太平军占领高唐
1854年(咸丰四年)2月，太平天国北伐军从天津附近的独流南撤，3月占阜城，5月5日移军连镇，27日夜李开芳率630余名骑兵南下，29日下午攻打高唐州城，守城清军弃城逃走，州牧魏文瀚投井自杀，李开芳部占据了高唐州城。
清军江北大营帮办军机大臣胜保带清军追至高唐，在北五里铺扎营；咸丰帝又继派山东巡抚觉罗崇恩，带兵在城东北七里庄扎营，与胜保军成犄角之势。太平军沿城墙外围设立了一圈木栅栏，用土培实。同时挖了壕沟、陷坑。城内挖了许多地洞，有地道直通城外，夜间经常由此外出袭击清军。清军围攻数月没能攻入城内。又继派贝子德楞额及田在、田军等3人率军增援。1854年9月，数万清军由胜保统一指挥，对太平军组织强攻。清军在城四周筑堤坝、设障碍，并修炮台100多座。铸“神威”等铁炮多门，昼夜攻城。太平军将士与民众合力防守，多次击退进攻的清军。并用木桩、土石堵塞被清军火药轰塌的城墙缺口。久攻不下，咸丰帝大怒，将胜保“逮京问罪”，贬官边疆。
1855年3月，清军统帅蒙古科尔沁亲王僧格林沁，亲自领兵到高唐参战。清军组织重炮轰击城墙。李开芳经过10个月的战斗，在众寡悬殊、又无援军的情况下，遂于3月17日夜突围南下茌平县冯官屯。
捻军覆没南镇
捻军多次转战高唐，其中两次声势较大。
1867年(清同治六年)，捻军围困高唐州城，州牧帅嵩龄组织兵力死守，后捻军撤退。
1868年(同治七年)捻军在高唐南镇最后覆没。原在1866年分东、西捻军活动之后人们声称“小阎王”的张宗禹率西捻军入陕西进行抗清活动。1868年又经山西、直隶返回山东。4月初，北由德州抵达平原、禹城、茌平、博平、高唐等地，4月15日攻占高唐城南重镇南镇。至7月捻军进入县境数十村庄。捻军东奔西突、剽疾凌厉、飘忽不定、行踪难测，一日可狂驰200余里。
清政府“扼河而守”，调集各路军队尾追拦截，捻军被分割多股。7月，刘铭传、陈国瑞率清军加紧“围剿”，张宗禹率众奋力抵抗，终因寡不敌众，致使死伤惨重。7月中旬，徒骇河水暴涨，涉水不成，张宗禹欲夺南镇东南里许节义桥(原清建通济桥。道光十四年重建，更名节义桥，今已不存。)而走，又为清军所狙，遂在桥上投河而死。至此，历时16年之久，转战北方数省的捻军抗清斗争基本结束。
高唐神拳运动
(清光绪十一年)1885左右，高唐的王莫庄、琉璃寺村等地，设立拳场，成为神拳活动的主要据点。1898年6月，拳场在琉璃寺一带迅速发展起来。1899年春，拳首朱红灯来高唐组织拳众开展活动，神拳逐渐成为有影响的组织。平原县杠子李庄等出现的拳场，就是从高唐流传过去的。
初期神拳是以孝敬父母、尊大爱小、和睦家乡、不贪财、不好色、医病行好、看家护院为目的。后因“非教民遇见教民都得让道”、“传教士利用教会特权，任意欺压平民”，引发了教民与神拳的矛盾斗争，使神拳走上政权斗争的道路。
神拳信神附体，念咒喝符，相信神家保佑，金钟罩身，刀枪不入。所以神拳又叫“金钟罩”。因倡导义和同心、团结一致，所以神拳也叫“义和拳”。义和拳组织遍布山东大地，一伙一伙，一团一团，组成一个个战斗团体，后来通称义和团。
1899(光绪二十五年)年，高唐琉璃寺一带兴起了女神拳场，参加的多是十几岁的姑娘。他们穿一身红，刀、枪带红缨，左手提一小红灯，坠一小红扇，名曰“红灯照”。是义和团的一支巾帼生力军。
朱红灯和高唐张大屯乡后杨庄的杨顺天(心诚和尚)是义和拳的最高拳首。琉璃寺乡郝庄的于清水、王莫庄的王立言、王德山(王子龙)、三里堂村的徐福、琉璃寺村的罗会英都是神拳的主要首领。
1899年11月14日(农历十月十三)，茌平县白官屯的神拳首领徐大香带拳众6人寻找神拳大队，从琉璃寺附近的张庄南路过，走到张庄东真武庙时，被负责守卫张庄教堂的骑兵马队(5匹马)看见，马队连同教民四五十人，拿着枪，喊着“要捉活的！”向拳众袭来。拳众见张庄马队、教民冲来，随按其附体请神程序，向东南作揖、叩头，然后向马队冲去。拳众中有个不足20岁的青年，非常勇敢，冲锋在前，砍死两个教民。徐大香砍死砍伤教民五六个。教徒吃了败仗，全跑光了。附近村的拳众听见枪声、鼓声纷纷前来，把张庄教堂围得水泄不通。近村群众也纷纷前来呐喊、助威，主动抱秫秸柴草焚烧教堂。傍晚，教堂内存放的火药燃烧爆炸，16间教堂化为焦土，百余件教会武器化为灰烬。大火蔓延，烧毁教民房屋180余间。神拳烧了张庄教堂后，教民纷纷反教，唱戏庆贺、塑神修庙，煞了洋人、教民威风，长了拳众、民众志气。当时有儿歌道：“小张庄，事事怪，10月14破了寨。打洋鼓，吹洋号，义和拳又来到；拆了堂，盖上庙，看你害臊不害臊。先学义和拳，后学红灯照，杀了洋鬼子，灭了天主教”。
1899年11月21日(农历十月十九日)夜，山东巡抚毓贤派马金叙率队来高唐镇压义和团，先在茌平五里堡逮捕了朱红灯，又于12月24日(农历十一月二十二日)，在高唐杨庄逮捕了心诚和尚杨顺天，并在心诚和尚家搜出洋枪2支、刀1把、马1匹。年底，心诚和尚与朱红灯在济南同时就义。
1900年夏初，王立言、于清水、徐福又率拳众千余人，二次围攻张庄教堂，同时组织攻打禹城御桥韩庄天主教堂。马金叙从济南率兵经禹城前来解围。杀拳众20余人，拳民纷纷离散。不久，王立言被俘，牺牲于济南。于清水、徐福、罗会英等拳首被捕，在高唐英勇就义。董延邦下落不明，据传带领余拳众北上去天津了。