工程管理包括：河道沟渠管理、机井管理、扬水站管理、涵闸及排灌机械管理5个部分。
一、河道沟渠管理
卫运河 1945年冀南行署在临清设立河务局，管理卫运河。1949年卫运河、滏阳河两河河务局合并，建立冀南河务局，临清设办事处。1957年聊城专署成立卫运河管理局，临清设管理段。1980年临清改称漳卫南运河修防处。管理段的任务是治理堤岸，绿化堤防，保护大堤安全。每1公里设护堤员1名，市境内右岸长44公里，设护堤员44名。其任务是看护堤防，管理林木及边坡植被，平填“狼窝”。
马颊河 1970年治理后，沿河设闸管所、管理段。临清境内的马颊河在薛王刘建有大型节制闸，并设有闸管所，管理魏湾、康盛庄境内的堤防。在高唐县李奇庄建有节制闸，设闸管所管理临清市肖寨乡境内的堤防。马颊河大堤每千米左右设护堤员1名，管理大堤绿化及涵闸。大堤绿化较好，堤内植柳，乔、灌结合，堤岸有10米左右的林带。
排灌沟渠 占压的土地所有权仍属村所有，堤岸管理归各村。第三干渠、裕民渠绿化较好。
二、机井管理
机井使用寿命一般确定为15年左右。在使用过程中管理的好，可使用20～30年不坏。路庄乡路庄村1958年建的一眼木管包棕机井，因机井固定专人管理，机井配套，有井有泵有井屋，使用30多年出水量仍然保持每小时56立方米。
1957年开始创建机井，至1990年底共建机井17463眼，而目前能使用的机井7528眼，共淘汰9935眼。其原因是：(一)自然淘汰。由于地下水有含铁的矿物质，多孔砾石滤水管受到侵蚀，造成滤水孔矿物质堵塞，出水量逐年减少，直至不出水而被淘汰。(二)成井质量差。建井初期建井管径小易堵塞，使用三五年报废。(三)管理不善。有井而无房又不设专人管理，造成雨季机井进沙淤塞毁井数量最多。据1973年统计，共淘汰损坏机井6002眼。对此，1975年山东省水利厅颁布机井管理办法，要求各级水利部门建立机井管理组织，有井有房有专人管理。推行这个办法后，损坏率显著下降。中共十一届三中全会后，把机井、机械承包给司机手管理使用，统一浇水，浇水收费。这种办法使管理者直接受益，对管好用好机井起了重要作用，近几年机井损坏率大为降低。
三、扬水站管理
临清引黄、引卫、引马灌溉均为堤水灌溉，市建有大型扬水站7处，乡、镇建有100马力以上扬水站55处。市营扬水站由水利局管理。1980年前，局内设管理组，1981年改设管理科，1984年10月改设排灌处。扬水站设站长，实行站长负责制；设会计，负责经费开支(人员工资、机电、设备维修、油、电费)。根据机电多少设电工或司机手若干人。机电运行时间与开机台数，由水利局统一安排。扬水站经费，1980年前由水利事业费中列支为“扬水站补助”，不足部分由地方财政补助。1981年后，由征收水费留成中开支。
乡(镇)营扬水站，建有两会一队，即站委会，由站长、会计、司机组成，负责站内工作；管委会，由灌区内各村管水干部组成，负责协调水的调度；一队，即护渠队，由渠道所经村庄，固定专人护理、绿化渠道。收费形式两种：一是按时收费，即按单机开机时间计算收费；二是按亩收费，即浇一次水，扬水站派人实地测量灌溉面积，统一核算收费。扬水站人员工资，1979年前，多为工分加补助，三中全会后改为工资制，其来源从收费中列支。
四、涵闸管理
卫运河右岸有4闸5涵。王庄闸隶属市水利局排灌处管辖，其他闸涵由市防汛指挥部汛前检查维修。马颊河上薛王大闸，地区设闸管所。蔺桥闸由薛王扬水站管理。境内排灌骨干河渠上有大型节制闸10座，都设专人管理。启闭由水利局排灌处控制。
五、排灌机械管理
1960年市政府建立机械科，专门从事机械管理。1961年机械科撤销，水利局设机电组，负责机电设备的分配与管理。1976年公社设立机械管理员，1978年各公社建立机械维修站。1981年改为农水科管理。1984年由乡镇水利站管理。1989年后由农水科管理。