1986年，临沭县党政群机关机构设置情况见本志中国共产党临沭县地方组织、地方国家权力机关、地方国家行政机关和人民政协组织、人民团体等编章，本节不再重复记述。
1993年12月18日，按照地委、行署关于县乡党政机构改革的统一部署，县委、县政府印发《临沭县县乡机构改革方案》，至1994年3月17日改革基本结束。全县列入这次县直机关机构改革的工作部门和单位共91个。上级核定临沭县为二类甲级县，机构设置总数为40个，即县委工作部门5个：设县委办公室、县委组织部、县委宣传部、县委统战部、县委政法委员会；县府工作部门25个：设县政府办公室、县经济委员会、县对外经济贸易委员会、县计划委员会、县城乡建设环境保护委员会、县科学技术委员会、县教育委员会、县文化体育委员会、县计划生育委员会、县公安局、县司法局、县民政局、县人事局（机构编制委员会办公室与其合署）、县劳动局、县财政局、县税务局、县交通局、县农业局、县林业局、县水利局、县卫生局、县审计局、县统计局、县工商行政管理局、县土地矿产管理局。按《党章》《宪法》和有关规定设置机构10个：设县纪律检查委员会（监察局与其合署）、县直机关党委（机关武装部划归县人武部）、人民法院、人民检察院、人民武装部（包括县直武装工作）、人大、政协、工会、共青团、妇联。县委、县政府结合本县实际情况，除按上级规定的机构限额设置外，保留了6个不列县委、县府工作部门序列，由有关部门直接管理的行政机构，分别是老干部工作办公室、信访办公室、农业领导小组办公室、财贸领导小组办公室、乡镇企业办公室、经济体制改革办公室。成建制转为服务实体的单位有7个，分别是畜牧开发服务中心、农机管理服务中心、多种经营服务中心、扶贫办公室、环境保护办公室、技术监督办公室、广播电视台。这些单位退出县政府工作部门序列，主要行使和强化社会服务职能，有的行政职能划归有关行政管理部门，有的由其主管部门赋予部分微观管理的行政职能，主管部门主要是进行宏观控制。成建制转为经济实体的单位有6个，分别是商业贸易总公司、粮油工业总公司、二轻集体工业联社、经济技术协作交流公司、县供销合作社联合社、物资集团总公司。这些单位由原来的行政局和行政性公司彻底转为经济组织，退出县政府工作部门序列，与县财政脱钩，其行政职能全部划归行政主管部门。撤销合并减少的行政管理部门和单位32个，占原有机构总数的35.16%。其中，正科级单位15个，副科级单位17个。这些部门有的直接撤销，其职能分解，划归有关部门，有的两个部门合并，其职能随之合并到一个部门。
按照上级规定的测算标准，临沭县共设乡镇20个，其中一类乡镇10个（6镇4乡）、二类乡镇10个。县委、县政府结合县内乡镇实际情况，确定乡镇管理体制设7个综合办公室，即党政办公室、农业办公室、财贸办公室、企业办公室、社会事务办公室、文教卫生办公室、计划生育办公室。将建设环境土地管理职能划归农业办公室。同时撤销乡镇原有的3个副乡级单位，即信访办公室、经济委员会、计划生育委员会。各办公室主任由党委、政府领导成员兼任，原享受正副乡级待遇的干部，配备到各办公室任助理员，享受原来的政治经济待遇。乡镇人大、政协机构暂时保留，但在人员安排上作了个别调整，对年龄偏大，一时调整不了的暂时保留。
