1991—1994年4月，农村信用社与农行合署办公，人员统一使用，各挂牌子，帐务分设，各自核算。1994年5月，根据国务院农村金融体制改革精神，信用社与农行分门办公，重新组建了滨州市农村信用合作社联合社（以下简称市联社）。农村信用社的业务管理，改由市联社负责；对农村信用社的金融监管由滨州市人民银行直接承担；对农村信用社和市联社的领导管理，由滨州地区农村金融体制改革领导小组办公室负责。市联社在全区率先成立了联社党组、党总支、党支部，设置了人秘科、业务科、财会科、督察科4科室，下辖北镇、郝家（非独立核算）、姜家、彭李、蒲城、郭集、郑王（非独立核算）、市西、杜店、张管（非独立核算）、里则、尚店、堡集、杨集、滨城、张集、单寺、梁才、小营、旧镇等20个信用社，17个信用分社（储蓄所），228个信用代办站，共有干部职工349人。1994年10月，在姜家信用社（市联社原址）隆重举行了市联社挂牌营业仪式暨农村信用社储蓄存款超2亿元新闻发布会。1996年元月28日，市联社迁至滨州市黄河三路649号（原滨州市农行营业楼）营业，并增设联社营业部（不独立核算）。1996年10月，市农村信用社与农行脱离行政隶属关系。1997年6月，经滨州市人民银行核准，郝家信用社、郑王信用社成为独立核算单位。1998年3月，督察科分为审计科、保卫科。到1998年6月末，市联社内设机构为：1个营业部、5个科室、20个信用社（其中一个非独立核算信用社）、17个信用分社（储蓄所），229个信用代办站。干部职工345人。
1994年5月，滨州市农村信用社与农业银行分门办公，重新组建了滨州市农村信用合作社联合社（以下简称市联社）。1996年10月，农村信用社与农行脱离行政隶属关系。到1997年末，农村信用社资产总额70856万元，比1993年净增55146万元，增长4.5倍；各项存款余额52773万元，比1993年末净增33448万元，增长2.7倍，占滨州市金融机构各项存款总额的13.21%；各项贷款余额37090万元，比1993年末净增22886万元，其中农业贷款净增6506万元，乡镇企业贷款净增18705万元。
行社分门办公后，面对日趋激烈的金融行业竞争，市联社认真分析研究资金组织工作的严峻形势，提出了“巩固农村、拓展城区”的发展思路，制定了“内抓管理、外树形象、一年打基础、二年上台阶、三年大发展”的总体发展战略目标。信用社各项业务实现了超常规、跳跃性发展。（1）建章立制，规范管理。行社分门办公后，市联社从强化内部管理机制、挖掘内在潜力入手，先后建立健全了人事、财务、信贷、会计、储蓄、保卫、审计等一系列管理制度和实施办法20余项，并汇集成册下发各基层信用社，保证了各项业务工作的发展。到1998年6月末，市联社先后颁布了各项管理制度和实施办法60余项，形成了一整套较为可行的决策、激励、约束机制，使各项工作日趋系统化、规范化。（2）深化改革、立足服务、充分发挥市联社统一领导和管理的职能。市联社组建后，在人员管理上大胆改革，把信用社现有实际水平与科学管理有机结合起来，在广泛民意测验的基础上，对信用社的领导实行竞聘上岗，并实行工作实绩和政治素质与职务升降、工资额挂钩的激励机制，按其年度业绩决定下一年的续聘；在业务管理上，对存、贷业务的合规性与合法性、会计核算的真实性、财务管理的严肃性、发展规划的可行性、管理制度的全面性进行全面监督。在财务管理上，对基层社的大额开支，实行费用包干，执行“总额控制、单项管理、项目卡死、超额报批”的管理办法。（3）加强信用社基础设施建设，提高办公现代化水平。行社分门办公后，由于历史原因，基层信用社办公条件落后、职工住宿简陋。市联社面对现实，认真分析研究。1994年7月，信用社会计、储蓄、结算业务全部实现办公电算化。1995年，市联社为基层信用社配齐运钞车，为保证帐款安全，加速资金周转提供了便利条件。1997年7月，市联社投资30多万元，更换新型微机22台，并举办了大规模的微机培训班，对加快全市信用社电子化建设打下了基础。到1997年末，信用社已全部改建、新建营业室、办公室和职工家庭住宅。（4）努力开拓自身业务，不断壮大资金实力。行社分门办公时，信用社各项存款余额21310万元，年末增至26093万元；到1997年各项存款余额猛增到52773万元，年平均增长34.08%。同时按照《担保法》、《贷款通则》等有关金融法规，结合农村信用社特点，1998年3月，市联社制定完善了《滨州市农村信用合作社联合社贷款管理制度》，对贷款实行抵押、担保、公证制度。自行社分门办公以来，信用社累计发放各项贷款17.06亿元，其中农业贷款8.7亿元，乡镇企业贷款5.4亿元。优先保证了基础农业生产及“两高一优”农业的资金需求，重点支持了农业相关产业和具有一定知名度、效益好的“龙头”骨干型乡村企业的流动资金需求。另外，还利用信贷资金救活市化肥厂等企业近10家，有力地支持了滨州市经济的发展。（5）抓好职工培训，考核结果与工资挂钩，并积极鼓励职工参加社会举办的各类自学考试。到1997年末，信用社已有101人取得初级以上专业技术任职资格；大学专科学历以上有82人，占职工总人数的23.8%；中专学历的有92人，占职工总人数的26.7%；高中学历的有112人，占职工总人数的32.5%。先后有10余人被评为省级金融先进工作者，30余人被评为地级金融先进工作者，80余人被评为市级金融先进工作者；滨州市的信用社还有3个信用社获得省级先进集体称号，1个信用社获省级“青年文明号”称号，2个信用社获市级“青年文明号”称号。（6）坚持“两个文明”一起抓的方针。市联社把业务的发展和加强精神文明建设相结合，把优质服务做为加强精神文明建设的切入点，不断加强干部职工的思想建设、职业道德建设、廉政建设，注重科技文化素养的提高，营造了比贡献、增技能、比服务、增效益的良好工作氛围。