1976年设置了三废治理办公室，1981年11月，成立了环境保护监测站。通过调整布局，综合利用，治理污染，改善厂容等措旋，菏泽市的环境保护工作，有了新的起色，被污染的环境得到了初步治理。
污水治理 1977年始，对菏泽针织厂、制线厂、制革厂、自行车零件厂等24个单位的工业排放废水进行治理，采用了谁污染谁治理的原则，各厂组织技术力量，实施工艺改革。1978年生建机械厂完成了电镀含铬污水处理装置。1979年菏泽城关五金电器厂试制无氰电镀成功；制革厂酶法脱毛和铬回收工艺改革完成；自行车零件厂无氰镀锌工艺改革投产。1980年8月电讯十厂化学沉淀法处理废水成功；自行车厂镀铬污水处理站建成。1981年菏泽印染厂完
成丝光机淡咸回收项目及综合废水曝气生化处理工程完工；针织厂、制线厂生化处理改用化学沉淀法处理设施竣工。1985年造纸厂白水回收装置建成。至1985年，共完成了13个单位17个污染源的治理，每年处理污水能力达257万吨，占全年工业废水排放量的32．5%。
为治理城内污水，于1983年建成了引黄排污工程，又于1984年11月清挖了护城河和南关排水沟，修建了南关提水闸，做到旱能进水，涝能排水，使城内污水变清水，死水变活水。
烟尘治理 1980年统计，本市有锅炉54台，年耗煤量达6万吨；后锅炉增加到130台，全年耗煤量达9．48万吨，从1977年始，开始重视锅炉的消烟除尘工作，先后有22个单位的锅炉进行了更新改造。主要是增加烟道除尘，改造炉膛、水管喷淋等设置，但除尘仍没取得理想效果。1985年菏泽卷烟厂锅炉安装文丘里水沫除尘器，将排放烟尘浓度控制在林格曼烟气浓度图2级以下，达到了国家规定的排放标准，开创了新纪录。自此菏泽市消烟除尘工作大规
模展开。
废气治理 1985年全市有工艺废气污染源17处。主要是造纸制浆、电镀铬、化肥、磷肥、铅字、油漆等工艺废气。每年排放最近1亿标立方米，净化处理2300万标立方米，处理率为23%。1980年电讯十厂安置了铬雾回收器，磷肥厂建成了氟气回收装置，增加了回收经济收益。
废渣垃圾处理 1976年排放工业固体废渣为2．37万吨。1978年始，菏泽县化肥厂、菏泽第二电厂、跃进化肥厂等许多企业、工厂，将燃烧煤渣以每吨6元的价格，出售给砖瓦窑厂，烧制内燃砖，走综合利用的路子；一部分作为填坑、铺路或群众建房垫地基之用。年排放垃圾5万吨，大部分倒入坑塘，不过，有的单位或个人收买垃圾填坑造地，导致坑水污染，水质恶化，已成公害，至今未能得到妥善处理。
噪声治理 由于交通、商业和第三产业的迅速发展带来的噪声，严重影响了城市生活环境的安静。从1984年起，菏泽市着手对环境噪声的治理。规定南从火车站起，北到菏泽师专止；东从菏泽东火车站起，西到菏泽气象台止，为菏泽市区环境噪声控制区。1985年制订的《菏泽市交通噪声管制暂行办法》规定：凡拖拉机及载重量为8吨以上的汽车，不得在中华路、康庄路、牡丹路、西环城路之间市中心区行驶；载重量1．5吨以上的货车禁止在东方红
大街、道碑街行驶；在城区行驶的机动车，必须装置性能良好的消声器；火车驶行市区，只许使用风笛，不得使用气笛。
城市社会生活噪声主要是来源于市场、商业、建筑施工、广播、电视等。1984年11月8日决定菏泽汽车站、各联户客车站高声喇叭严禁使用。1985年下达《关于在市区内禁止使用高音喇叭的通知》，对市区45个广播呼声点加以控制。市区噪声得到了治理。
控制新污染源、调整工业布局 为控制新污染源的产生，1981年以来市环保局下达了《新建项日建立环境影响报告审批制度的通卸》，要求企业、事业单位进行新建、改建和扩建工程，必须填写《环境影响报告》表，经环境保护部门和其他有关部门审查批准才能进行设计。菏泽跃进化肥厂的碳黑车间、菏泽造纸厂五号纸机的设置等建设项目，做到了主体工程与治理污染设施同时设计、同时施工、同时投产，控制了新污染源的产生。
1985年5月，对工艺落后、产品成本高、质量差、能源消费大、污染严重的16家工厂、企业实行了关、停、并、转、迁。6个电镀厂转产，1个电镀厂搬迁，保留的电镀厂点全部改为无氰电镀。接着又对菏泽化肥厂、砂轮厂、礼花厂、城关一校炼油厂分别采取了关、停、并、转的措施。1985年菏泽齿轮厂锻打车间、菏泽市刻字厂铸字车间、西城三办织袋厂进行了搬迁，环境污染大为减少。
征收排污费 1980年10月1日起，对全民和集体所有制企业、事业单位，凡排放超过国家《工业“三废”排放试行标准》的污水和含病原体的污水实行排污征费，同时对排放废气（包括工业废气、锅炉烟尘）、废渣、粉尘的企事业征收排污费。几年来为环境污染治理和环保业务建设提供了补助资金707．2万元，建置了污染源治理项目49个，为保护和改善环境起了重大作用。
开展环境优美工厂活动 1986年开始在全市范围内开展评选环境优美工厂活动，对执行《环境保护法》，环境保护管理，治理污染源，绿化、美化、净化环境，经济收益、社会效益、技术改革等成绩显著，有突出贡献的企事业单位，给予表彰和鼓励。菏泽印染厂、仪表厂、山东电讯十厂等5个企业被评为省级环境优美工厂，有力地推动了环境治理工作。
法规治理 1981年先后制定和颁发了《菏泽城关镇卫生管理试行规定》、《关于开展农村环境保护工作的意见》、《征收排污费实施意见》、《菏泽城市管理暂行规定》、《菏泽市城市交通噪声管理暂行办法》等地方法规。这些意见、规定、办法的实施对环境保护起到了积极作用，使菏泽环境管理工作纳入了以法办事的轨道。