1986年10月，临沭县财政局在人事秘书股、预算管理股、农业财务股、企业财务股、行政事业财务股五个股室的基础上，增设预算外资金管理股。1988年5月，增设农业税征管股、财政监察股，是年增设控制社会集团购买力办公室，与行政事业财务股合署办公，8月增设山东省临沂地区会计师事务所临沭分所。1989年3月，控制社会集团购买力办公室单列，7月增设财政驻厂所，9月增设农业发展基金征集使用管理办公室，10月增设行政监察室，成立临沭县税收财务物价大检查办公室。1991年6月，增设国债服务部，10月成立临沭县国有资产管理局，为正科级行政单位，和县财政局一套班子，挂两个牌子。1992年12月，增设农税检察室，属县检察院派出机构，所需人员分别从检察院和财政局内部调剂，税收财务物价大检查办公室升格为副科级行政单位，挂靠财政局。1993年，预算外资金管理股更名为综合计划股，10月成立临沭县房改资金管理中心，12月撤销税收财务物价大检查办公室和国有资产管理局。1994年3月，成立临沭县经济开发投资公司，隶属财政局，恢复国有资产管理局。1995年6月，增设税政科，10月恢复税收财务物价大检查办公室，为财政局内部股级行政单位。1996年4月，撤销综合计划股，成立临沭县预算外资金管理办公室，为副科级事业单位，内部设立征管股、稽查股、财务股、票据管理股。1997年8月，增设社会保障科。2000年4月，设立财政监督检查局，为副科级事业单位，同时撤销税收财务物价大检查办公室；增设会计管理科、基本建设财务管理科；行财科加挂政府采购中心牌子，办公室加挂信息中心牌子。2002年8月，成立农业税收征收管理局，为正科级事业单位，下设综合科、征管科和稽查科。2003年7月，撤销国有资产管理局，设立国有资产管理科，为财政局内部科室。2005年3月，撤销基本建设财务管理科，设立经济建设科。2006年3月，临沭县公有资产运营公司（正科级事业单位）机构编制及业务职能划转县财政局。2007年2月，设立国库科、集中支付中心，撤销驻厂所，将预算外资金管理办公室更名为非税收入管理局。2007年年底，县财政局共下设办公室（信息中心）、预算科、国库科(集中支付中心、政府采购中心)、文教行政事业财务科、农业财务科、企业财务科（债务金融科）、经济建设科、国有资产管理科（统计评价科）、社会保障管理科、会计管理科、税政法规科11个职能科室；隶属财政局的二级单位有非税收入管理局、财政监督检查局；挂靠财政局的正科级单位有经济开发投资公司、农业税收征收管理局、公有资产运营公司。
1986年，全面建立乡镇级财政机构，全县20个乡镇相继建立财政所。财政所作为乡镇级财政的主管机关，接受乡镇人民政府和县财政局双重领导。2001年，全县乡镇区划调整，财政所由20个合并为12个。2002年，乡镇成立农税所，与财政所合署办公。