基层供销社 1986年，在对外开放，对内搞活方针指导下，县供销社完善企业内部经济责任制，在全系统推行联利联销计酬责任制。1990年，所属企业和基层供销社实行税前全额利润承包，各基层社与县供销社签订承包经营合同。各企业内部实行以联利联销计酬为主要形式的经济责任制，不搞层层承包经营，不再实行包干。1992年5月，推行"四放开"（经营放开、价格放开、分配放开、用工放开）改革，基层社实行"包死基数，确保上交、超收自留，欠收自补，优化组合，风险抵押"承包方式。1993年，建立起"自主经营、自负盈亏、自我发展、自我约束"四自机制，继续实行承包经营责任制。在企业内部完善责权利相统一，收入与贡献相联系，职务与单位效益相挂钩经济责任制。1994年，总结"四放开"等经营责任制经验教训，在全县20个基层社进行产权制度改革，进一步明确企业产权关系。在形式上由利润大包干，定额管理等改为对农副产品、农业生产资料和食盐实行"持股经营、风险共担"；对零售门店实行"租壳卖瓤、社有民营"形式；对少数地处偏僻、亏损严重、资不抵债的门店实行拍卖、出租或兼并。全面推行"抽本经营"改革举措，企业抽回商品资金，职工买断经营自主权，彻底解决基层社长期亏损问题。全系统20个基层社有232个经营单位实行"抽本经营"，共收回资金265.4万元。在向市场经济转轨过程中，由于体制、机制改革滞后等，21世纪初期，供销系统处在最困难的时期。2004年，有近四分之一基层社被拍卖，其余单位绝大部分资产被法院查封、扣押，整个系统职工人心浮动，上访事件接连不断。2005年，启动诉讼案件50余件，累计化解债务本息1.11亿元，其中，本金4761.5万元，利息6338.5万元。2005年起，县供销社系统大力发展专业合作社，参与推动农业产业化和商品经营连锁化。把供销社办成农民合作经济组织，发展农村合作经济，调整和优化农村产业结构。2006年，实施万村千乡市场工程。
直属企业 1989年5月，成立县农业生产资料总公司，主要经营化肥、农药、地膜等农业生产资料批发零售及农副产品购销。2000年，公司内部实行以科室为单位集体承包形式，在各乡镇设立供应点。为扩大经营范围和服务领域，开拓柳编工艺品经营业务，并成立临沭县第一家复合肥生产企业，实行产销一体化。但至2000年年底，公司由于经营管理不善等原因，停止经营，职工全部下岗。2002年12月，县政府决定将该公司0.8公顷土地使用权公开拍卖，偿还农村信用社贷款本息，其余收益用于安置职工，偿还职工和社会融资及其他负债，至此，县农业生产资料总公司破产。
1993年6月，县果品公司所属业务分为果品蔬菜总公司、供销冷藏厂、盐业公司，分别实行独立核算单独经营。1994年9月，为摆脱亏损局面，县政府决定，县果品公司收回供销冷藏厂。但合并后仍出现经营困难，连年亏损，2003年实行对外承包租赁。
2002年－2003年，县棉麻公司、县土产公司先后完成企业改制，组建为有限责任公司，基本实现"改制、销账、减人"和转换经营机制。