1986年，菏泽市辖37个乡、镇、办事处，其中乡21个、镇11个、城区办事处
5个。分别是牡丹乡、岳程庄乡、都司乡、吴店乡、大黄集乡、皇镇乡、胡集乡、
马垓回族乡、李庄集乡、佃户屯乡、庞王乡、新兴乡、侯集乡、二郎庙乡、解元
集乡、何楼乡、刘寨乡、贾坊乡、白虎集乡、马村集乡、杜庄乡、马岭岗镇、王
浩屯镇、李村镇、高庄镇、吕陵镇、小留镇、黄堽镇、安兴镇、沙土镇、辛集镇、
金堤镇、东城街道办事处、西城街道办事处、南城街道办事处、北城街道办事处、
丹阳街道办事处。区划总面积1399.6平方公里。
1989年2月， 经省政府批准，撤销菏泽市马垓回族乡，将其行政区划归胡集
乡，西马垓村划归都司乡。
1995年12月，经省政府批准，撤销牡丹乡、岳程庄乡，设立牡丹街道办事处、
岳程街道办事处，其管辖范围和机关驻地不变。
1996年2月，经省政府批准，撤销都司乡、吴店乡、大黄集乡，设立都司镇、
吴店镇、大黄集镇，其管辖范围及驻地不变。
2000年1月， 经省政府批准，撤销李庄集乡，设立李庄集镇，其管辖范围和
机关驻地不变。
2000年6月， 经国务院批复，撤销菏泽地区，设立地级菏泽市，原县级菏泽
市改设牡丹区，隶属菏泽市管辖。同年12月，新成立的地级中共菏泽市委决定，
撤销县级中共菏泽市委、纪委，设立中共菏泽市牡丹区委、纪委，原菏泽市人大、
政府、政协等机构同时更名为牡丹区人大、政府、政协等，其管辖范围和机关驻
地不变。
同年1月， 经省政府批准，牡丹区36个乡、镇、办事处改设为24个，撤销辛
集镇，将其行政区域并入岳程街道办事处；撤销庞王乡，将其行政区域并入牡丹
街道办事处；撤销二郎庙乡、解元集乡，将其行政区域并入马岭岗镇；撤销金堤
镇、何楼乡，以原金堤镇、何楼乡的行政区域设立何楼镇，镇人民政府驻原何楼
乡人民政府驻地；撤销侯集乡，将其行政区域并入黄罡镇；撤销马村集乡，将其
行政区域并入小留镇；撤销刘寨乡，将其行政区域并入吴店镇；撤销贾坊乡，将
其行政区域并入吕陵镇；撤销李庄集镇，将其行政区域并入李村镇；撤销白虎集
乡，将其行政区域并入高庄镇；撤销新兴乡，将其行政区域并入沙土镇。
2月， 经省政府批准，撤销佃户屯乡，设立佃户屯街道办事处，其管辖范围
和驻地机关不变。同时，将丹阳办事处、岳程办事处、佃户屯办事处纳入菏泽开
发区管理。牡丹区所辖乡、镇、办事处减少至21个，区划总面积由1399.6平方公
里减至1249平方公里。
2004年9月， 经省政府批准，撤销杜庄乡，以原杜庄乡的行政区域设立万福
街道办事处，办事处机关驻原杜庄乡人民政府驻地；撤销何楼镇，以原何楼镇的
行政区域设立何楼街道办事处，办事处机关驻原何楼镇人民政府驻地。
至2005年， 牡丹区下辖皇镇乡、胡集乡2个乡；大黄集镇、马岭岗镇、王浩
屯镇、李村镇、高庄镇、吕陵镇、吴店镇、小留镇、黄堽镇、都司镇、安兴镇、
沙土镇12个镇；东城街道办事处、西城街道办事处、南城街道办事处、北城街道
办事处、牡丹街道办事处、何楼街道办事处、万福街道办事处7个城区办事处。