同外汇比例留成的做法，实行按不同商品大类统一比例留成制度。
1994年，菏泽市外贸总公司由于旧体制形成的历史原因，企业负债经营，步
履艰难。为摆脱困境，贯彻落实省政府消化外贸企业挂亏的有关文件精神，总公
司实行破产，在职人员全部分流到粮食、商业、供销、建设等效益较好的系统和
部门，离退休人员由菏泽市外经贸委管理。
1997年，由于经营体制的转变，外贸一统天下、独家经营的局面被打破，生
产企业不再单独依赖外贸公司进出口，而是自行联系客户，实行自营进出口。
1997年，外贸出口的主力从市、县外贸企业转移到自营进出口企业、外商投
资企业和其它贸易性公司。2000年，牡丹区有进出口权的企业发展到35家，出口
的国家和地区由原来的5个发展到十几个。
2005年，牡丹区新增有进出口经营资格的企业26家，累计达到了117家(含三
资企业)，进出口额达到1.1亿美元，累计7.6亿美元。