本县伊斯兰教随回族的迁入而传入。明洪武七年（1374年），恩城镇大北关的洪姓首先迁入。其后，沙、麻、白、仉、马、王等姓迁入，形成现在的8个回民村、7个回汉同居村，共有人口5372人。
回民均为伊斯兰教民，即穆斯林。其宗教活动场所为清真寺。全县原有清真寺14座，现在13座。建筑最早、规模最大的清真寺为恩城镇大北关的原北寺。据寺内碑文记载：始建于明洪武末年，占地面积6000平方米，内建中国传统式建筑工艺和阿拉伯国家建筑工艺相结合的带有望月楼和宝鼎的大殿1座，南讲堂8间，北讲堂5间，沐浴室4间，高墙围院，座西朝东建大门和中门各一座，院内古柏数株，碑碣2通。近代曾翻修过3次，1979年拆除。全县保存最完整的寺院为王杲铺乡甜水铺中寺。该寺建于明永乐年间，占地面积4667平方米，内有大殿9间，可容纳300人礼拜，有南、北讲堂各5间，沐浴室4间，大门、中门各一座，古柏数株，藏有阿文手抄《古兰经》60卷。1955年又修建女礼拜堂2间，沐浴室3间。
平原县1985年清真寺一览表
（续表）
寺院经费主要来自穆斯林捐献和寺属土地的收入。寺地来源有两种，一是用穆斯林捐献的钱购买，二是由无嗣穆斯林捐献。捐献者生前立嘱，死后归寺所有，阿訇在纪念日为其走坟、诵经或立碑表示缅怀。各清真寺都有寺地，最多的为腰站镇沙庄清真寺，有地130亩；最少的平原镇白营子清真寺，有地60亩。寺地多租给本寺的穆斯林贫困者耕种，每年向寺内交纳部分地租，以地养寺。如新建、大修或扩建用资多、本寺穆斯林又无力解决的，还可到较富庶的回民村募捐。民国24年（1935年），甜中寺维修大殿时，曾远到东北、天津、北京等地募集大洋500元；南麻清真寺民国29年（1940年）新建后大殿时，用写乜贴募得修建款。
清真寺教务由管事乡老、掌教、阿訇管理。管事乡老亦称“社首”，是群众推选的穆斯林中的德高望重者，每寺3至5人，管理一般事务，是联系掌教、阿訇和穆斯林群众的桥梁，又是联系地方政府的代表，在寺内的地位举足轻重；掌教管理教务，采用4掌教制。大掌教（伊玛目）是宗教领袖，二掌教（海推布）掌管教法、宣传教义，三掌教（穆安尊）宣礼、念“班开”、号召礼拜，四掌教（穆夫提）执法和调解纠纷；阿訇是宗教师，实行3年一聘任制。明、清时，掌教为世袭制，形成统治和压迫穆斯林的特权阶层，受到广大穆斯林的反对。1955年，取消掌教制，成立了教务委员会和管理委员会负责教务，另设一名四掌教管理杂活和屠宰为阿訇代刀。
经堂教育是传播宗教思想和培养宗教人才的主要形式。它分“小学”和“大学”。小学免费招收6～7岁的儿童入学，学习阿拉伯文和宗教知识，不分学制，随到随学，男女分班，不学汉语。大学有两种形式，一是建立大学部，外聘学者阿訇授课，二是支持经堂学生外出拜师求学。本县能办大学部的清真寺有3处，即腰站镇的沙庄、尹屯乡的南麻、王凤楼镇五麻的刘庄。入大学部的经堂学生必须是志愿献身宗教事业而又具备条件者。入大学部的学生称“海里凡”，享受助学金，还可以“太司塔儿”身份礼拜缠头，参加寺外的宗教活动。海里凡随拜师阿訇走，阿訇受聘到那里，海里凡跟随到那里，由聘任单位的管事乡老在穆斯林家里派饭。海里凡学完大学课程需5～6年，达到品学兼优者可举行挂幛穿衣仪式，获得受聘阿訇资格。1985年，全县有“海里凡”9名。
本县最早的阿訇为沙麻海，明初由曹州迁来腰站镇沙庄，任全县伊斯兰教教长和主持全县穆斯林活动。自民国以来，本县共有挂幛阿訇39名，外地阿訇来本县各清真寺任过职的37名。本县最有名望的能称“阿林”的阿訇为前曹乡沙庄的沙凤阁，一生共带“海里凡”30多名，培养阿訇14名，对伊斯兰教的宗教事业做出了重大贡献（人物编有传）。
伊斯兰教的风俗，一般不对外传教；教民恪守族教信仰，认主独一，尊重领袖，命人行好，重视念、礼、斋、课、朝五功和圣纪节、盖德尔夜、乐代节、古尔邦节、主麻日、法蒂玛节（亦译“法图迈”节）的礼拜活动；重视团结互助，提倡学习；重视清洁（成年男女常保持大净，举行宗教仪式还要小净），饮食禁食凶禽猛兽、懒惰肮脏和不反刍动物的血和肉。凡教规不禁食的畜禽，必须按规定仪式由阿訇代刀宰食。
