清朝，县级没有专门管理水利的机构，如遇洪涝灾害或疏浚河道，知县亲自督办，或临时任命官员治水。民国初期，县政府设建设局，下设水利专员，凿井专员等，管辖县内水利事宜。1933年（民国22年）7月，邹平县政建设实验县设第四科，掌管农、林、水事业，后称建设局。抗日战争时期，抗日民主政府设建设科。1946年县政府改设实业科，掌水利事宜。
建国后，县政府设建设科，下分水利、农林、交通3组，编制12人。1956年4月，县政府建设科分为水利、农业、林业3科。水利科下设办公室和工程股，干部职工15人。1959年4月，县政府成立水利部，有一副县长任部长，下设办公室、水产、农水、财务、工程、机械等科，人员增至83人。1961年10月，水利部改称水利局，人员减为38人，下设办公室和工程、财务、农田、机械4股。1962年，水利局改称水利科。1966年6月后，机构瘫痪。1969年4月27日，县革命委员会生产指挥部设水利服务组。1972年3月，撤销水利服务组，恢复水利局，各公社设水利组。1982年改称水利站。1985年，水利局下设人事秘书股、计划财务股、规划设计室、农田水利站、物资供应站、水土保持试验站、工程管理站、建筑材料供应站，共有干部89人。17个乡、镇水利站，有干部职工86人。