〔卫生局〕
民国以前，县内无专门卫生机构。1928年（民国17年)，根据《全国卫生行政系统大纲》规定，卫生事宜由县公安局兼理。1933年7月，邹平县改为县政建设实验县，卫生行政由县府第一科管理。1934年11月，实验县卫生院建立，为县卫生推行机关。1937年底，日军入侵，卫生院解散。建国后，县内先后组建医药社、卫生所，不久均易名为县卫生院，兼理卫生行政。1950年，县设卫生科。1958年11月成立文教卫生部，下设卫生科。1959年9月文教卫生部撤销，卫生科归县人民委员会领导。1962年1月，卫生科改称卫生局。6月，复称卫生科。1967年3月，成立邹平县革命委员会内务办公室，下设卫生组负责卫生行政。1968年9月，由县医院、卫生组、防疫站、妇幼保健站、麻风病防治站、药材公司联合组成人民卫生防治院。翌年12月，恢复卫生科，隶属县革命委员会生产指挥部。1972年3月改科为局，称邹平县革命委员会卫生局。1981年2月，改称邹平县卫生局，统一管理全县卫生行政事宜。
〔爱国卫生运动委员会〕
1952年4月，为了粉碎美国侵略朝鲜期间发动的细菌战，县建立防疫委员会，翌年改称爱国卫生运动委员会（简称“爱卫会”）。1958年，贯彻落实《农业发展纲要》提出的“除四害、讲卫生、消灭疾病”的精神，调整充实了爱卫会。各公社也相继成立爱卫会、防疫站、公社卫生院，为县、社爱卫会的办事机构。1974年，成立邹平县农村卫生革命委员会，下设爱卫会办公室。1984年，县爱卫会办公室配备专职正副主任，为局级行政机构。