1986年－2007年，县政府机构历经3次大的机构改革，小的调整几乎没有间断。
1986年，县政府设工作部门27个，即县政府办公室、县计划委员会、县经济委员会、县科学技术委员会、县城乡建设委员会、县计划生育委员会、县民政局、县公安局、县司法局、县人事局、县劳动局、县财政局、县税务局、县工商行政管理局、县统计局、县物价局、县商业局、县交通局、县农牧渔业局、县林业局、县水利局、县乡镇企业局、县粮食局、县教育局、县卫生局、县文化局、县广播电视管理局。1987年6月，县土地管理办公室更名县土地管理局，升格为正科级单位；同年12月，县政府经济技术协作办公室升格为正科级事业单位。1988年1月，设立县监察局，列县政府工作部门序列；2月，县环境保护办公室升格为正科级单位；6月，设立县对外贸易经济合作委员会、县经济体制改革委员会，均列政府工作部门序列，设立县经济研究中心；8月，县农业机械管理服务公司更名农业机械管理局。1989年3月，设立县一轻工业公司；5月，撤销县委农村工作部，设立县农业委员会，列政府工作部门序列，设立县黄淮海平原农业综合开发办公室；8月，县农牧渔业局更名农业局，复设县畜牧局。1990年2月，县一轻工业公司更名第一轻工业局；6月，设立县财贸委员会，列政府工作部门序列，设立县技术监督局，县环境保护办公室更名环境保护局；7月，设立县政府法制局；8月，县供电局更名县电业局，县史志办升格为正科级事业单位。1991年12月，撤销县轻工业公司，设立第二轻工业局。1992年12月，撤销县粮食局，设立县粮油集团总公司，设立县物资集团总公司，县商业局更名县商业集团总公司。1993年5月，县对外贸易公司更名县对外贸易总公司，加挂对县外贸易局的牌子。
1993年12月机构改革，县政府设工作部门25个，序列外行政机构2个，事业单位8个，经济实体性公司5个；撤销机构15个。政府工作部门包括县政府办公室、县经济委员会、县对外经济贸易委员会、县商业贸易委员会、县计划委员会、县城乡建设委员会、县科学技术委员会、县教育委员会、县计划生育委员会、县公安局、县司法局、县民政局、县人事局（机构编制委员会办公室与其合署）、县劳动局、县财政局、县税务局、县交通局、县农业局、县林业局、县水利局、县卫生局、县审计局、县工商行政管理局、县土地矿产管理局、县统计局，县监察局（与县纪律检查委员会合署，不计县政府机构个数）；序列外行政机构包括县经济体制改革办公室、县农业领导小组办公室；事业单位包括县农机综合服务公司、畜牧开发服务公司、黄淮海平原开发办公室、扶贫开发办公室、多种经营办公室、乡镇企业办公室、技术监督办公室、环境保护办公室；经济实体性公司包括县二轻联社、商贸总公司、粮食工业总公司、物资贸易总公司、经济技术协作交流公司。撤销县经济体制改革委员会、县经济研究中心、县法制局、县乡镇企业局、县职教办、县财贸委员会、县环保局、县体育委员会、县公证处、县国有资产管理局、县农业委员会、县爱国卫生委员会办公室、县物价局、县土地局、县矿产局。1994年3月，县广播电视服务中心更名县广播电视台；8月，撤销县税务局，分设国家税务局和地方税务局；10月，县电业局更名县电力总公司。1995年5月，县技术监督办公室更名技术监督局，列县政府职能部门；7月，县广播电视台更名县广播电视局。1996年6月，复设县粮食局，列政府职能部门。1997年7月，县经济技术协作总公司更名县经济协作办公室。1999年5月，县劳动局更名县劳动和社会保障局。
2002年6月机构改革，县政府设工作部门24个，即县政府办公室、县发展计划局、县经济贸易局、县教育局、县科学技术局、县公安局、县民政局、县司法局、县财政局、县人事局（机构编制委员会办公室与其合署）、县劳动和社会保障局、县国土资源局、县建设局、县交通局、县水利局、县农业局、县对外经济贸易合作局（挂招商局牌子）、县文化体育局、县卫生局、县计划生育局、县审计局、县环境保护局、县民族宗教事务管理局、县统计局，县监察局（与县纪律检查委员会合署，列政府工作部门，不占机构个数）。撤销县财贸领导小组办公室、县乡镇企业办公室，其行政职能划入县经济贸易局；撤销县粮食局、县物价局，其行政职能划归县发展计划局；县农业领导小组办公室、县多种经营办公室并至县农业局，同时加挂林业局的牌子；县国有资产管理局并入县财政局。2005年3月，成立县城市管理行政执法局，县发展计划局与经济体制改革办公室合并，更名为县发展和改革局；5月，县安全生产监督管理局取代对外经济贸易合作局列为县政府工作部门。2006年4月，复设县粮食局。2007年2月，设立县城乡规划管理局；3月，重组县旅游局，下设苍马山景区管理处和沭河古道管理处；11月，县畜牧开发服务中心更名县畜牧局。
2007年，县政府设工作部门24个，即县政府办公室、县发展和改革局、县经济贸易局、县教育局、县科学技术局、县公安局、县民政局、县司法局、县财政局、县人事局（机构编制委员会办公室与其合署）、县劳动和社会保障局、县国土资源局、县建设局、县交通局、县水利局、县农业局、县安全生产监督管理局、县文化体育局、县卫生局、县计划生育局、县审计局、县统计局、县环境保护局、县民族宗教事务管理局，县监察局（与县纪律检查委员会合署，列政府工作部门，不占机构个数）。