1991年滨州市粮食局为正科级单位，1992年内设7科1室：政工科、储运科、计划购销科、财务科、审计科、老干部科、食品工业科、办公室。1993年1月1日，经市政府批准，市粮食局退出政府序列，成立滨州市粮油集团总公司。同年11月，进行机关整顿，精减科室，分流人员。内设3部2室：经管部、财统部、后勤部、企政办、文秘室，人员由46人减为30人，1996年10月，经市府批准，恢复粮食局，行政编制10人，其中干部8人，工勤人员2人。
1991一1997年，随着国家粮食政策的调整和粮食体制改革工作的不断深入，滨州市粮食系统逐步实现了由计划经济向市场经济的过渡，保持了各项粮食工作的健康发展。1992年以前，粮食工作实行的是计划管理体制，凭证供应，亏损由财政补贴。1992年7月放开粮食销价后，粮食经营开始走向市场。1993年1月1日，经市政府批准粮食局退出政府序列转为经济实体，成立滨州市粮油集团总公司，实行自主经营，自负盈亏。粮食系统以改革为动力，以提高经济效益和社会效益为目的，不断进行内部经营结构和组织结构调整，先后在企业中实行了统管分营、国有民营、大包干责任制和连锁经营等经营方式，大力开展粮油购销和多种经营，充分发挥粮食主渠道作用，使该市的粮食工作在市场竞争中逐步走上了发展之路。1996年恢复粮食局后，仍保留总公司，一套班子两块牌子。根据国务院和省政府进一步深化粮食体制改革的精神，对系统内部组织结构进行了资产重组，通过撤、并、调整等方式，使直属企业由19个减为13个，并在其中10个企业实行了股份合作制改造。至1997年底，全市粮食系统固定资产原值7997万元，流动资产10536万元，仓房容量49230吨。全系统职工人数1808人，其中高级职称3人，中级职称55人，初级职称195人。