历史上，德州一直是古黄河入海流经之地，至今保留有黄河涯、李船头、孙家河涯等古村庄名。由于黄河多次迁徙、改道，自1194年（金明昌五年）后已不经德州。历史所称九河，均为黄河分支，德州境内亦有“九河”之马颊、鬲津、钩盘3河道。千百年来，黄河多次凶猛大决，时而冲刷出新的河道，如公元前109年（汉元封二年），黄河自馆陶大决，自馆陶经高唐至德州的屯氏河同时出现。到隋代人工开凿大运河时，德州段即循屯氏河故道而开挖。
自明代以来，德州一带还人工开挖过运河的减水河（四女寺减河和哨马营减河）等。
一、黄河故道
《书经·禹贡》载有“九河既道”，言古黄河下游分9支入海。九河谓徒骇、太史、马颊、胡苏、简、洁、钩盘、鬲津、覆釜诸河，其中马颊、钩盘、鬲津3条河在德州境，可见古代德州是黄河入海流的重要通道。到公元前685年（齐桓公元年）时，“九河”已“塞其八流”。
自有文字记载以来，黄河经历了6次大规模迁徙改道，其中有两次流经德州。
第一次，602年（周定王五年），黄河在宿胥口（今河南省滑县西南道口镇）大决东徙，自滑县、濮阳一带经清丰、内黄、南乐、冠县、博平、高唐、恩县、德州、吴桥、东光、沧州、静海由天津入海。流经德州的一段河道，由恩县自焦家寺入境，西北向流经九龙口（今九龙庙村），又东北向流经果子李村，又西北行至曹村西（自果子李至曹村西为钩盘河故道），又西北至九流庄出境。这段河道共稳定400余年，到公元前179～157年汉文帝时始决口并淤积断流。此后，经一个时期的漫流，到公元前109年（汉元封二年），黄河自馆陶大决，遂分屯氏河北流，经清丰、高唐、夏津、恩县、德州，出德州境北行，基本循今运河一线。本次境内黄河走向，由恩县自甜水铺入境至九龙庙，又西北行四女寺，又北行至桑园镇出境。至公元前32～29年（汉成帝建始年间），屯氏河九龙庙以西河道湮，遂分屯氏别河北渎，自九龙庙循周、汉大河故道至果子李村，又东北行至避雪店出境，自吴桥、宁津、庆云、无棣至大沽口入海。
公元11年（王莽新始建国三年），黄河决魏郡（河北省磁县南）主流东徙后，原流经德州的黄河故道遂淤废。汉文帝以前的周、汉大河，后世称“王莽枯河”；屯氏别河北渎，称“老黄河”。608年（隋大业四年）开永济渠，德州境内一段即屯氏河。
第二次，1048年（宋庆历八年），黄河在商胡埽（河南省濮阳东北）大决改道，史称“商胡北流”。此后，1060年（宋嘉佑五年）黄河又在大名东决出一股，形成了二股河入海之态势，南股循马颊河入海，北股入永济渠并夺老黄河入海。
1194年（金明昌五年），黄河在河南省阳武（今原阳县）决口改道。从此，黄河不再流经德州市。
二、南运河
境内运河原为汉屯氏河、隋永济渠，自元代开通会通河（济宁至临清）后称大运河。当时，临清至天津段称御河，也称卫河。至清代始称南运河。
运河为漳卫南运河水系。上游有漳河、卫河。漳河分清漳、浊漳，均源于山西省东南部太行山腹地；卫河源于太行山南麓河南省辉县苏门山之百泉，其主干支流有淇、汤、洹诸河。两大河行至河北省馆陶县徐万仓相会后称卫运河，自四女寺水利枢纽节制闸下至天津一段称南运河。
京杭运河德州段
德州市一段南运河，自西南四女寺入境，经市区西部向北至二屯乡第三店村北出境，全长34.3公里。这条河道自隋、唐兴起，主要承运征辽战备物资，北宋时被黄河夺流，黄河改道后曾一度使“御河湮灭，失馈运之利。”从元代至明清，运河中兴并达到鼎盛，成为全国漕运沟通南北的大动脉。明代和前清时，年漕运能力达400～600万石左右。清中叶，由于海运逐渐兴起，加以黄、淮、运交会处——清口逐渐淤塞，河运逐渐衰落。1855年（清咸丰五年），黄河在铜瓦厢决口改道后，运河受阻，至1902年（清光绪二十八年）漕运在全线停止。自清末至本世纪50年代，天津经德州至济宁一线，可凭借帆船进行小量运输。60年代，由于沿河工农业用水的迅速增长，尤其是上游建成岳城水库后，航运水源逐渐枯竭，至70年代末河道常年干涸，航运停止。
