1978年，县成立环境保护办公室。1981年县政府批转《关于在新建扩建改建企业同时实现“三废”治理意见的报告》。从1982年开始逐年征收排污费。积极进行污染治理，先后资助县医院、棉纺织厂、染织厂、啤酒厂、白酒厂、毛巾厂、魏桥造纸厂等10个单位兴建排污和污水净化设施。1985年，建立县环境保护监测站，进一步加强环保监测工作。
新城建设初期，城区排水沟大多露天，排泄不畅，时有壅塞，水黑味臭，影响市容。1981年首先对邹新二路排污沟进行分段治理，改露天土沟为石砌盖板封闭沟。1985年县啤酒厂、白酒厂联合投资17万元，石砌排水沟1600米，其中城区600米加盖封闭。引两厂废水入“六六河”。同年，县棉纺织厂疏浚并修砌厂区至七里铺东排水沟，全长2300米，流经七里铺村段1100米石砌加盖，引厂内废水入故潴龙河道。与此同时，县直机关和工厂加强污水处理。1982年，县医院修建废水净化沉淀池。各科室污水沿暗沟流入沉淀池，经沉淀后排入邹新二路排水沟排出城外。1983年县染织厂建四级废水沉淀池，工业废水经沉淀后注入地下。
更新设备，改革工艺，是治理污染的一项重要措施。1983年，县电动工具厂采用“逆流漂洗表面活性剂法”处理电镀废水，镀锌由高铬纯化改为低铬纯化，铬酐浓度由250~300毫克/升降低为3~5毫克/升。在镀铬流程中采用闭路循环，用F-53抑雾剂，密闭铬酸雾挥发，并施加“海鸥”洗涤剂，清洗镀件和硫酸亚铁沉淀处理废水，通过技术改造，废水中六价铬含量基本符合国家标准。1985年，邹平面粉厂安装自控强力着水机、去石机、擦麦机，使加工流程中的飞扬尘屑及洗麦污水得到处理。同时，县城区12座生产用锅炉，已有10座进行更新改造，消烟除尘效果良好。县磷肥厂建起氟气回收塔，回收生产中所排氟气，大大减少了烟尘废气的危害。
为了解决灌溉中的污染问题，1985年，在台子乡官道村北兴建引黄闸，灌溉台子、码头及魏桥镇北部土地。并引黄穿清注入魏桥、九户、孙镇、里八田、明家集、韩店6个乡镇灌区以及焦桥、青阳、邹平镇部分沟渠，以黄河水冲洗淡化引清灌溉之污土浊水。