第二产业主要分为生产加工行业和建筑行业。1985年，牡丹区民营企业（时
为乡镇企业） 主要是以农产品加工为主的小型企业，共有各类加工企业723处，
从业人员30899人， 总产值1.01亿元。进入90年代，随着国家一系列优惠政策的
出台，各行各业得到了较快发展，1990年各类加工产业已发展到8236处，企业产
值2.2亿元。 2005年， 全区各类生产加工型民营企业发展到19241家，从业人员
163252人，产值突破90亿，主要涉及医药化工、食品加工、果蔬加工、木材加工、
面粉加工、 棉纺加工、畜产加工、花卉、建筑等产业，建筑企业发展到280家。
果蔬加工业、畜产品加工业、粮油加工业、食品加工业、棉纺加工业和木材加工
业、机械电子、医药化工、花卉生产等是全区的主导产业。至2005年底，全区果
蔬加工企业发展到43家， 主要分布于沙土、吕陵等乡镇，年实现销售收入7.7亿
元；畜产品加工业发展到93家，主要集中在都司镇西马垓村、胡集乡东马垓村的
加工户， 年实现销售收入3.9亿元；棉纺加工业发展到44家，主要分布于吕陵、
李村、 王浩屯、何楼、安兴等乡镇，年实现销售收入4.3亿元；木材加工业发展
到230家，主要分布于大黄集、沙土等乡镇，年实现销售收入7.2亿元；面粉加工
主要是以大黄集镇为主，全区共有面粉加工企业28家，年实现销售收入11.2亿元；
医药化工是牡丹区的高新技术产业，全区共新建医药加工企业13家，主要分布于
高新技术产业区，2005年实现销售收入17亿元；花卉业以牡丹花木为主，主要分
布于牡丹办事处，集种、产、销、研一体化，年实现销售收入3.1亿元。