1991年，市交通局为正科级行政事业单位，编制57人,内部设20个科室、站所：办公室、政工科、财务科、行政科、企管科（公路科）、行管所、运管所、路査站、客运站、公路站和10个基层交管所。交通局是政府的交通主管部门，负责全市交通行业管理和公路建设工作。1995年公路站改为公路局，为正科级单位。1996年成立汽车检测维修中心，路査站改为市交通稽查大队，为副科级全民事业单位。1997年相继成立黄河浮桥管理处、出租管理所、公路工程队。1998年1月进行内部机构改革，实行轮岗制，编制124人，内设办公室、政工科（政策法规科）、财务科、公路科（企管科）、运管所、行管所、征收处、交通稽查大队、出租管理所、客运站、检测中心、浮桥管理处、公路工程队和8个基层交管所。同年6月底编制与科室不变。
1991年以来，交通系统广大干部职工以邓小平理论为指导，坚持以经济建设为中心，在交通生产建设中取得了显著成就，使滨州市交通事业保持了持续、快速、健康发展的好态势。
交通基础设施建设取得重大突破，整体通行能力明显提高。1991年初，滨州市油路通车里程392公里，其中国道、省道、干线公路117公里，县乡公路197公里，油田专用公路78公里。进人“八五”以来,公路建设进入了高速增长期，紧紧围绕增强城市功能，改善投资环境这个中心，加大投人，加强公路建设，制定并实施了“1993年打基础、1994年搞突破、1995年实现村村通油路”的三步走战略，公路建设3年3大步，于1995年9月28日实现了村村通油路的宏伟目标。在村村通油路的基础上，按照地区交通局提出的公路建设3个战略转移的部署，自1996年起把公路建设的重点转移到了县乡公路升级改造和养护管理上，1997年改建了滨利路（滨州--梁才段），1998年滨州市掀起了县级路改造高潮，40多公里县级路改造工程按二级路标准同时开工。截止到1997年底，全市新建改建县乡村公路近800公里，总投资近2亿元，滨州市油路通车里程达到1184公里，其中国道、省道干线公路117公里、县级路101.2公里、乡级路348.7公里、村级路576公里、油田专用路41.7公里，公路密度达每百平方公里108公里，形成了“五纵、五横、一环”干支相连、四通八达、方便快捷的交通运输网络。投资1250万元于1997年3月建成了滨州黄河浮桥，缓解了黄河大桥的交通压力，解决了滨州南出口交通不畅状况。交通基础设施建设的快速发展，对滨州市经济和社会发展产生了巨大的促进作用。
运力快速增加，运输业发展壮大。1991年,滨州市营运性货车2820辆，客车120辆，截止到1998年6月底，营运性货车发展到3210余辆，客车235辆，非营运车1677辆，客运出租车460辆，出租市场已形成规模。近8年来，共完成货运量2520万吨，货运周转量277200万吨公里，客运量830万人次，客运周转量74700万人公里。联运、零担、集装箱运输得到了较快发展，运力结构趋于合理，交通运输业不断发展壮大。
交通行业管理不断加强。1991年以来，市交通局积极转变职能，严格依法行政，加强宏观调控，强化全行业管理，整顿运输市场秩序，规范了市场行为，初步建立了统一、开放、竞争、有序的道路运输市场体系。（1）坚持搞好一年一度的道路运输审验工作，使道路运输市场进一步规范。从1989年开始，按照地区交通局的统一安排部署建立了道路运输车辆年度审验制度，对道路运输车辆的技术状况及运输市场进行规范化管理，参审率和审验合格率逐年递增。1998年审验营运汽车，非营运汽车、农用车、拖拉机、三轮车共计4457辆，参审率达到了97%，审验合格率达99%。（2）加强对客运市场和客运出租市场的治理整顿。针对客运市场存在的倒客、抢客、甩客等不良现象，每年都集中力量对客运市场进行整顿，对个体客运车辆实行了“三定、五统”的管理办法，客运秩序明显好转，形成了“人便其行，货畅其流，竞争有序，文明服务”的新局面。1997年出现了客运出租业，并得到了迅猛发展，已形成相当规模，通过有效的管理，客运出租市场已经走上了规范化管理的轨道。（3）加强维修行业管理，积极培育和规范汽车维修市场，为汽车运输业的健康发展和安全生产提供了保障。到1997年底维修厂家已发展到240多家，行业年产值达1.6亿元。（4）加强交通检查工作，有力地打击了违反路政、运政和交通规费征收管理的不法行为。1996年底，按照上级要求，高标准地完成了交通检查体制改革，组建了滨州市交通稽査大队，交通检査工作进一步加强。（5）加强税源管理，严格依法征收，各项交通规费连年递增。1991一1998年6月底共征收交通规费8000多万元，为市交通建设提供了资金保障。（6）加大行业管理的硬件投入，搞好车站、交管所等基础设施建设。近8年时间，先后投资达770万元，改建了4处基层交管所，建成了个体客运站、汽车检测维修中心、沥青加温库和公路工程队。（7）认真搞好驾驶员上岗培训工作，按照地区交通局的统一部署，从1997年开始对营运性汽车驾驶员进行了上岗培训，1997年共举办培训班8期，培训700余人。
交通企业改革逐步深化。随着社会主义市场经济的建立，交通运输企业经历着由计划经济向市场经济转变的严峻考验，经历了曲折的发展历程。从1994年开始，市运输公司和市二运公司相继推行了单车租赁承包经营责任制，并将汽修车间承包到班组，加强了全面质量管理和目标管理，企业经济效益得到提高，1995年市运输公司实现产值135万元，利税2万元;市二运公司实现产值750万元，利税45万元。此后，由于运输企业受计划经济的影响较重，未能及时适应经济转轨过程中的内外部环境，企业效益出现滑坡，出现严重亏损。在这种情况下，市交通局于1996年底对企业的领导班子进行了全面调整，市运输公司新的班子上任后，加强内部管理，转变经营机制，使企业走出了低谷，到1998年6月底已减亏12万元。
交通行业精神文明建设。1991年以来，始终坚持“两手抓，两手硬”的方针，在抓好物质文明建设的同时，精神文明建设也取得了显著成绩。结合行业特点，在交通系统广泛开展了“创一流、树形象”活动，重点抓了文明示范“窗口”建设，有效地带动了创建文明行业活动的开展，在系统内外产生了较好的影响;坚持抓党风、正行风、狠抓反腐败3项任务的落实;狠刹公路“三乱”歪风，巩固了成果，防止了反弹，为治理公路“三乱”作出了贡献;实行了政务公开，持证上岗，挂牌服务，推行了社会服务承诺制度，转变了工作作风，提高了办事效率;强化法制意识，严格依法行政，依法管理;加强交通局领导班子自身建设，严格内部管理，提高了全员整体素质。交通系统以“一流的班子、一流的队伍、一流的管理、一流的服务、一流的质量、一流的效益”在社会上树立了良好的交通形象。1991一1997年全市交通系统涌现出许多先进个人和先进集体，120人次受到市地级以上表彰奖励，20多个单位受到市地级以上表彰。