2001年1月8日，根据省、市的总体要求和《山东省人民政府关于同意临沭县调整部分乡镇行政区划的批复》（鲁政函民字〔2000〕92号）精神，县委、县政府印发《关于调整部分乡镇行政区划的通知》，对乡镇行政区划进行调整，撤并乡镇8个。原行政区划保持不变的有4个镇，即白旄镇、蛟龙镇、郑山镇、玉山镇，对其余16个乡镇分别合并为8个乡镇，即朱仓乡与东盘乡合并为朱仓乡，临沭镇与周庄镇合并为临沭镇，青云乡与韩村镇合并改名为青云镇，南古镇与醋庄乡合并为南古镇，曹庄镇与华桥乡合并为曹庄镇，石门镇与前庄乡合并为石门镇，店头镇与官庄乡合并为店头镇，大兴镇与古龙岗乡合并为大兴镇。乡镇合并后，全县由原来的13镇7乡调整为11镇1乡，每乡镇平均人口5.1万人。12月4日，县委、县政府印发《临沭县乡镇党政机关机构改革方案（试行草案）》，启动乡镇党政机关机构改革，至2002年1月31日改革工作基本结束。各乡镇党政机关统一设置4个综合办公室，即党政办公室、经济发展办公室、文教卫生计划生育办公室、社会事务办公室（挂社会治安综合治理办公室的牌子）。同时，根据区划调整后乡镇人口、区划面积等因素，对乡镇行政编制进行了重新核定，临沭镇、大兴镇、曹庄镇各核定行政编制45名，青云镇、石门镇、南古镇各核定行政编制40名，蛟龙镇、郑山镇、白旄镇、玉山镇、店头镇、朱仓乡各核定行政编制35名。
乡镇行政机关机构改革完成后，2002年6月8日，县委、县政府印发《关于县直党政机关机构改革的实施意见》，启动县直党政机关机构改革。改革调整后，县委设工作机构（部门）7个，即县纪律检查委员会（县监察局与其合署）、县委办公室、县委组织部、县委宣传部、县委统一战线工作部（挂政府台湾事务办公室牌子）、县委政法委员会（县社会治安综合治理委员会办公室与其合署）、县直机关工作委员会。县委设部门管理机构2个，即县委、县政府信访局，县委老干部局；设不占机构个数的机构1个，即县委610办公室。县政府设工作部门24个（监察局与纪律检查委员会机关合署，列入政府工作部门序列，不计政府机构个数），即县政府办公室、发展计划局、经济贸易局（加挂安全生产监督管理局牌子）、教育局、科学技术局、公安局、监察局（与纪律检查委员会机关合署）、民政局、司法局、财政局、人事局（机构编制委员会办公室与其合署）、劳动和社会保障局、国土资源局、建设局、交通局、水利局、农业局（加挂林业局牌子）、对外贸易经济合作局（加挂招商局牌子）、文化体育局、卫生局、计划生育局、审计局、环境保护局、民族宗教事务局、统计局。县委机关核定行政编制113名，县政府机关核定行政编制337名。同时撤销粮食局、物价局、林业局，改为事业单位。
2004年12月31日，临沂市委、市政府印发《临沭县人民政府机构改革方案》，启动县政府机构改革工作，将县发展计划局更名为县发展和改革局，将计划生育局更名为县人口和计划生育局，将安全生产监督管理局列为政府组成部门，撤销对外经济贸易合作局，改为事业单位。改革调整后，县政府设工作部门24个（监察局与纪律检查委员会机关合署，列入政府工作部门序列，不计政府机构个数）：县政府办公室、发展和改革局、经济贸易局、教育局、科学技术局、公安局、监察局（与纪律检查委员会机关合署）、民政局、司法局、财政局、人事局（机构编制委员会办公室与其合署）、劳动和社会保障局、国土资源局、建设局、交通局、水利局、农业局（挂林业局牌子）、文化体育局、卫生局、人口和计划生育局、审计局、环境保护局、安全生产监督管理局、民族宗教事务局、统计局。
2007年3月29日，县委、县政府印发《临沭县乡镇机构改革方案》，12个乡镇统一设置4个综合性行政办公室：党政办公室、经济发展办公室、社会事务办公室、社会稳定办公室。打破原有的事业机构设置格局，撤销原乡镇事业单位，进行重新设置，实现政府由"花钱养人"到"花钱办事"。除农村中小学、卫生院外，各乡镇统一设置4个财政拨款的股级事业单位：财经服务中心、计划生育服务中心、农业综合服务中心、社会事务综合服务中心。
至2007年年底，除教育系统外，由历次机构改革退出政府组成部门及根据工作需要设置的局级事业单位共有14个，分别是房管局、农机中心、开发扶贫办、外经贸局、畜牧中心、粮油总公司、林业局、物价中心、广播局、临沭经济开发区管委会、城乡规划局、旅游局、苍马山景区管委会、沭河古道景区管理处。