1991年，市联社为正科级企业单位，机关工作人员64名，设9科3室：办公室、党委办公室、工会办公室、政工科、业务科、会计科、保卫科、基层科、审计科、统计科、企管科、老干部科。1992年科室合并为5科2室，即：办公室、调研室、人事科、财会科、计划业务科、审计企管科、保卫科。拥有市属企业及直属单位16个，包括第一、二、三、四、五、六油棉厂（1992年8月，原市第五油棉厂（滨城）并入第一油棉厂，为一厂分厂;1994年9月，市政府恢复第五油棉厂法人地位更名为第六油棉厂），农业生产资料公司、土产杂品公司、供销贸易中心、供销贸易公司、再生资源公司、汽修厂、饼干厂、供销旅社、棉麻公司、党校，以及滨城、杨集、尚店、杜店、里则、堡集、张集、单寺、梁才、小营、旧镇等11个基层供销社。1993年，市联社改为滨州市供销社集团总公司，由纯行政管理型转为经营管理型和行政管理型企业。1998年3月，滨州市人民政府同意恢复市联社的名称及职能，与滨州市供销社集团总公司并存，实行一套班子、两块牌子。1997年市供销社集团总公司机关人员63名，设6科2室，即：保卫科、财务科、综合业务科、人事科、审计科、老干部科、党委办公室、行政办公室。有独立核算企业21个，包括六个油棉加工厂、5个专业公司（汽修厂并入油棉六厂、饼干厂并入油棉三厂、供销旅社并入油棉五厂）、10处基层供销社（张集供销社并入滨城供销社）和棉麻公司。1998年6月底机构与1997年相同。
1991—1997年，滨州市供销合作社、滨州市供销社集团总公司贯彻执行中央（1995）5号文件精神，围绕“把供销社真正办成农民自己的合作经济组织”的目标，深化内部改革，坚持办社宗旨，坚持以深化改革求生存争发展，以强化服务促经营增效益，在为三农（农村、农业、农民）服务，推动农业产业化，促进城乡物资交流，密切党和政府同农民的联系等方面做了大量工作，企业得到长足发展。1997年底，供销系统干部职工2790人，其中高级职称者12人，中级职称者120人，初级职称者405人。固定资产11470万元，流动资产24491万元。是年，供销系统完成商品总购进30340万元，商品总销售27431万元，工业总产值8000万元，实现利税362万元，其中利润120万元。