1927年4月国民党南京国民政府成立，次年颁布《县组织法》。阳谷县公署改称县政府，县知事改称县长。原“承发吏”改为“政务员”，传达改为“勤务员”。县政府所设机构有：第一科：（总务科）、第二科（民政科）、第三科（1929年改县公署财政经济委员会为财政局，1933年改为第三科）、第四科（1929年改县公署实业局为建设局，1933年改为第四科）、第五科（1933年由教育局改建）、公安局（1929年由县公署警察所改建，1936年改为保安队）、民团大队（1929年由原县公署人民自卫团改建为警察队，1930年改为民团大队，1935年9月解散。10月另建保安队，后并入县公安局保安队）等。1937年7月抗日战争爆发后，国民党山东省政府于10月14日命令“黄河北岸的四、六两专区的专员、县长，一律携带人枪南撤”，阳谷县政府多数人员趁机逃走，政权机构解体。
阳谷县知事更迭表
（1911～1928）
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┃姓名 │字（或号） │出身 │任职时间 │备注 ┃
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┃王毓菁 │ │举人 │1911年任 │ ┃
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┃盛廷森 │靖甫 │附贡 │1914年任 │ ┃
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┃宋渭清 │竹泉 │ │1916年任 │ ┃
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┃王杰 │ │ │ │任职时间无考 ┃
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┃马复昌 │庆之 │ │ │任职时间无考 ┃
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┃蒋允仁 │静斋 │ │ │任职时间无考 ┃
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┃孙丹黻 │象辰 │举人 │1918年任 │升教育厅长 ┃
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┃张隽 │千子 │拔贡 │1922年任 │ ┃
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┃孙铭 │新磐 │ │1923年任 │ ┃
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┃夏家模 │栋候 │ │1924年任 │ ┃
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┃徐兆耘 │少于 │监生 │1924年任 │在夏后 ┃
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┃邓日瑺 │翼宾 │附贡 │1925年任 │ ┃
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┃赵毓科 │子登 │监狱科 │1925年任 │旧志排名在邓后 ┃
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┃方寅 │味辛 │附贡 │1926年任 │ ┃
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┃王家祯 │云溪 │监生 │1928年任 │“坡里暴动”爆发时惊吓而死┃
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┃钟志鹗 │季翔 │警察科 │1928年任 │国民党北伐军至阳谷时逃走 ┃
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1937年11月，国民党山东省第六行政督察专员公署（聊城）专员范筑先，委任共产党员徐茂礼为阳谷县长，重新组建县政府。县政府所设主要机构有：政训处征收处、金库、民政科、财政科、公安局、电话局及特务大队、抗日游击总队等。重新组建的阳谷县政府，对于结束原国民党县政府南逃后人心散乱，土匪蜂起的局面，组织民众开展抗日救亡运动，起了重要作用。
1938年3月3日，土匪布永言勾结国民党29军散兵王照堂部攻陷县城。4月，阳谷县政府被改组，徐茂礼离职，大部分共产党员干部遭到排挤或撤换。同年11月，聊城失陷，范筑先殉国，王金祥继任山东省第六行政督察专员公署专员，县政府日益走向消极。1939年7月，日军占领县城，国民党县政府多数人员逃离县境，少数转入乡间活动。
1939年冬，国民党军石友三部第十军团新八旅南撤到聊、阳、阿一带，委派陈庆元为县长，组建阳谷县政府，与刚刚成立的中共领导下的抗日民主政府相对抗。1940年春“讨逆战役”开始后，顽军政府随着第十军团的溃逃而瓦解。
1940年9月以后，国民党山东省政府又先后委派过几任阳谷县长，但多未在阳谷公开活动，县政府有名无实。1945年阳谷县城解放后，国民党阳谷县政府北逃禹城。禹城解放后，又流亡至济南。1948年济南解放前夕解散。
国民党阳谷县政府县长更迭表
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┃姓名 │任职时间 │说明 ┃
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┃吴夺标 │1928.5-1928.7 │国民党北伐军临时委任 ┃
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┃孙兰村 │1928.7-1929.6 │国民党山东省政府委任 ┃
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┃马吉笙 │1929.6-1930.4 │ ┃
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┃吴作筠 │1930.4-1930.5 │薛传峰部占领县城后离职 ┃
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┃王凤翔 │1930.5-1930.6 │薛传峰委派 ┃
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┃王寿如 │1930.6-1930.10 │薛传峰委派 ┃
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┃杨霁峰 │1930.10-1937.10 │1937年10月因日军进攻而逃离 ┃
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┃徐茂礼 │1937.10-1938.4 │国民党六区专员范筑先委任，中共党员 ┃
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┃张维庠 │1938.4-1938.11 │1938年11月辞职 ┃
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┃刘子章 │1938.11-1939.3 │范筑先部21支队参谋长兼县长 ┃
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┃吕仁道 │1939.3-1939.8 │国民党六区专员王金祥委派 ┃
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┃李士荣 │1939.8-1939.11 │国民党六区专员王金祥委派 ┃
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┃陈庆元 │1939.11-1940.9 │国民党十军团委派，后南逃 ┃
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┃朱锡三 │1940.9-1941.10 │1941年10月弃职而去 ┃
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┃高桐林 │1941.10-1942.8 │国民党六区专员齐子修委派 ┃
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┃王汝干 │1942.8-1944.8 │国民党六区专员齐子修委派 ┃
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┃朱之梅 │1944.8-1948.4 │1945年5月到任 ┃
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┃徐兴庠 │1948.4-1948.11 │济南解放后逃跑 ┃
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附：伪阳谷县署
1939年7月，日军占领县城，随即组织了伪“阳谷维持会”，同年11月成立伪县公署。伪县公署设民政、建设、财政、教育四科，并辖伪警备大队、警察所等机构。全县共划分为八个区、45乡。各区均设有伪区部及治安队部。伪县知事先后由董政华（1939年11月～1943年2月）、朱濮如（1943年2月～1945年7月）担任。1945年7月阳谷城解放后垮台。