〔旧审判机构〕
清代，司法审判机构沿袭明制，实行政法合一体制，县令治狱断案，刑名佐助县令审理案件。下设快班、壮班、皂班，各置差隶若干人，另置捕班一个，捕役若干人，并置监狱和班房及男女禁卒，专司缉捕、囚禁和刑监等司法事务。1911年（宣统三年），清政府颁布《大清民律草案》，企图结束“诸法合体”，试行改革，未能实现。
1912年（民国元年）3月1日，南京临时政府公布的《中华民国临时约法》，规定：法院依照法律规定审理刑、民诉讼案件，并实行公开审判和法庭独立审判，地方建立审检厅处。县内未及执行，司法审判仍由县知事兼理。1913年，县公署内设司法科。1914年置帮审员后改为承审员。1928年改司法科为地方法院，置审判官1人，检察官1人，主任书记员、书记员各1人，下置承发吏、检验吏、录事缮状生、法警、公丁等。1933年撤法院，设承审处与司法科，置承审员1人，司法书记员与收费书记员各1人。下置执达员2人，检验员1人，录事2人，缮状生2人，法警由政警兼。同时县政府仍设有司法科，置录事2人。承审处与司法科并存，法庭裁决归承审处，批示呈状归司法科。
抗日战争胜利后，国民党军队两次占领县境，国民党县政府与驻军勾结一起，组成军法处。县长兼军法官，并设有军法承审员，至1948年县境解放。
〔人民审判机构〕
1940年11月7日，山东省战时工作推行委员会制定《山东战时县、区、乡、村各级政府组织条例》规定“县政府设司法科，审理一审民刑案件。在县政委员会的决定和县长的指示下进行工作”。1942年1月，清河区行署通知所属各县建立司法处，处长由县长兼任。司法处设审判官、书记员，同时成立看守所。2月，县建立司法处。后因环境恶化，机关精简，县司法处归并县政府，县政府内设司法科。
1945年8月，县人民政府设司法科。1948年，县司法机构一度撤销，刑事案件由公安局、民事案件由秘书科或民政科处理。12月，旋又恢复司法科。邹平县由县长王斌兼司法科长，置审判员1人。建国后，县设司法科，配备审判员、书记员、直达员等。1950年9月，县司法科改称人民法院。下设刑事、民事审判庭、秘书室，继又设人民接待室。1953年开始向下派出巡回法庭。1956年3月，撤销巡回法庭改建人民法庭。9月15日建长山人民法庭。1957年7月建孙镇人民法庭。1958年，孙镇人民法庭撤销。同年10月8日，好生设立工矿区人民法庭。1958年底，邹平县人民法院下辖长山、魏桥、工矿区3个人民法庭。1959年工矿区人民法庭撤销。
1967年成立县革命委员会后，公、检、法机关统属县革委第四办公室。长山、魏桥法庭撤销。1968年8月1日，公、检、法机关实行军事管制。1973年6月6日，军管组奉命撤销，县人民法院恢复。下设刑事民事审判庭、办公室、人民接待室，恢复长山、魏桥人民法庭。1975年3月和1976年3月，先后建立好生、明集两个人民法庭。1982年县法院设经济审判庭。1983年设执行庭。1982年和1985年又先后设立孙镇和邹平镇人民法庭。至1985年，县人民法院下设：刑事审判庭、民事审判庭、经济审判庭、执行庭、办公室、人民接待室和邹平镇、长山、魏桥、好生、明集、孙镇6处人民法庭。
解放战争时期至建国初期，县内都曾设立过临时法庭。解放战争期间设军事法庭。土地改革运动中设人民法庭，区设分庭。1950-1952年，军事法庭、人民法庭、人民法院同时并存。军事法庭、人民法庭与人民法院无隶属关系，直接受当时由行政最高领导组成的裁判委员会的领导与监督。土地改革，镇压反革命运动结束后，人民法庭、军事法庭相继撤销，审判权统一由人民法院行施。