1596年（明万历二十四年），全县设6乡24社、屯，分别为：利仁乡辖坊郭1社，安仁乡辖黄谷、谷城、堂子3社，尚德乡辖路疃、小罗、张秋、孚兴4社，归德乡辖黄陵、曹马、郭村、香山4社，杨刘乡辖怀城、凌山、步村、姚家、石佛5社，尚义乡辖孟册、丁泉、东姚、怀城、凌山、西姚、东石佛7屯，载《兖州府志》。
1829年（清道光九年），全县编为5乡86里，辖568个自然村，其中大清河以东170个，以西398个。分别为：城内圣泽乡辖4里7个自然村，城东哲明乡辖8里55个自然村，城南乂安乡辖20里94个自然村，城西谋道乡辖28里210个自然村，城北肃恭乡辖26里202个自然村。清末，清政府推行“自治”，全县分为8个“自治区”，即城区、旧县、阿城、刘集、黄屯、杨柳、铜城、斑鸠店。辖611个自然村。
1920年（民国9年），增设姜楼区。1930年，全县划为4个区，按序号排列为：一区县城、二区斑鸠店、三区刘集、四区杨柳，辖98个乡674个自然村，其中黄河以西491个村。1932年阿城及周围107个村划出，为阳谷县二区。1935年，将乡镇合并为40个，辖567个自然村。
1938年11月，东阿县城沦陷，为便于抗日，对原区划作了较大调整。1939年底，将东阿第一区的95个村划归平阴县，平阴县第四区牛角店、五区旦镇的63个村，肥城县第九区赵官镇45个村及东阿县第四区所辖的民乐乡杨柳、信义乡高集的36个村划归肥阴阿办事处。
1940年初，东阿抗日县政府成立，辖原区划的二、三区及四区的部分村庄。4月，肥阴阿办事处撤销，所辖诸村归阿东办事处。9月将原第三区刘集的谭家乡和郭万乡、利民乡的约40个村划为运东专署实验区。
1941年6月，张秋县建立，东阿第二区（斑鸠店）的41个村庄划出归之。1942年2月，实验区撤销，原所划出的村庄归属东阿。是年底，全县划为5个区，即一区（官庄）、二区（堤口）、三区（姜楼）、四区（铜城）、五区（单庄）。
1943年2月，阿东办事处与平阴县合并，建立平阿县，原办事处所辖诸村归属之。年底，将张山一带划为东阿县第六区。
1945年10月，撤销平阿县，恢复平阴县，原区划未变；东阿所划出的城区及四区杨柳一带村庄随之归属。时全县划为5个区，即第一区东阿镇、二区苫山、三区阎庄、四区铜城、五区沙窝，辖491个村。
1946年12月，东阿第四区的大侯、高集、前王、刁李、高海及平阴县的二区牛角店、三区旦镇诸村划归河西县；东阿原一区河东诸村划归平阴县。时东阿划分为8个区，各区所驻中心地带依次为：杨柳、于集、铜城、黄屯、广粮门、沙窝、柳合束、苫山。
1947年10月，东阿南部的六、七、八区，即关山、柳合束、刘集、单庄一带的村庄划归徐翼县，聊城县三区大柳张及河西县八区高集、九区旦镇、十区牛角店一带划归东阿县。
1949年8月，徐翼县撤销，原划出的3个区归属东阿县。全县划为9个区，依次为耿庄、高囤、柳合束、黄屯、苫山、曹庙、牛角店、高集、八里，辖562个行政村，617个自然村。
1950年，全县划为7个区，下辖1镇105乡，614个自然村。第一区区公所驻耿庄，辖铜城镇及大秦、王海子、大店子、赵徐、艾山、耿庄、马安、红庙、贾贺、黄屯、卓庄、凌山、三义屯1镇13乡，94个自然村；第二区区公所驻高囤，辖邢庄、新丰、双龙坡、顾官屯、马海、官庄、前王、谭庄、胥寺、果子王、界牌、大柳张、建设、六合14乡，90个自然村；第三区区公所驻高集，辖杨柳、娄集、王辛、石佛屯、大窑、刘集、徐苑、高集、庙杨、旦镇、朱海子11乡，63个自然村；第四区区公所驻于集，辖杨柳田、王集、大义屯、湖溪渡、朱旺山、八里、于集、三官庙、陈集、大太平、民益、利民、于窝、小街子、纪魏15乡，86个自然村；第五区区公所驻刘集，辖刘集、赵冯、高杨、于庄、三合、柳合束、陶庄、娄营、皋上、前关山、关孟、孙罗、后关山、苫山、双庙、徐屯、大林崔17乡、88个自然村；第六区区公所驻广粮门，辖沙窝、陈店、姜庄、曹寺、后殷、鱼山、广粮门、孙道口、大姜、柳林屯、姜楼、黄胡同、小店、大刘、朱集、曹庙16乡，99个自然村；第七区区公所驻牛角店，辖陈冯、张牛黄、前曹、店子、张集、牛角店、三圈、夏沟、傅岸、三大、吕黄、安孟、王楼、傅寨、张海、范集、前河、旗杆刘、三营19乡，94个自然村。
