书院始于宋，清代县内仍然盛行，为准备科举考试的场所。县内著名书院有：
伏生书院：在邹平城东北18里伏生祠内，1278年（元至元十五年）为县尹陈野仙所建。1655年（清顺治十五年)，知县徐政重修，有讲堂间及东西两斋。兴学堂后停办。
范公书院：在邹平城西南35里醴泉寺范文正公祠南，1480年（明成化十六年），为知县李兴所建。1690年（清康熙二十九年)，知县程素期修葺，后废。
梁邹书院：在邹平城内旧县衙西（原县供销社旧址）。1828年（清道光八年）山东按察使李文耕倡议，知县徐笠山建。1832年知县彭斗山增其学舍，建其中门，区其庭院。1904年（清光绪三十年）改为县立高等小学堂。
长白书院：在邹平城东七里铺长白祠内。1482年（明成化十八年），知县李兴建。1690年（清康熙二十九年）知县程素期重修，后废。
凤山书院：在长山城东南隅（今长山镇政府所在地)，始建年月无考。1903年（清光绪二十九年）改为县立高等小学堂。1905年改书院考棚为师范传习所，并设英文学堂一所。
群英书院：在长山城东门里路北，始建年月无考，后废。
东皋书院：在今台子乡旧城渡口处的原齐东旧城内。1892年（清光绪十八年)，城垣被黄河水淹没，书院遂废。县衙移至台子，重建书院。1900年（清光绪二十六年）改为小学堂。1913年改为县立第二小学校。
会仙书院：在齐东城（今九户）北门里，始建于1894年（清光绪二十年），因书院正堂面对会仙山而取名，有院舍77间。清末，前院设县立高等小学堂，后院设师范传习所。
初期书院多系私人创办，或私办公助。书院设院长（或称山长）1人，由地方官吏延请本籍或外籍著名人士充任，也有由地方长官直接充任的。书院内设有院董会，又设教习，由院长出面延请举人、进士充任，另设书计、首士、学长各1人。
书院学生，称生员。入院学习的生员，分“文生月课”和“童生常课”。书院教学内容以四书、五经为主，研习经学，习作八股文、试帖诗，间亦研讨时政和学术问题。教学方法，多采用个人自学、相互问答和集体讲解相结合的方法。书院学生无定额，学无年限。