古马颊河南受黄泛袭夺，左受卫河决泛，明至清末绝少治理，1931年，运西一段仅存遗迹。1933年，部分得到疏浚。1944年，民主政府组织在下游土闸、三孔桥扩建穿运涵洞，开始恢复泄洪排涝作用，拉开全面治理序幕。
1947～1949年，上游分段分期施工。1948年，莘县扩建子槽，部分地恢复排涝作用。
1956年8月4日，卫河在内黄二道堤右决口，洪水在清丰、南乐间泛入马颊河，经莘县与大名县、南乐县联合抗洪，使全河无虞。冬，对洪水后的马颊河、宏雁渠做河床测量，次年春，清淤疏浚复堤，并修复被冲毁的桥涵。
1958年4～10月，利用故河床潘海至孙二庄长11公里段建成引黄蓄水、自流灌溉水库。因未建泄水闸及截碱沟，1961年大雨后，洪水受阻，沿河受涝，库周次生碱地发展。1962年3月，引黄遭废，马颊河子槽淤平。
1963年夏，组织1.5万人清淤，因7月上旬降雨冲跨拦河坝停工。8月4日，卫河在清丰县苏堤村西北右决，10日串入马颊河。13日，莘县主动决张湖涯南左堤滞洪。16～17日，南乐县牛村右堤、大名县段右堤等多处决口，洪水串入徒骇河。莘县主动决后冯家右堤，滞洪水于沿徒骇河右侧32万亩地内。两地滞水共约3.1亿立米。县城无泛，马颊河东400平方公里秋季丰收，下游免受泛灾，两滞洪区亦适时种好小麦，创徒、马两河配合泄洪经验。
1964年春，完成库区清淤尾工，并结合整修库中河槽及两岸大堤，境内段全部达到“三年一遇”排涝标准。肖营桥移至冢北沟入口处，境内段下延1.3公里。
1965年，8月5～20日，组织俎店、张鲁、燕店3区9000民工，对沙王庄至任堂段和孙二庄以北右堤加固，将河口村前险工段子槽改道南移，对原水库滩面清障，筑成行洪滩面宽300～500米复式河床。此后，转入桥、涵配套和每年春、冬两次出县协作施工。
1965年，山东根治海河指挥部奉水电部之命会同河南、河北两省编制《马颊河干流治理总体设计》。境内段于1970年达到“六四年雨型”排涝挖河、“六一年雨型”防洪筑堤标准。1970年后，马颊河进行综合治理。1972年，建成甘寨拦河闸，次蓄水150万立米，闸上建成甘寨、河崖两座共装机225马力柴油机扬水站；1977年，翻修扩建右堤张庄涵洞，毕屯渡槽与道口干渠衔接，把金堤河水引入马颊河；1978年，引甘寨闸上水至武家河西南，提水输至王奉集，挖引水沟形成王奉引水渠；1980年，建成马村拦河闸，增加次蓄水80万立米，提高输水至王奉引水渠的保证率。马颊河上两闸一渠次蓄水近230万立米，既用于直接提水抗旱，又侧渗补给地下水用于机井提水，抗旱灌溉，净化表土，形成良性循环。1972年，两岸坡面植草1270亩，灌木近10万墩，堤顶植树50余万株，形成纵贯境内西部南北防风固沙护堤林带。
马颊河境内段情况（1985年）
（黄海高程）
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┃ 项目│柱号 │流域面积（平方公里）│1964年雨型除涝指标 │1961年雨型防洪指标 ┃
┃ 数量 │ │ ├─────┬─────────┬─────┬─────┬─────┼─────┬──────────┬─────────┬──────────┨
┃控制点 │ │ │水位（米）│流量（立方米/秒） │水深（米）│底宽（米）│比隆 │水位（米）│流量（立方米/秒） │堤底高程（米） │堤顶宽左右/（米） ┃
┃ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ┃
┃ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ┃
┃ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ┃
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┃小营桥 │0+00 │- │40.74 ├─────────┼─────┼─────┼─────┤41.53 │- │ │ ┃
┃ │ │ │ │ - │ - │ - │1/720 │ │ │43.53 │ ┃
┠─────┼───┼──────────┼─────┼─────────┼─────┼─────┼─────┼─────┼──────────┤44.53 ├──────────┨
┃冢北沟 │1+327 │1204 │40.56 │184 │3.8 │35 │1/6300 │41.34 │283 │44.34 │5 ┃
┠─────┼───┼──────────┼─────┼─────────┼─────┼─────┼─────┼─────┼──────────┤40.33 ├──────────┨
┃孙庄桥 │19+465│1490 │37.69 │193 │3.8 │39 │1/6850 │38.33 │292 │41.33 │5 ┃
┠─────┼───┼──────────┼─────┼─────────┼─────┼─────┼─────┼─────┼──────────┤38.01 ├──────────┨
┃鸿雁渠 │33+974│1574 │35.57 │226 │4 │41 │- │36.01 │344 │39.01 │5 ┃
┃ │ │ │ ├─────────┼─────┼─────┼─────┤ │ │ │ ┃
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