1989年，山东省审计厅《关于建立内部审计机构加强审计监督的通知》下发，至1996年全县11个行政事业单位及17个乡镇（经管站）建立内部审计机构，成为全县经济监督体系中一支重要监督力量。实施审计项目23个，增收节支231万元。1989年，县粮食局内部审计科查出原石门镇粮管所出纳员蔺奉善贪污案一宗，移交检察机关立案处理。1991年，全县实施内部审计项目113个，查出损失浪费金额34万元，纠正违规违纪资金512万元；核减基础建设工程决算132万元，提出改进建议43条。1994年，实施审计项目129个，纠正违规违纪资金413万元，增收节支235万元。1995年－2003年，共安排实施审计项目712个，查出损失浪费金额1226万元，增收节支1031万元。2006年，实施审计项目423个，纠正违规违纪资金1223万元，查出损失浪费金额431万元，增收节支1247万元。当年，山东金沂蒙有限公司被国家审计署表彰为全国内部审计先进单位，其设立审计师和聘任总审计师进行内部审计的经验在全国推广。2007年，全县共设内部审计机构85个，其中乡镇审计机构12个、企业内审机构34个、金融系统内审机构6个、行政机关内审机构23个、事业单位内审机构10个，内部审计人员共313人。