建国前，县境内疾病猖獗，瘟疫流行。由于历代统治者不关心人民的生命疾苦，又加医疗水平低下，无力抗拒，以致死者相枕。据载：1888（清光绪十四年）秋，齐东县瘟疫流行。1899年（光绪二十五年)，再次流行。1901年（光绪二十七年），苑城一带霍乱流行，波及焦桥、桓城各地，陈度村死亡人数约十分之一。1911年（清宣统三年），霍乱流行于齐东、章丘等县。1918-1920年，邹平城、韩店一带霍乱流行，波及周围数十里，全家死绝者有之。1923年，临池一带霍乱流行，蔓延20余村，大房全村200人死亡70余人，北园一日死亡8人。1928-1932年，1939-1943年，县境内暴发两次范围较大、时间持续较长的流行霍乱，死者无数。1942年，青阳一带天花流行，陈家庄270人发病，死亡54人。1945年，韩店一带霍乱流行，孙镇一带天花流行。1949年，韩店一带天花流行，波及周围数十村。
建国后，人民政府加强城乡卫生保健措施，集中预防和控制流行疾病，急性传染病发病率由1949年的十万分之二万下降到1985年的十万分之八百。
1951年春，青阳陈家、化庄一带麻疹流行，县组织医生前往诊治，疫情很快控制。1952年，县卫生院有专人管理防疫，培训疫情报告和预防接种人员，开展传染病报告和预防接种工作。1952年县内发生流感、麻疹等流行病，都得到及时抢救防治。1953年，县卫生院设防疫股，各区设疫情报告站。1955年，共发生传染病13种，其中麻疹最甚，痢疾、流感等次之。县防疫部门加强对传染病的管理和预防接种，分工划片负责，初步建立疫情报告网。1956年县防疫站建立，各区配备防疫员，进一步健全县内卫生防疫网。
1957年上半年，流感大流行，发病率达80%，不少学校停课，工厂停工，减少集会。全县组织抢救，采用食醋等各种预防和治疗措施，方得以控制。此外还有乙脑、白喉、斑疹、伤寒、回归热、炭疽、狂犬病、黑热病等18种疾病流行。1960年，传染性肝炎大量发生，县成立肝炎防治委员会，长山医院改为传染病院收治病人，对肝炎、伤寒、结核等传染病开展调查。1961年全县白喉大流行，2452人发病，135人死亡，通过积极治疗控制了流行。1963-1966年，连续四年进行霍乱菌苗预防注射，发动群众开展爱国卫生运动。1963年春，青阳公社暴发流行性脑炎，通过抢救防治，很快得到控制。此外还开展麻疹易感儿童调查、牛痘苗普种、伤寒带菌者调查等。1967年春，流行性脑脊髓膜炎大流行，县组织16个医疗队，深入重病区孙镇、魏桥、城关等公社抢救。1971年，传染病防治以肝炎、疟疾为重点。1978-1980年全县开展结核病普查，基本查清流行情况，适时开展治疗工作。
1977年、1978年先后在三八水库、小清河沿岸魏桥、坡庄点发现艾尔托孤菌，及时对三八水库进行了疫水消毒，对小清河进行了水源管制，对附近村庄居民粪便加强管理，对有关行业重点人群进行霍乱菌苗预防注射。1984年，阳信等县发现霍乱病人。对来自疫区的车船及时进行消毒灭菌，旅客及时检疫。此外，对伤寒、痢疾，开展了带菌者调查，消菌治疗，减少其传播。对天花、婴儿瘫、麻疹、乙脑、结核病、白喉、百日咳、破伤风等，严格按计划免疫程序预防接种。1981年，县内进行最后一次牛痘疫苗接种。通过积极防治，鼠疫、霍乱、(副霍乱）再未发现，彻底消灭了天花，白喉、疟疾、乙脑、婴儿瘫、腥红热等得到控制，麻疹、百日咳流行强度大幅度降低，仅流感、肝炎、痢疾及腹泻，因病毒易于变异或流行环节复杂，仍不时出现。