1957年12月，撤区并乡，全县编为1镇18乡，即铜城镇及耿庄、徐楼、刘集、姜楼、谭庄、关山、高集、杨柳、陈集、姚寨、八里、顾官屯、高囤、牛角店、安孟、曹庙、大刘、店子乡。
1958年9月，撤销乡镇，全县改划为7处人民公社，即铜城、刘集、徐屯、顾官屯、陈集、高集、牛角店。是年底，南部刘集、徐屯2社并入寿张县，其他5社并入茌平县。
1961年7月，恢复东阿原建制。1962年10月，将7处人民公社改为7个区，下辖53个公社。铜城区辖铜城、大王、小赵、任集、耿庄、张山、徐楼、大店、黄屯9社；顾官屯区辖顾官屯、郭洞、索集、花石槽、高囤、大秦6社；高集区辖高集、庙杨、旦镇、邱庄、宗庄、杨柳6社；陈集区辖陈集、三庙、王集、于集、姚寨、八里、毕庄、太平8社；刘集区辖刘集、谭庄、官庄、姜楼、陈店、孙郭、杨庄、三合8社；单庄区辖曹庙、大刘、孙道口、后殷、徐屯、关山、苫山7社；牛角店区辖牛角店、王楼、店子、大李、烈庄、旗杆刘、前王、安孟、三圈9社。
1971年，撤区并社，全县组建铜城、陈集、杨柳、高集、牛角店、大李、姚寨、大桥、黄屯、顾官屯、姜楼、刘集、单庄、关山14处人民公社。1981年铜城人民公社撤销，改设铜城镇。
1984年进行体制改革，撤销公社。自此，全县设铜城、刘集、牛角店3镇及陈集、杨柳、高集、大李、姚寨、大桥、黄屯、顾官屯、姜楼、单庄、关山11个乡，辖71个管理区550个行政村，600个自然村。
第四节 行政区划
1596年（明万历二十四年），全县设6乡24社、屯，分别为：利仁乡辖坊郭1社，安仁乡辖黄谷、谷城、堂子3社，尚德乡辖路疃、小罗、张秋、孚兴4社，归德乡辖黄陵、曹马、郭村、香山4社，杨刘乡辖怀城、凌山、步村、姚家、石佛5社，尚义乡辖孟册、丁泉、东姚、怀城、凌山、西姚、东石佛7屯，载《兖州府志》。
1829年（清道光九年），全县编为5乡86里，辖568个自然村，其中大清河以东170个，以西398个。分别为：城内圣泽乡辖4里7个自然村，城东哲明乡辖8里55个自然村，城南乂安乡辖20里94个自然村，城西谋道乡辖28里210个自然村，城北肃恭乡辖26里202个自然村。清末，清政府推行“自治”，全县分为8个“自治区”，即城区、旧县、阿城、刘集、黄屯、杨柳、铜城、斑鸠店。辖611个自然村。
1920年（民国9年），增设姜楼区。1930年，全县划为4个区，按序号排列为：一区县城、二区斑鸠店、三区刘集、四区杨柳，辖98个乡674个自然村，其中黄河以西491个村。1932年阿城及周围107个村划出，为阳谷县二区。1935年，将乡镇合并为40个，辖567个自然村。
1938年11月，东阿县城沦陷，为便于抗日，对原区划作了较大调整。1939年底，将东阿第一区的95个村划归平阴县，平阴县第四区牛角店、五区旦镇的63个村，肥城县第九区赵官镇45个村及东阿县第四区所辖的民乐乡杨柳、信义乡高集的36个村划归肥阴阿办事处。
1940年初，东阿抗日县政府成立，辖原区划的二、三区及四区的部分村庄。4月，肥阴阿办事处撤销，所辖诸村归阿东办事处。9月将原第三区刘集的谭家乡和郭万乡、利民乡的约40个村划为运东专署实验区。
1941年6月，张秋县建立，东阿第二区（斑鸠店）的41个村庄划出归之。1942年2月，实验区撤销，原所划出的村庄归属东阿。是年底，全县划为5个区，即一区（官庄）、二区（堤口）、三区（姜楼）、四区（铜城）、五区（单庄）。
