一、黄河
隋唐五代时期，黄河流经本县西及西北部，宋朝初年改道出境。1855年（清咸丰五年）夏，黄河在河南省兰仪铜瓦厢决口，改道北流至张秋镇以南，夺大清河入海，从今河南省台前县吴坝乡张庄村入阳谷县境，至东阿县关山乡牛屯村附近出境，境内长度仅3.3公里。1938年6月9日，蒋介石为阻止日军西进郑州地区，令所部在郑州北花园口炸毁黄河南堤，河水南泛，花园口以下河道干涸。1947年4月，将花园口决口堵复，河水仍归故道。
县境内黄河水势，一般夏季和秋季较大，冬季和春季较小，个别年份甚至断流，除隆冬河面结冰或凌汛期外，其他季节一般均可通航。
二、会通河
1289年（元至元二十六年），元政府接受寿张县尹韩仲辉建议，征调大批民工，凿通南起安民山，西北至临清，上接济州河，下通御河（即卫河）的运河河道，称会通河。会通河自张秋镇以南入境，北至七级镇以北官桥口村出境，境内长度约30公里。该河凿通以后，南来漕船可由杭州直抵北京，但由于水源不继，通航时间得不到保证，运量大受限制。至元朝末年，会通河被废弃，漕粮改由海上北运。
1411年（明永乐九年），明王朝因海运船只失事较多，陆运大费周折，乃令工部尚书宋礼主持开复会通河。阳谷县丞黄必贵奉命修筑县境内河段上的荆门（今张秋以北）、阿城、七级三处水闸，以节制水流，保持运道畅通。此后，虽因黄河冲决等原因，会通河曾数度停航，但每次停航时间均不太长，少则数月，多则数年，决口堵塞即恢复通航，一直延续到清朝末年。
进入20世纪以后，随着铁路、公路运输的兴起，大运河沟通南北的交通枢纽作用逐渐丧失。1901年，（清光绪二十七年），延续数百年之久的漕运停止，县境内之会通河河道逐渐淤废。
1935年，国民党当局令沿会通河各县分段疏浚境内旧有河道，声言“以备通航”，但有始无终，徒自劳民伤财。
1949年后，京杭大运河改经东阿县境，本县境内之会通河河段改称小运河，为季节性排水河道，虽经数次治理，但基本上已不具备通航条件。
第三节 航道
一、黄河
隋唐五代时期，黄河流经本县西及西北部，宋朝初年改道出境。1855年（清咸丰五年）夏，黄河在河南省兰仪铜瓦厢决口，改道北流至张秋镇以南，夺大清河入海，从今河南省台前县吴坝乡张庄村入阳谷县境，至东阿县关山乡牛屯村附近出境，境内长度仅3.3公里。1938年6月9日，蒋介石为阻止日军西进郑州地区，令所部在郑州北花园口炸毁黄河南堤，河水南泛，花园口以下河道干涸。1947年4月，将花园口决口堵复，河水仍归故道。
县境内黄河水势，一般夏季和秋季较大，冬季和春季较小，个别年份甚至断流，除隆冬河面结冰或凌汛期外，其他季节一般均可通航。
二、会通河
1289年（元至元二十六年），元政府接受寿张县尹韩仲辉建议，征调大批民工，凿通南起安民山，西北至临清，上接济州河，下通御河（即卫河）的运河河道，称会通河。会通河自张秋镇以南入境，北至七级镇以北官桥口村出境，境内长度约30公里。该河凿通以后，南来漕船可由杭州直抵北京，但由于水源不继，通航时间得不到保证，运量大受限制。至元朝末年，会通河被废弃，漕粮改由海上北运。
1411年（明永乐九年），明王朝因海运船只失事较多，陆运大费周折，乃令工部尚书宋礼主持开复会通河。阳谷县丞黄必贵奉命修筑县境内河段上的荆门（今张秋以北）、阿城、七级三处水闸，以节制水流，保持运道畅通。此后，虽因黄河冲决等原因，会通河曾数度停航，但每次停航时间均不太长，少则数月，多则数年，决口堵塞即恢复通航，一直延续到清朝末年。
进入20世纪以后，随着铁路、公路运输的兴起，大运河沟通南北的交通枢纽作用逐渐丧失。1901年，（清光绪二十七年），延续数百年之久的漕运停止，县境内之会通河河道逐渐淤废。
1935年，国民党当局令沿会通河各县分段疏浚境内旧有河道，声言“以备通航”，但有始无终，徒自劳民伤财。
1949年后，京杭大运河改经东阿县境，本县境内之会通河河段改称小运河，为季节性排水河道，虽经数次治理，但基本上已不具备通航条件。