抗日战争爆发后，中国共产党在邹长地区组织领导了黑铁山起义，揭开了邹长地区抗日武装斗争的序幕。为巩固革命成果，团结广大人民群众进行抗日斗争，开始建立抗日民主政权。
1938年春，山东人民抗日救国军第五军解放邹平城，司令部进驻城里。司令员马耀南应人民群众和开明人士之请，5月在邹平城实行民主选举，成立抗日民主政府。选举开明士绅张东甫为县长。下设秘书、财政、司法、教育等科。县、区建立抗战动员委员会，各区公所也相继建立。因环境恶化，抗日民主政府旋即被迫解体。1938年冬，国民革命军第十八集团军第八路军驻邹长办事处（简称八路军邹长办事处）在韩店苏家庄成立。负责人李寿龄、曲汉三，曲任办事处主任，主要负责地方政府工作和组织人民武装。1939年4月，八路军驻邹长办事处任命吕洗尘、刘雨晨为正副县长，组成齐东县抗日民主政府，开辟邹章齐地区的抗日斗争局面。
1939年10月，邹长抗日民主政府在长山县姚孙庄成立，共产党员刘子举当选为县长，为邹长地区第一个由共产党领导的抗日民主政权。下设秘书、民政、财政、粮食、武装、教育6科。1940年4月，为适应抗日斗争的需要，邹平、长山两县地区划分为北邹长、南邹长，并建立长山县抗日民主政府，马函三任县长。7月，在旧口村建立邹平县抗日民主政府，刘矫非任县长。1941年6月，清西办事处以邹平县政府为基础改建清西专署。邹平县抗日民主政府撤销，由专署兼管北邹长工作，专员王子彬兼县长。专署内设民政、财政、粮食、建设、教育、武装、税务、司法、经建、银行、秘书等科。
1943年3月，抗日斗争形势好转，抗日根据地进一步巩固扩大，南、北邹长区划取消。邹平县抗日民主政府重新成立，清西专署不再兼管邹平县的工作。
抗日民主政府在根据地及边沿区建立基层政权区公所，设区长、文书、通讯员、财粮助理等职，并配备区武装中队。由于处在游击战争时期，县政府与区公所均无固定驻地，组织机构也不尽统一。