1943年2月，阿东办事处与平阴县合并，建立平阿县，原办事处所辖诸村归属之。年底，将张山一带划为东阿县第六区。
1945年10月，撤销平阿县，恢复平阴县，原区划未变；东阿所划出的城区及四区杨柳一带村庄随之归属。时全县划为5个区，即第一区东阿镇、二区苫山、三区阎庄、四区铜城、五区沙窝，辖491个村。
1946年12月，东阿第四区的大侯、高集、前王、刁李、高海及平阴县的二区牛角店、三区旦镇诸村划归河西县；东阿原一区河东诸村划归平阴县。时东阿划分为8个区，各区所驻中心地带依次为：杨柳、于集、铜城、黄屯、广粮门、沙窝、柳合束、苫山。
1947年10月，东阿南部的六、七、八区，即关山、柳合束、刘集、单庄一带的村庄划归徐翼县，聊城县三区大柳张及河西县八区高集、九区旦镇、十区牛角店一带划归东阿县。
1949年8月，徐翼县撤销，原划出的3个区归属东阿县。全县划为9个区，依次为耿庄、高囤、柳合束、黄屯、苫山、曹庙、牛角店、高集、八里，辖562个行政村，617个自然村。
1950年，全县划为7个区，下辖1镇105乡，614个自然村。第一区区公所驻耿庄，辖铜城镇及大秦、王海子、大店子、赵徐、艾山、耿庄、马安、红庙、贾贺、黄屯、卓庄、凌山、三义屯1镇13乡，94个自然村；第二区区公所驻高囤，辖邢庄、新丰、双龙坡、顾官屯、马海、官庄、前王、谭庄、胥寺、果子王、界牌、大柳张、建设、六合14乡，90个自然村；第三区区公所驻高集，辖杨柳、娄集、王辛、石佛屯、大窑、刘集、徐苑、高集、庙杨、旦镇、朱海子11乡，63个自然村；第四区区公所驻于集，辖杨柳田、王集、大义屯、湖溪渡、朱旺山、八里、于集、三官庙、陈集、大太平、民益、利民、于窝、小街子、纪魏15乡，86个自然村；第五区区公所驻刘集，辖刘集、赵冯、高杨、于庄、三合、柳合束、陶庄、娄营、皋上、前关山、关孟、孙罗、后关山、苫山、双庙、徐屯、大林崔17乡、88个自然村；第六区区公所驻广粮门，辖沙窝、陈店、姜庄、曹寺、后殷、鱼山、广粮门、孙道口、大姜、柳林屯、姜楼、黄胡同、小店、大刘、朱集、曹庙16乡，99个自然村；第七区区公所驻牛角店，辖陈冯、张牛黄、前曹、店子、张集、牛角店、三圈、夏沟、傅岸、三大、吕黄、安孟、王楼、傅寨、张海、范集、前河、旗杆刘、三营19乡，94个自然村。
1957年12月，撤区并乡，全县编为1镇18乡，即铜城镇及耿庄、徐楼、刘集、姜楼、谭庄、关山、高集、杨柳、陈集、姚寨、八里、顾官屯、高囤、牛角店、安孟、曹庙、大刘、店子乡。
1958年9月，撤销乡镇，全县改划为7处人民公社，即铜城、刘集、徐屯、顾官屯、陈集、高集、牛角店。是年底，南部刘集、徐屯2社并入寿张县，其他5社并入茌平县。
1961年7月，恢复东阿原建制。1962年10月，将7处人民公社改为7个区，下辖53个公社。铜城区辖铜城、大王、小赵、任集、耿庄、张山、徐楼、大店、黄屯9社；顾官屯区辖顾官屯、郭洞、索集、花石槽、高囤、大秦6社；高集区辖高集、庙杨、旦镇、邱庄、宗庄、杨柳6社；陈集区辖陈集、三庙、王集、于集、姚寨、八里、毕庄、太平8社；刘集区辖刘集、谭庄、官庄、姜楼、陈店、孙郭、杨庄、三合8社；单庄区辖曹庙、大刘、孙道口、后殷、徐屯、关山、苫山7社；牛角店区辖牛角店、王楼、店子、大李、烈庄、旗杆刘、前王、安孟、三圈9社。
1971年，撤区并社，全县组建铜城、陈集、杨柳、高集、牛角店、大李、姚寨、大桥、黄屯、顾官屯、姜楼、刘集、单庄、关山14处人民公社。1981年铜城人民公社撤销，改设铜城镇。
1984年进行体制改革，撤销公社。自此，全县设铜城、刘集、牛角店3镇及陈集、杨柳、高集、大李、姚寨、大桥、黄屯、顾官屯、姜楼、单庄、关山11个乡，辖71个管理区550个行政村，600个自然村。