三、四女寺减河
四女寺减河为卫运河减水河道，1411年（明永乐九年）挑挖。上口自四女寺经九龙庙（原屯氏河废弃故道）入老黄河故道。自上口至老黄河故道称南支河，长6公里。开挖时2.5公里为旧有沟渠，2.5公里系古路，1公里为平地；入老黄河后，东北行至果子李，又东北行至李小吴村出境；出境后循东北向经吴桥、宁津、乐陵、庆云，由无棣入海。全长228.5公里，德州市境内31.1公里。
清初，四女寺减河“淤塞已平”。1703年（清康熙四十二年）、1734年（清雍正十二年）、1760年（清乾隆二十五年）、1771年（清乾隆三十六年）、1805年（清嘉庆十年），虽经多次疏浚，至清末该河仍淤塞为废河。
建国后，为加强南运河的防洪能力， 1955、1957、1971年曾先后3次进行疏浚和扩大治理，并更名为漳卫新河。1957年治理后的河道，经历了1963年特大洪水，分减卫运河洪水流量达1180立方米/秒。1972年疏浚拓宽后，减洪流量为1500立方米/秒，排涝流量为400立方米/秒。
四、漳卫新河岔河
岔河为四女寺减河的重要泻洪人工渠道。为加强漳卫河流域防洪能力，保证冀、鲁广大地区和津浦铁路安全，解除洪水对天津市威胁，水电部于60年代后期决定开挖漳卫新河工程，要求四女寺泻洪闸下减洪流量达到3500立方米/秒，在超标准洪水的情况下，强迫行洪5000立方米/秒。为此，一要扩大治理四女寺减河，使四女寺至大王铺段减洪流量由原1180立方米/秒达到1500立方米/秒；二要在四女寺枢纽南进洪闸与节制闸之间增建北进洪闸，其下另辟岔河，承泻洪水能力2000立方米/秒，排涝780立方米/秒。岔河河线循老减河左侧钩盘河开挖，于河北省吴桥大王铺汇入原减河，全长43.4公里。德州市一段河道，自四女寺北进洪闸至田龙庄出境共22公里。
岔河开挖工程于1971年10月动工， 1972年春完成主河道开挖任务。
五、哨马营减河
位于德州城西北6公里。1733年（清雍正十一年）夏，运河水涨，在哨马营老虎仓和桑园镇（今吴桥）等地漫决。次年7月，哨马营等地运河再次漫溢。山东巡抚岳睿建议就势疏导，“开挖新渠，以资分减”。经直隶、山东两省官员会合勘察，决定在哨马营开挖减河，东行至陈公堤，由曹村村西入钩盘河故道，东北至吴桥县玉泉庄入四女寺减河后归海。1735年（清雍正十三年）建成，进口滚水坝长30丈，坝脊较河底高1丈6尺。1749年（清乾隆十四年）将滚水坝中间20丈落低2尺，全坝共30孔，挑挖河道长5983米。
哨马营减河在乾隆年间一直畅通，“照岁修之例，每年疏浚。”
清嘉庆年间，哨马营减河逐渐淤塞，至1820年（清嘉庆二十五年）, “河身尽成民用”。1824年（清道光四年），山东巡抚琦善曾奏请再开哨马营减河，未能实施。旧志称哨马营减河为北支河，至今闸子村还可觅见减水石坝遗迹。闸子村和长庄村即处原河堤上。
六、横河
1972年春，为实现全市引黄灌溉，开挖横河。东起果子李村减河西岸，西至陈公堤口村岔河东岸，全长5公里。工程设计为：河口宽43.5米，底宽3.5米，深8米。东端设有4孔两闲闸，两端有2孔双闲闸和两个110千瓦、205千瓦的排灌扬水站。
横河是减、岔两河相通的关键工程，可把通过减河河道的水源引入岔河，再通过岔河七里庄拦河闸，把水顶托至四女寺泻洪闸入运河，形成以横河为穿梭的减、岔河相通的格局。
七、新湖
位于市中心。1969～1972年用机械挖泥船开挖成的人工湖，总面积24.73公顷，库容量为79.8万立方米。现为德州市主要风景区之一。
新湖坐落之地，是德州古城墙外、南门迄东紧靠护城河的大片常年积水洼地，西至南门口（现人民剧场），南至柴市街以南，东达东地三里庄（现湖滨路）。全湖由3个水域组成：东区湖水为新湖公园区，东西宽450米，南北长300米，水深3米；西区北部湖水东西宽224米，南北长260米，水深2米；西区南部湖水东西宽460米，南北长280米，水深4米。
