1979年调查，菏泽城市每年排放废水672万吨，其中化学工业排放50万吨、印染工业排放98万吨、造纸工业排放61万吨、电镀工业排放11万吨。制革工业排放10万吨、其他工业排放80万吨、医院排放28万吨、城市生活污水334万吨。废水中含有铬、锌、硫化物、酚、酸碱类、有机物、病源体等多种污染物。废水直接排入河道、沟、渠或坑塘，甚至横溢街巷。
菏泽城内旧坑塘遍布，古井甚多，自古有72个坑、72眼井的传说。1979年调查，80%以上的坑塘、古井水色变黑，味发臭。坑旁井边坟蝇孳生，坑塘内养殖水生物大量死亡，坑塘面积逐年缩小；污水长期积存，渗入地下，地下水不同程度受剑破坏，导致80%的井水不宜饮用。
菏泽市区空气污染，主要来自燃烧煤炭排放的烟气、烟尘和机动车辆排放的有害气体。1985年城区有54座工业锅炉，80%的锅炉是手工操作，没有消烟除尘设备。烟尘黑度一般都在林格曼四级以上。每年排放烟气，测算为600万立方米，其中含有二氧化硫1．2万吨，一氧化碳、氮氧化物、烟尘4080吨。