1986年，临沭县对全民所有制小型商业企业实行承包经营责任制，取消标准工资和奖金，推行"四定、五考核、百元销售工资含量"责任制。1990年，商业局下属的6个企业实施第二轮承包。1992年，商业系统全部采用工效挂钩的效益工资办法，实行"经营、价格、分配、用工"四放开。1993年，实行批发转零售、母体裂变、组建单体公司，企业逐步走向市场。1994年，推行企业产权制度改革，实现由计划经济向社会主义市场经济的转轨，基本建立起适应社会主义市场经济要求的企业运行管理机制，民营商业企业快速发展。对35个小型商业网点实行"国有民营"改革，其中实行"大包干"的9个，抽本租赁经营的26个，饮食服务公司还引进个体经营机制，人民商场、五金交电化工公司等单位实行了内部承包、工效挂钩考核责任制。全系统实行"全员劳动合同制"。1995年，全县小型商业网点全部推行抽本租赁经营和风险抵押。2003年，对到期的7家流通企业，进行新一轮租赁。2007年，6个商业企业全部实行租赁承包。临沭县商业企业主要改制过程如下：
1988年12月，县糖业烟酒公司兼并县副食品加工厂。1989年，为繁荣临沭商业市场，适应市场需求，由县五金交电化工公司出资，建设临沭县商业大厦，隶属县五金交电化工公司。1992年临沭县商业大厦与县五金交电化工公司分开，成为独立法人单位，后由于市场及经营等方面原因，企业长期处于亏损状态，2003年7月宣布破产，资产公开拍卖，拍卖所得安置原企业职工。江苏省盐城客商购买后，开办千家惠超市。
1991年，县食品公司与县肉联厂分开，20个乡镇食品站为独立的企业法人。1993年，县肉联厂分为6个独立核算的分厂。1994年，又将县食品公司、肉联厂等27个独立法人单位合并组建县食品总公司。1996年5月15日，县食品公司在全县设20个屠宰点，实行定点屠宰。1998年由新华食品有限公司对县食品总公司实行租赁经营，租期6年。2004年7月，为化解债务县食品总公司宣布破产，至2007年破产清算兑付工作仍在进行中。
1991年，县百货公司改为县百货总公司，下设百货批发公司、纺织批发公司、文化鞋帽用品批发公司、家电批发公司。12月，县百货总公司下属的县人民商场建成运营。1992年，县人民商场改为独立法人单位。2000年实行抽本经营和租赁经营，2006年3月宣布破产，资产被县内客商购买，开办大润发超市。
1992年7月，临沭县商业物资公司成立，下设2个加油站，1个液化气站。两年后该公司撤销。加油站并入县烟酒公司，液化气站并入商业大厦，后出售给个人经营。1992年7月，临沭县蔬菜公司成立，1994年3月并入县烟酒公司。1993年4月，县副食品加工厂更名为国营临沭县食品总厂，后被金正大公司兼并。1994年11月，中央商城建成运营。1995年1月，县百货总公司下设的专业批发公司取消，成立百源大世界。百源大世界、百货大楼从百货总公司分离，成为独立法人单位。1996年8月，县五金交电化工公司母体分离，所属金元商城成为独立法人单位。1998年，除县百货总公司、县五金交电化工公司因包袱沉重停业，其余企业全部租赁经营。
1997年3月，县商贸总公司成立农业发展公司。1998年8月，对农业发展公司先出售后改制，注册成立临沂市金大地复合肥有限公司。同年12月，兼并临沭县食品总厂。2003年10月，企业改制，更名为山东金正大生态工程股份有限公司，成为民营企业，主要从事复合肥、缓控释肥、生物有机肥及其他新型肥料的研发、生产和销售。
1998年始，为适应市场经济需要，对全县商业系统人事管理制度进行改革。坚持能者上、庸者下的用人原则，对不称职的企业经理进行撤换，把懂经营、会管理、有较强业务能力的人及时提拔到领导岗位上来，共对3个单位的负责人，通过竞争进行撤换。此后历经商业企业改制，这些人成为临沭县商业行业的骨干。