从1991年开始，不断进行征管模式改革的探索和实践，开展了征、管、查三分离工作，实行了分阶段征管工作法，对重点税源落实了分级控管制度。机构分设后，1995年，按照地区国税局的统一部署，成立了征管改革领导小组，加强对征管改革的领导，税收工作开始向基层转移和征管转移。1996年6月，滨州市国税局作为全区的征管改革试点全面展开。①征管模式上改变了专管员管户制度，实行纳税人自觉申报纳税制度，纳税人自觉申报纳税率由1991年的31%提高到1998年的95%以上。1998年3月全面推进个体私营业户建帐建制工作，个体税收征管步入查帐征收的轨道。②征管手段实现了由手工劳动到现代化计算机征管的转变。1994年以来，走“科技兴税”之路，微机数量由1994年的9台增加到1998年的80台，并且实现了税收征管的网络化运行。③征管形式由分散管理转变为集约征管，1995—1996年在城区2个征收分局和4个农村征收分局，筹建了6个“办税服务厅”，税务机构由分散转变为相对集中。1997年7月，筹建市区国税“办税服务厅”，建筑面积1100多平方米，规模为全区之首，功能齐全，设施完备，纳税人不出厅就可办理一切涉税事宜。④管理机制实现根本转变。从1997年7月份开始，提拔副科级以上干部一律实行竞争上岗，干部定期进行岗位轮换和交流，一线人员实行业务等级管理制，充分调动了干部职工的工作积极性。⑤突出税务稽查职能。1991一1994年，稽查大队充分发挥稽查职责，在每年一度的所得税汇算清缴、财税大检查和各项专项税收检查工作中发挥了重大作用。1994年8月，成立稽查分局。1994—1998年不断强化稽查力量，加大稽查力度，稽查人员由1994年的13人增加到1998年的45人，基层征收分局也设立了稽查岗位，稽查人员占到了总人数的40%以上。稽查内部实行稽查、审理、执行、复议4分开，实现了微机选案。1994一1998年6月，共查处偷税漏税大案要案23起，追缴税款近千万元。
1995年以来，不断深化征管改革，强化征管手段，初步形成了“以纳税申报和优质服务为基础，以计算机网络为依托，集中征收，重点稽查”的新征管模式。税收工作步入了法制化、科学化、制度化、规范化的轨道。