商代，今冠县境域为“商畿内地”，属商都。西周初属“三监地”，后属卫国。春秋时期属晋国，县境南部有黄邑（今黄城），西部有冠氏邑。战国时期先后属晋、魏、赵国。秦代属东郡、邯郸郡。西汉隶属冀州魏郡，为馆陶、清渊县地。东汉仍隶属魏州魏郡，为馆陶、清渊县地。三国时期属魏国，为冀州阳平郡馆陶、清渊县地。西晋属司州阳平郡，为馆陶、清渊县地（《晋书》中所书的“清泉县”是为避唐皇帝李渊的讳，实为清渊县）。十六国时属后赵、前燕、前秦、北魏等国，先后属司州阳平郡、中州阳平郡、冀州贵乡郡、兖州阳平郡、相州阳平郡，均为馆陶县、清渊县地。南北朝时期，先为相州阳平郡馆陶县、清渊县地，546年（西魏大统十二年）改相州为司州，遂为司州阳平郡馆陶、清渊县地。580年（北周大象二年）于馆陶置毛州，为毛州阳平郡馆陶县、清渊县地。
586年（隋开皇六年），析馆陶县东部和清渊县南部置冠氏县，属毛州。606年（大业二年）毛州废，属魏州武阳郡。622年（唐武德五年）复置毛州，遂再属毛州。627年（唐贞观元年）全国设道，属河北道魏州魏郡；五代后梁、后唐时期属魏州，后晋时期属广晋府，后汉、后周时期属大名府。北宋时期改道为路，属河北东路大名府。金代，属大名府路大名府。元初属东平路。1269年（蒙古至元六年），冠氏县升为冠州，直隶中书省。1370年（明洪武三年），降州改为冠县，隶属山东布政使司东兖道东昌府。清代，冠县隶属山东省济东泰武临道东昌府。
1912年（民国元年），冠县属山东省济西道东昌府，1913年（民国2年）废府改属东临道。1928年（民国17年）道废，直隶属山东省。1936年（民国25年），省下设行政区，属山东省第六区（治聊城）。
1937年“七·七”事变后国民党冠县政府解体。1938年2月，建立冠县抗日政府，初属山东省第六专署。1939年9月，属鲁西北行政委员会。1940年4月，属鲁西北行政督察专员公署。1940年5月，建立冠县抗日民主政府。1940年11月，属鲁西区第三专署。1941年7月，属冀鲁豫区第三专署。1941年9月，属晋冀鲁豫边区政府第十八专署。1943年7月，属冀南区第七专署。1945年6月，属冀鲁豫区第七专署。1945年8月，冠县与永智县合并称永智县。1945年10月，属冀南区第一专署。1945年12月，恢复冠县称谓，仍属冀南区第一专署。1949年7月，属平原省聊城专署。
1952年12月，撤销平原省建置，冠县改属山东省聊城专署。1967年3月，属聊城地区革命委员会。1978年7月，属聊城地区行政公署。至今隶属关系未变。
冠县建置隶属沿革表
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┃时代 │名称 │治所 │隶属 │起止时间 │说明 ┃
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┃商 │ │ │商都 │约公元前16～前11世纪 │ ┃
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┃西周 │ │ │卫国 │约公元前11世纪～前771年 │西周初期为“三监地” ┃
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┃春秋 │黄邑 │黄城 │晋国 │公元前770～前476年 │黄邑又称黄城。 ┃
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┃ │冠氏邑 │东古城 │ │ │ ┃
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┃战国 │黄邑 │黄城 │晋国 魏国 赵国 │公元前476～前221年 │ ┃
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┃ │冠氏邑 │东古城 │ │ │ ┃
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┃秦 │ │ │东郡、邯郸郡 │公元前221～前206年 │东部属东郡西部属邯郸郡 ┃
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┃西汉 │馆陶县 │东古城 │冀州魏郡 │公元前206～公元25年 │ ┃
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┃ │清渊县 │清阳城 │ │ │ ┃
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┃东汉 │馆陶县 │东古城 │冀州魏郡 │公元25～220年 │ ┃
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┃ │清渊县 │清阳城 │ │ │ ┃
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┃三国（魏） │馆陶县 │东古城 │冀州阳平郡 │220～265年 │ ┃
┃ ├────────┼────────┤ │ │ ┃
┃ │清渊县 │清阳城 │ │ │ ┃
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┃西晋 │馆陶县 │东古城 │司州阳平郡 │265～317年 │ ┃
┃ ├────────┼────────┤ │ │ ┃
┃ │清渊县 │清阳城 │ │ │ ┃
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┃十六国 │馆陶县 │东古城 │司州阳平郡 │317～420年 │先后属后赵、前燕、前秦、北┃
┃ │ │ ├───────────────┤ │魏等国 ┃
┃ │ │ │中州阳平郡 │ │ ┃
┃ ├────────┼────────┼───────────────┤ │ ┃
┃ │ │ │冀州贵乡郡 │ │ ┃
┃ │ │ ├───────────────┤ │ ┃
┃ │清渊县 │清阳城 │兖州阳平郡 │ │ ┃
┃ │ │ ├───────────────┤ │ ┃
┃ │ │ │相州阳平郡 │ │ ┃
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┃南北朝 │北魏 │馆陶县 │东古城 │相州阳平郡 │420～581年 │ ┃
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┃ │ │清渊县 │清水堡 │ │ │治所今清水镇 ┃
