清代后期，临清小学堂多为义学所改办，由办学者(学董)管理。学董聘请堂长(校长)，堂长延聘先生(教员)。当时的直隶州中学堂，由知州庄洪烈聘任堂长(校长)和中西教习(教员)管理学务。
民国年间，私立小学由校董会管理，负责聘任校长，由校长延聘教员；公立小学统归县政府教育行政机关管理，校长一律由县政府任命，对校长的资历要求较严。教员虽沿用聘任制，但对无学历的教员，则须经鉴定合格，方许执教。当时的州立中学堂改为省立第七中学，直属省管辖。此后，临清设省立第十一中学，由省教育厅管辖，委任校长。临清设立六县联立简易乡村师范学校，由省教育厅委任校长。凡学校重大事宜，由校长召集六县教育局长(科长)磋商决策。
抗日战争时期，抗日高小由政府直接管理，初小由各区管理。革命根据地创办的卫东中学隶属冀鲁豫三地委由专署直接领导，并委派校长和教师。临清初级中学，仍属省管辖。县立简易师范，由县政府教育科掌管。
临清解放后，小学统归县、市人民政府教育科(文教科)领导。由政府任命校长，选派教师，取消过去的聘任制。此时的冀南一中，隶属冀南一专署。县市初级师范学校，均由政府教育科(文教科)管理。
建国后，县办小学一般实行两级管理，即县教育科管理高小，区联校管理初小。1953年，小学开始实行校长责任制。此时的临清中学由聊城专署文教局管辖，并委任校长、副校长。总理学校行政，实行校长负责制。1958年，中小学均实行中共党支部领导下的校长负责制。建国后的临清中等师范学校，一直归聊城专署文教局管辖。“文化大革命”期间，农村小学一度下放到大队，中学则逐级下放，除临清一中归县直接领导外，其他中学一律由公社管理。临清师范下放归县管理，至1983年，复归聊城专署教育局管辖。
1978年，中共党的十一届三中全会后，随着教育改革的不断深入，学校管理体制日趋完善。至1985年，确立“分级办学，分工管理”的体制，即市政府负责市直中小学的管理，乡(镇)政府负责乡(镇)中学及中心小学的管理，村民委员会负责村小学的管理。这种教育管理体制至1990年，与此同时，逐步推行校长负责制，扩大学校的自主权，实行科学化、民主化管理。