1912年（民国元年），根据北洋军阀政府的指令，县署改称县公署，知县改称县知事。县公署设劝学所、劝业所、总务科、民政科、财政科、司法科。旧房班一律裁撤，改设录事、警佐、巡警局。1919年劝业所改称建设局，劝学所改称教育局，巡警局改称公安局；设财政管理处、厘金局（驻姜沟）、烟酒税局、印花税局、货物税局、牌照税局。
县公署辖8个区，1920年增为9个区。各区置区公所，设区长等职。
1928年国民党南京政府成立后，东阿县公署改称东阿县政府，县知事改称县长。县政府所属机构主要有总务科、民政科、财政局、建设局、教育局、公安局、法院。
1938年5月，日军侵占东阿县城，县政府移驻黄河西岸刘集一带，11月南逃时溃散，仅存一挂名县长驻茌平刘旺山据点。1946年10月，国民党县政府随国民党军队再次进入县城，但仅能在黄河以东一区、二区活动。1948年3月县城解放时逃往长清、济南等地，济南解放前夕解体。
国民党县政府所辖基层政权，1930年随区划变动改设为4个区公所，各区设区长、助理员、书记、会计各1人。区下辖乡，设乡长、副乡长。抗战胜利后，仅在河东一、二区设区公所。县城解放前夕，各区公所相继瓦解。
民国时期东阿县知事、县长名录
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┃职务│姓名 │籍贯 │到任年份 │备注 ┃
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┃北 │宋世男 │陕西凤翔府 │1912 │监生 ┃
┃洋 ├──────┼────────┼───────┼───────────────┨
┃军 │李树廷 │山东宁海县 │1913 │廪生 ┃
┃阀 ├──────┼────────┼───────┼───────────────┨
┃政 │邢之襄 │直隶南宫县 │1914 │日本东京帝国大学毕业 ┃
┃府 ├──────┼────────┼───────┼───────────────┨
┃县 │宋世男 │陕西凤翔府 │1916 │监生 ┃
┃知 ├──────┼────────┼───────┼───────────────┨
┃事 │方家永 │安徽桐城县 │1919 │举人 ┃
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┃ │刘凤岗 │直隶河间县 │1923 │贡生 ┃
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┃ │赵树南 │京北宛平县 │1925 │北洋警务学堂毕业 ┃
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┃国 │于璜 │江苏泰兴县 │1928 │贡生 ┃
┃民 ├──────┼────────┼───────┼───────────────┨
┃党 │马懋庭 │河南西华县 │1928 │大学毕业 ┃
┃政 ├──────┼────────┼───────┼───────────────┨
┃府 │吴夺标 │安徽蒙城县 │1928 │法政专门学校毕业 ┃
┃县 ├──────┼────────┼───────┼───────────────┨
┃长 │吴奉璋 │ │1928 │临时代理 ┃
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┃ │程立 │安徽黟县 │1929 │东京警察学校毕业 ┃
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┃ │畅联晋 │山西万泉县 │1929 │山西大学毕业 ┃
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┃ │屈甲三 │山西万泉县 │1930 │大学毕业 ┃
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┃ │朱光明 │河北沧县 │1930 │北京警务学校毕业 ┃
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┃ │林振福 │ │1930 │临时代理 ┃
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┃ │周竹生 │山东莒县 │1930 │北京国立法政大学毕业 ┃
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┃ │庄守忠 │江苏武进 │1934 │ ┃
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┃ │朱申 │山东东平县 │1937 │ ┃
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┃ │王子敬 │山东东阿县 │ │ ┃
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┃ │滕梅五 │山东荣城县 │1945 │北京国立法政大学毕业 ┃
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┃ │刘志勳 │山东东平县 │1947 │中央军校特训班二期 ┃
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附：日伪东阿县公署
1938年7月，日军侵占东阿城，遂建立维持会。1938年11月15日成立日伪县公署，隶伪泰安道，张勉之任县知事，日本人石原敏治任顾问。设财政科、建设科、教育科、秘书室等办事机构。随后建起警察所、警备队、剿共自卫团等武装。伪县公署设5个区公所。1944年后，黄河西岸村庄相继解放，日伪统治区域缩小至城区。1945年8月，东阿县全境解放，伪县政权垮台。