1991一1994年8月，滨州市税务局为市委市府领导的正科级单位，肩负中央、地方两级的工商税收任务。1994年，依照省委、省府办厅字[1994]6号文件和上级局部署，进行税务机构分设。滨州市国家税务局于1994年8月3日正式挂牌办公。当时机关设办公室、征管科、税管科、人事科、政工科、监察室、计会科7个科室和1个稽查分局，下设14个基层所。1995年，进行城区税收征管改革，建立地直企业征收分局和市直企业征收分局。1996年6月，进行农村税收征收机构改革和征管改革，把12个农村基层税务所合并成4个征收分局。1997年6月，根据滨州地区国家税务局的机构改革方案，撤销滨州市国家税务局，成立滨州地区市区国家税务局，为副县级，对内部科室、分局进行了重新组建调整，撤销原地直、市直企业征收分局、征收管理科、税收管理科、计会科，组建了征收计会科、综合管理科、发票管理科和涉外征收分局，强化了稽查力量，成为具有税收管理和征收双重职能的税务机关。时有在职干部192名。
1991一1997年，认真贯彻党的政策方针，扎实做好各项税收征管工作，把组织收入作为工作的主线。7年间，狠抓班子和队伍建设，加强税收宣传，大力组织收人，积极进行征管改革和规范化建设，强化依法治税，年年超额完成税收任务，使税收工作步人了良性循环的轨道。1994年完成工商税收收入9852万元（包括国、地两级收入），1997年上升为16309万元，增长了1.66倍。7年间共组织收入89776.9万元，平均每年递增11.5%。1995年被团省委、省国税局授予“山东省文明服务先进单位”，1997年分别被滨州地区文明委、滨州市文明委命名为“地级文明单位”、“十星级文明单位”，被滨州地区国税局评为滨州地区国税系统“征管改革、规范化建设先进单位”。有429人次被评为市级以上“先进工作者”等荣誉称号。