1991年，市总工会为正科级行政单位，编制12人，内部设4部1室：宣教部、生产生活女工部、民管部、财务部和办公室。市总工会下辖滨州市职工技术协会办公室，为副科级事业单位，编制5人。1997年机构改革后，市总工会仍为正科级行政单位，行政编制8人，内部机构设办公室和基层工作部。事业部分没参加机构改革。
1991年，滨州市建立基层工会组织162个，会员23568人。总工会下设商业、粮食、供销、建委、交通、物资、纺织、二轻、工业、卫生、教育11个局工委。1996年，由于机构改革，原纺织、二轻、工业3个局工委合并为经委工委。1998年3月新建市直机关工委。从1991一1998年6月，市总工会带领职工积极参加经济建设和深化企业改革。从开展“三热爱”（热爱党、热爱祖国、热爱社会主义）主题系列教育活动到进行“主人翁与市场经济”职业道德教育活动，从实行“双保合同制”到完善“三个机制”（民主管理、民主监督机制；平等协商、签订集体合同机制；职工利益自我保障机制），从开展“质量、品种、效益年”活动到发动职工人人争创“五手、双十佳”（节约能手、质量能手、销售能手、技术革新能手、操作能手、安全生产十佳标兵、优质服务十佳标兵）劳动竞赛，从年年慰问贫困职工拓展到“送温暖”工程，从时刻关心下岗职工深化到再就业服务，在经济改革和建设的各个时期，市总工会始终围绕中心工作，善于发挥自身优势，为振兴滨州经济，贯彻落实党的全心全意依靠工人阶级的指导方针，提高职工参政议政的能力，保持职工队伍的稳定和社会稳定，推动工会事业发展作出了不懈努力。自1991年以来，多次被评为全区工会工作先进单位；1996年，被山东省总工会评为工会工作先进单位，实施“送温暖”工程先进单位；1991一1997年连续7年被地区授予“文明单位”称号。