清代，农业由县衙内工房管理。1909年（宣统元年)，县成立农务分会，管理农业。中华民国初年，改由劝业所管理农业，同时改组农务分会，成立农会。1925年(民国14年），县劝业所改称实业局，分管农林、工、商等业。几年后，实业局改称建设局，人员由二三人增至六七人。30年代初，裁局设科，县政府第四科管理农业，管理人员增至10人左右。1940年，县抗日民主政府设建设科。1946年，建设科改称实业科。
中华人民共和国建立后，实业科改称建设科。1954年2月，邹平县建设科设农业技术推广站。1955年成立畜牧兽医工作站，县内各区均建立区农技站和区兽医站。1956年先后建立县种子站、会计管理辅导小组。邹平建东范农场，长山建小魏农场，齐东建九户棉花良种保种场，均直属建设科领导。1956年3月，成立县农业局，主要业务为管理农业、气象、畜牧、农村会计和农机具。1958年5月，县农业局与林业局合并，称农林局。1959年10月成立县畜牧局，畜牧兽医业务从农林局析出。1960年5月，林业局从农林局析出，农林局改称农业局。1962年1月，农业局复与林业局合并，仍称农林局。1963年10月，农林分设，改称农业科、林业科，翌年由县府院内迁至旧城东门里路北。1968年6月，县革命委员会撤科改组，设邹平县革命委员会农业组。1972年3月，改称县革命委员会农业局，同时，将农机业务析出。1980年春，林业局又析出，称县人民政府农业局。1984年行政机构改革，畜牧、渔业并入农业局，更名为农牧渔业局。是年冬，在工业路中段路西，购地另建新址。
1978年后，为农业服务的业务机构逐步增加。1979年，农业局建立植物保护站。1981年，成立中央农业广播学校邹平分校。1984年，先后建立土壤肥料工作站、渔业技术指导站，并将会计辅导组改建为农业经济经营管理指导站。在机构改革中，县府所辖棉花办公室和沼气办公室下放到农业局，分别称县棉花技术指导站、县农村能源办公室。此后，相继建立县果树技术指导站和县种鸡场。在17个乡镇建立农村经济经营管理指导站。同年，接收部队“七三二”农场，更名为县农业试验场，有耕地847亩，以粮食种植为主。1985年1月，县农牧渔业局先后成立农业技术服务中心和畜牧兽医服务中心。8月，将果树技术指导站划归林业局。9月，土地管理业务由民政局移交农业局，成立土地管理股。至1985年底，县农业局设有人事秘书、财务、土地管理3个股，农业技术推广、植物保护、土壤肥料工作、种子、棉花技术指导、农村经济经营、畜牧兽医工作、家畜良种改良、渔业技术指导、农村能源工作10个站，农业广播分校1处，农技服务、畜牧兽医服务2个中心及九户、王伍、县农业实验场3处农场。17个乡镇均建有乡镇农技站、畜牧兽医站和经济经营管理站。