1991年为正科级行政单位，编制26人；内设机构为办公室、预算科、农财科、企财科、行财科、人监科、预算外资金管理科。至1996年增设大检办、投资公司、国资局、会计师事务所、会计事务管理科、基建财务科、税政科、财务科、社保科等。1997年，市级机构改革，仍为正科级行政单位，行政编制25人，工勤人员编制3人;内设办公室、预算科、行财科、企财科、农财科、会计科。另外，国有资产管理局隶属财政局领导，大检办、第二预算管理办公室归属财政局领导。挂靠财政部门的有：投资公司、会计师事务所。1998年6月底，实有68人，其中：工作人员64人。
财政体制。1991一1993年地区对滨州市实行“总额分成，增收同比例分成”的办法，分成比例为地区33%，市67%;市对乡镇实行“收支两条线”的财政体制，乡镇的财政收入全额上交市财政，其支出由市财政全额划拨。1994年1月1日起，实行分税制财政体制。根据事权与财权相结合的原则，按税种划分中央与地方收入。将维护国家利益，实施宏观调控所必需的税种划为中央税，将同地方经济发展直接相关的主要税种划为中央和地方共享税，将适合地方征管的税种划为地方税，并充实地方税种，增加地方税收入。分税制财政体制下，市级财政收入包括：增值税的25%（不含中央4大部门所属企业增值税和烟草公司增值税以及地区第二棉纺厂、毛纺厂缴纳的增值税）,营业税（不含银行营业税，中央4大部门所属企业营业税，烟草公司营业税和第二棉纺厂、毛纺厂缴纳的营业税），城市维护建设税和教育费附加收人（均不含铁路、银行总行、保险总公司等部门缴纳的，油田以及第二棉纺厂、毛纺厂缴纳的），市以下公共所得税、利润及亏损补贴（不含地方非银行金融企业所得税），城镇土地使用税、印花税（不含中央、省、地区级企业缴纳的），个人所得税，固定资产投资方向调节税，车船税、房产税（均不含地区第二棉纺厂、毛纺厂缴纳的增税），屠宰税，遗产税和赠与税，除石油外的资源税，其他原属于滨州市的各项收入。地区对滨州市税收返还的确定，按1993年滨州市实际收入以及税改革和各项收入划分情况，计算出滨州市净上划中央的收人数额，地区对滨州市的税收返还基数为3235万元。1994年以后，税收返还额在1993年基数上按全国增值税和消费税平均增长率的1：0.3系数逐年递增。1994年以后，上划中央收入达不到1993年基数，将逐级递减县市的税收返还基数。1994年1月1日起，地区对滨州市实行足额上缴，比例递增的办法，上解额逐年递增15%。1994一1995年市对乡镇仍实行“收支两条线”的财政体制。1996年，按照分税制要求，市对乡镇确立了新的财政体制。按新体制，乡镇的财政收入包括：在乡镇辖区内的预算内固定收入（市属国有企业所得税、耕地占用税，教育费附加收人除外），其他一切财政收人均为乡镇级固定收入。今后除政策性因素和所属部分税收范围变动进行调整外，其乡镇级固定收入范围不再变动。乡镇财政支出为凡属乡镇范围内的一切支出。收入基数的确定：根据各乡镇1995年财政收入实际完成数额，减去属市级固定收入部分，加农业税当年下达计划数，调整后的数额为收入基数。支出基数的确定：根据乡镇1995年财政支出完成额，扣除一次性支出，按1995年实际人数加1996年2月底新分配的大中专人数，计算出人均定额5100元，加民政系统的抚恤、社会救济费，并考虑人员调入调出增减变化情况和必需的公用经费及公费医疗经费，确定其支出基数。财政体制的具体办法：对财政收入大于支出的滨城、北办、市中办、彭李，实行“划分收支，上解递增”的办法，按其收入大于支出部分确定上解数额，并从1996年起按15%的比例递增上解数额。其收人超过基数60万元以内的与市五、五分成，60-100万元与市二、八分成，超过100万元以上部分全部留归乡镇办;市超收分成部分计入下年上解基数；对定额补贴较少的小营、杜店、市西、市东、里则实行“划分收支，补助递减”的办法。市西的财政收入增长率为12%，1996年按6%扣减补助定额;其余4乡镇办收入增长率为20%，1996年按10%扣减补助定额;对定额补助较多的乡镇，实行“划分收支，定额补助”的办法;蒲城、堡集、单寺、尚店财政收入占支出的比重为0.3：1以上，其1996年压缩补助比例为5%;旧镇、梁才、杨集、张集财政收入占支出的比重为0.3：1以下，其1996年压缩补助比例为3%。市对乡镇办上划中央“两税”增长返还的确定，按1995年收入基数，从1996年起超过基数的增长部分，按全国“两税”平均增长率1：0.3返还乡镇办。若1996年上划中央收入达不到1995年基数，将从乡镇办当年财力中扣减。按照“一级政府，一级财政;一级财政，一级国库”的要求，17个乡镇办都建立了本级地方国库。
由于按税种划分各级财政收入，税收返还基数成为影响地方利益的关键因素，为此，在1993、1994年2年中，滨州市紧紧围绕“争基数，保基数”，强化税收征管，清理欠税。1993年完成财政收入11377万元，比1992年增加2677万元，增长30.78%。财政收支与平衡。1991一1997年在国民经济持续、快速、健康发展的基础上，滨州市财政实力明显增强，财政状况日益改善，为经济建设和社会事业的发展提供了有力的财力保证。收入方面：1991一1997年共实现财政收入69568万元。1997年实现地方财政收入13242万元，占预算的101.70%，比上年的11818万元增加1424万元，增长12%。财政部门负责的农业“四税”和“一金”收入：1991一1997年共完成农业税2775万元，农业特产税639万元，契税55万元，耕地占用税2841万元，征集农业发展基金3861万元。1997年农业税收入1007万元，占地方财政收入的7.6%，是1991年的2.07倍。支出方面：1991一1997年完成财政支出65099万元，其中1997年完成15525万元，是1991年的2.29倍，增长3.87%。收支相抵净结余25万元。截止1997年滨州市连续11年实现财政收支平衡，受到了中共山东省委、省人民政府的表彰奖励。财政工作有力地支持了改革开放和经济建设，为滨州市经济健康、稳定发展奠定了良好的基础。