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┃ │东魏 │馆陶县 │东古城 │司州阳平郡 │ │ ┃
┃ │ ├────────┼────────┤ │ ├─────────────┨
┃ │ │清渊县 │清水堡 │ │ │治所今清水镇 ┃
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┃ │北周 │馆陶县 │东古城 │毛州阳平郡 │ │ ┃
┃ │ ├────────┼────────┤ │ ├─────────────┨
┃ │ │清渊县 │清水堡 │ │ │治所今清水镇 ┃
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┃隋 │冠氏县 │今县城 │毛州 │581～618年 │后改属魏州武阳郡 ┃
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（续表）
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┃时代 │名称 │治所 │隶属 │起止时间 │说明 ┃
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┃唐 │冠氏县 │今县城 │毛州 │618～907年 │后改属河北道魏州魏郡。 ┃
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┃五代 │冠氏县 │今县城 │魏州、广晋府、大名府 │907～960年 │先后属后梁、后唐、后晋、后┃
┃ │ │ │ │ │汉、后周等国。 ┃
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┃北宋 │冠氏县 │今县城 │河北东路大名府 │960～1127年 │ ┃
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┃金 │冠氏县 │今县城 │大名府路大名府 │1127～1234年 │ ┃
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┃元（蒙古） │冠州 │今县城 │中书省 │1234～1368年 │1269年升为州。 ┃
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┃明 │冠县 │今县城 │山东布政使司东兖道东昌府 │1368～1644年 │1370年降州为县 ┃
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┃清 │冠县 │今县城 │山东省济东泰武临道东昌府 │1644～1911年 │ ┃
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┃中华民国 │冠县 │今县城 │山东省济西道东昌府 │1912～1913年 │ ┃
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┃ │冠县 │今县城 │山东省东临道东昌府 │1913～1928年 │ ┃
┃ ├────────┼────────┼───────────────┼──────────────────┼─────────────┨
┃ │冠县 │今县城 │山东省 │1928～1936年 │ ┃
┃ ├────────┼────────┼───────────────┼──────────────────┼─────────────┨
┃ │冠县 │今县城 │山东省第六督察专员公署 │1936～1939年9月 │ ┃
┃ ├────────┼────────┼───────────────┼──────────────────┼─────────────┨
┃ │冠县 │今县城 │鲁西北行政委员会 │1939年9月～1940年4月 │ ┃
┃ ├────────┼────────┼───────────────┼──────────────────┼─────────────┨
┃ │冠县 │今县城 │鲁西北行政督察专员公署 │1940年4月～1940年11月 │ ┃
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┃ │冠县 │今县城 │鲁西区第三专署、冀鲁豫区第三专│1940年11月～1943年7月 │ ┃
┃ │ │ │署、晋冀鲁豫边区政府第十八专署│ │ ┃
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┃ │冠县 │今县城 │冀南区第七专署冀鲁豫区第七专署│1943年7月～1945年8月 │ ┃
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┃ │永智县 │ │冀南区第一专署 │1945年8～12月 │冠县、永智县合并为永智县 ┃
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┃ │冠县 │今县城 │冀南区第一专署 │1945年12月～1949年7月 │ ┃
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┃ │冠县 │今县城 │平原省聊城专署 │1949年7～9月 │ ┃
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┃中华人民共和国 │冠县 │今县城 │平原省聊城专署 │1949年10月～1952年12月 │ ┃
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┃ │冠县 │今县城 │山东省聊城专署 │1952年12月～1967年3月 │ ┃
┃ ├────────┼────────┼───────────────┼──────────────────┼─────────────┨
┃ │冠县 │今县城 │山东省聊城地区革命委员会 │1967年3月～1978年7月 │ ┃
┃ ├────────┼────────┼───────────────┼──────────────────┼─────────────┨
┃ │冠县 │今县城 │山东省聊城地区行政公署 │1978年7月～1987年12月 │ ┃
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