清代，东阿县衙设知县1员，主一县之政，“均赋役、平狱讼、勤缉捕、宣风化及养老祀神、贡士读法、彰善救灾皆为其职也”；置县丞1员为辅佐。另置主簿、典史、教谕、训导、医学训科、阴阳学训术、僧禄司主持、道会司主持各1员，分掌户籍、刑狱、教育、医疗、宗教等事宜。于张秋镇置税课局大使1员，旧县、铜城驿各置驿丞1员（道光年间裁撤）。
县署主要办事机构为吏、户、礼、兵、刑、工、仓、库八房及快、壮、皂三班，分司管制财税、学务、缉捕、狱讼、工程、仓储、库银及值堂站班、缉捕盗贼、出行护卫等。县署下辖乡、里、村，分设乡长、里长、村长等职。
清朝末年，其县署机构有所调整，撤教谕、训导，设劝学员，增设劝业员管理实业，并成立巡警局，县、乡成立“自治公所”。
1912年，中华民国成立，清县署随之解体。
清道光九年至宣统三年东阿县历任知县名录
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┃姓名 │籍贯 │到任时间 │备注 ┃
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┃刘庆凯 │直隶盐山 │道光九年 │进士 ┃
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┃臧理同 │江苏宿迁 │道光十一年 │ ┃
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┃陈梅皋 │河南河内 │道光十二年 │举人 ┃
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┃管裕畴 │江苏阳湖 │道光十三年 │ ┃
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┃黄维翰 │湖南善化 │道光十四年 │拔贡 ┃
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┃张薇垣 │浙江仁和 │道光十七年 │举人 ┃
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┃胡璠 │四川邛州 │道光十八年 │举人 ┃
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┃马有绂 │湖北大治 │道光十八年 │ ┃
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┃叶烜 │浙江上虞 │道光二十一年 │ ┃
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┃李人骥 │云南 │道光二十二年 │举人 ┃
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┃屠道彰 │湖北孝感 │道光二十五年 │举人 ┃
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┃汪南金 │江苏甘泉 │道光二十六年 │举人 ┃
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┃张朴 │直隶定州 │道光二十七年 │举人 ┃
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┃张梦祺 │安徽 │道光三十年 │进士 ┃
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┃李钟泰 │云南 │咸丰元年 │进士 ┃
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┃何传兴 │河南封邱 │咸丰三年 │进士 ┃
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（续表）
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┃姓名 │籍贯 │到任时间 │备注 ┃
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┃多仁 │蒙古正红旗 │咸丰四年 │进士 ┃
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┃蒋士潢 │顺天宛平 │咸丰八年 │ ┃
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┃吴树声 │云南保山 │咸丰十年 │举人 ┃
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┃盛鸿钧 │江苏吴县 │同治元年 │ ┃
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┃周毓南 │浙江海宁 │同治五年 │ ┃
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┃聂慎典 │甘肃 │同治六年 │拔贡 ┃
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┃刘桂芳 │直隶天津 │同治八年 │举人 ┃
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┃陈寿昌 │浙江山阴 │同治十三年 │ ┃
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┃吕式枚 │直隶大城 │光绪二年 │进士 ┃
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┃沈葆琼 │浙江海宁 │光绪四年 │ ┃
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┃苏杰 │安徽太平 │光绪八年 │ ┃
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┃张养德 │直隶天津 │光绪十年 │举人 ┃
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┃张王方熙 │四川宜宾 │光绪十年 │举人 ┃
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┃吕耀鼎 │江苏阳湖 │光绪十二年 │ ┃
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┃胡建枢 │安徽凤阳 │光绪十四年 │举人 ┃
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┃王澂 │江西 │光绪十七年 │拔贡 ┃
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┃周衍思 │河南祥符 │光绪十九年 │进士 ┃
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┃张士卿 │河南 │光绪二十一年 │ ┃
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┃李城保 │江南上元 │光绪二十二年 │副贡 ┃
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┃李光华 │河南浚县 │光绪二十三年 │廪贡 ┃
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┃董燕 │浙江秀水 │光绪二十八年 │ ┃
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┃季桂芬 │江苏武进 │光绪二十九年 │ ┃
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┃祝鋆 │江苏元和 │光绪三十年 │ ┃
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┃张汝钧 │安徽祁门 │光绪三十一年 │附贡 ┃
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┃何金龄 │贵州荔波 │光绪三十一年 │举人 ┃
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┃林丛桂 │福建闽县 │光绪三十二年 │举人 ┃
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（续表）
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┃姓名 │籍贯 │到任时间 │备注 ┃
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┃孙方 │安徽寿州 │光绪三十三年 │ ┃
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┃盛津颐 │江苏武进 │光绪三十四年 │ ┃
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┃吴保和 │江苏阳湖 │光绪三十四年 │举人 ┃
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┃成桢 │ │宣统元年 │ ┃
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┃李钟浚 │ │宣统二年 │ ┃
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┃宋世男 │陕西凤翔 │宣统三年 │监生 ┃
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